Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Proizvodi

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Geni 16S i 18S rRNA, zajedno sa regionom unutrašnjeg transkribovanog razmaka (ITS), služe kao ključni markeri za molekularne otiske prstiju zbog svoje kombinacije visoko konzerviranih i hiper-varijabilnih regiona, što ih čini neprocenjivim alatima za karakterizaciju prokariotskih i eukariotskih organizama. Amplifikacija i sekvenciranje ovih regija nude pristup bez izolacije za istraživanje mikrobnog sastava i raznolikosti u različitim ekosistemima. Dok Illumina sekvenciranje obično cilja na kratke hipervarijabilne regije kao što su V3-V4 od 16S i ITS1, pokazano je da se superiorna taksonomska anotacija može postići sekvenciranjem pune dužine 16S, 18S i ITS. Ovaj sveobuhvatni pristup rezultira većim procentom tačno klasifikovanih sekvenci, postižući nivo rezolucije koji se proteže na identifikaciju vrsta. PacBio-ova platforma za sekvenciranje u realnom vremenu sa jednim molekulom (SMRT) se ističe pružanjem visoko preciznih dugih čitanja (HiFi) koja pokrivaju amplikone pune dužine, što se može takmičiti u preciznosti sekvenciranja Illumina. Ova sposobnost omogućava istraživačima da postignu prednost bez premca - panoramski pogled na genetski pejzaž. Proširena pokrivenost značajno podiže rezoluciju u označavanju vrsta, posebno unutar bakterijskih ili gljivičnih zajednica, omogućavajući dublje razumijevanje zamršenosti mikrobnih populacija.


Detalji usluge

Bioinformatika

Demo Results

Istaknute publikacije

Service Features

● Platforma za sekvenciranje: PacBio Revio

● Način sekvenciranja: CCS (HiFi čita)

● Amplifikacija ciljne regije praćena tandemskim povezivanjem amplikona prije pripreme HiFi SMRT biblioteke zvona

Prednosti usluge

Viša taksonomska rezolucija: Than sekvenciranje kratkih amplikona,omogućavanje viših stopa klasifikacije OTU na nivou vrste.

Veoma precizno pozivanje baze: PacBio CCS režim sekvenciranja (HiFi čita).

Bez izolacije: Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima životne sredine.

Široko primjenjiv: Različite studije mikrobne zajednice.

Sveobuhvatna bioinformatička analiza: Najnoviji QIIME2 paket (kvantitativni uvid u mikrobnu ekologiju) sa raznovrsnim analizama u smislu baze podataka, anotacija, OTU/ASV.

Extensive Expertise: Sa hiljadama projekata sekvencioniranja amplikona koji se sprovode godišnje, BMKGENE donosi više od decenije iskustva, visoko kvalifikovan tim za analizu, sveobuhvatan sadržaj i odličnu podršku nakon prodaje.

Specifikacije usluge

Biblioteka

Strategija sekvenciranja

Podaci se preporučuju

Amplicon

PacBio Revio

10/30/50 K oznake (CCS)

Zahtjevi za uzorke

Koncentracija (ng/µL)

Ukupna količina (µg)

Volumen (µL)

≥5

≥0,3

≥20

Preporučena dostava uzorka

Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju. Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tok rada usluge

dostava uzorka

Isporuka uzorka

Library Preparation

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodno:
  • sljedeće:

  • 流程图第三版2-02

    Uključuje sljedeću analizu:

    ●Kontrola kvaliteta sirovih podataka

    ●OTU grupisanje/uklanjanje buke (ASV)

    ●OTU napomena

    ●Alfa analiza raznolikosti: više indeksa, uključujući Shannon, Simpson i ACE.

    ●Analiza beta raznolikosti

    ●Inter-grupna analiza

    ● Analiza korelacije: između faktora sredine i sastava i raznolikosti OUT

    ●16S funkcionalno predviđanje gena

     

    Histogram taksonomske distribucije

    图片57

    Filogenetsko stablo distribucije zajednice

    图片58

    Analiza alfa diverziteta: ACE

    index图片59

     

    Analiza beta raznolikosti: PCoA

    图片60

     

    Međugrupna analiza: ANOVA

    图片61

     

     

     

    Istražite napredak koji omogućava BMKGene-ove usluge sekvenciranja amplikona uz PacBio kroz odabranu kolekciju publikacija.

    Gao, X. i Wang, H. (2023) 'Komparativna analiza bakterijskih profila i funkcija rumena tokom adaptacije na različitu fenologiju (zelena naspram travnatih) u alpskih merino ovaca s dvije faze rasta na alpskoj livadi', Fermentacija, 9( 1), str. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

    Li, S. et al. (2023) 'Uhvatiti mikrobnu tamnu materiju u pustinjskim tlima koristeći metagenomiku zasnovanu na kulturomici i analizu visoke rezolucije', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

    Mu, L. et al. (2022) 'Efekti soli masnih kiselina na karakteristike fermentacije, raznolikost bakterija i aerobnu stabilnost miješane silaže pripremljene od lucerne, pirinčane slame i pšeničnih mekinja', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), str. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

    Yang, J. et al. (2023) 'Interakcija između biomarkera oksidativnog stresa i crijevne mikrobiote u antioksidativnim efektima ekstrakata iz Sonchus brachyotus DC. in Intestinal Oxidative Stress intestinal oxidative Stres in Adult Zebrafish', Antioxidants 2023, Vol. 12, strana 192, 12(1), str. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.

    dobiti ponudu

    Ovdje napišite svoju poruku i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: