● Platforma za sekvenciranje: PacBio Revio
● Način sekvenciranja: CCS (HiFi čita)
● Amplifikacija ciljne regije praćena tandemskim povezivanjem amplikona prije pripreme HiFi SMRT biblioteke zvona
●Viša taksonomska rezolucija: Than sekvenciranje kratkih amplikona,omogućavanje viših stopa klasifikacije OTU na nivou vrste.
●Veoma precizno pozivanje baze: PacBio CCS režim sekvenciranja (HiFi čita).
●Bez izolacije: Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima životne sredine.
●Široko primjenjiv: Različite studije mikrobne zajednice.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza: Najnoviji QIIME2 paket (kvantitativni uvid u mikrobnu ekologiju) sa raznovrsnim analizama u smislu baze podataka, anotacija, OTU/ASV.
●Extensive Expertise: Sa hiljadama projekata sekvencioniranja amplikona koji se sprovode godišnje, BMKGENE donosi više od decenije iskustva, visoko kvalifikovan tim za analizu, sveobuhvatan sadržaj i odličnu podršku nakon prodaje.
Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju |
Amplicon | PacBio Revio | 10/30/50 K oznake (CCS) |
Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (µg) | Volumen (µL) |
≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju. Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Uključuje sljedeću analizu:
●Kontrola kvaliteta sirovih podataka
●OTU grupisanje/uklanjanje buke (ASV)
●OTU napomena
●Alfa analiza raznolikosti: više indeksa, uključujući Shannon, Simpson i ACE.
●Analiza beta raznolikosti
●Inter-grupna analiza
● Analiza korelacije: između faktora sredine i sastava i raznolikosti OUT
●16S funkcionalno predviđanje gena
Histogram taksonomske distribucije
Filogenetsko stablo distribucije zajednice
Analiza alfa diverziteta: ACE
Analiza beta raznolikosti: PCoA
Međugrupna analiza: ANOVA
Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ove usluge sekvenciranja amplikona uz PacBio kroz odabranu kolekciju publikacija.
Gao, X. i Wang, H. (2023) 'Komparativna analiza bakterijskih profila i funkcija rumena tokom adaptacije na različitu fenologiju (zelena naspram travnatih) u alpskih merino ovaca s dvije faze rasta na alpskoj livadi', Fermentacija, 9( 1), str. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Uhvatiti mikrobnu tamnu materiju u pustinjskim tlima koristeći metagenomiku zasnovanu na kulturomici i analizu visoke rezolucije', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Efekti soli masnih kiselina na karakteristike fermentacije, raznolikost bakterija i aerobnu stabilnost miješane silaže pripremljene od lucerne, pirinčane slame i pšeničnih mekinja', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), str. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Interakcija između biomarkera oksidativnog stresa i crijevne mikrobiote u antioksidativnim efektima ekstrakata iz Sonchus brachyotus DC. in Intestinal Oxidative Stress intestinal oxidative Stres in Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, strana 192, 12(1), str. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.