PE PE150 সহ নোভাসেকের সিকোয়েন্সিং।
● ডাবল বারকোডিং সহ গ্রন্থাগার প্রস্তুতি, 1000 টিরও বেশি নমুনা পুলিং সক্ষম করে।
● এই কৌশলটি প্রতিটি ক্ষেত্রে বিভিন্ন বায়োইনফরম্যাটিক পাইপলাইন সহ কোনও রেফারেন্স জিনোমের সাথে বা ছাড়াই ব্যবহার করা যেতে পারে:
রেফারেন্স জিনোম সহ: এসএনপি এবং ইন্ডেল আবিষ্কার
রেফারেন্স জিনোম ছাড়াই: নমুনা ক্লাস্টারিং এবং এসএনপি আবিষ্কার
● মধ্যেসিলিকোতেপ্রাক-নকশা পর্যায়ে একাধিক সীমাবদ্ধতা এনজাইম সংমিশ্রণগুলি জিনোমের সাথে স্লাফ ট্যাগগুলির অভিন্ন বিতরণ উত্পন্ন করে এমনগুলি সন্ধান করার জন্য স্ক্রিন করা হয়।
The প্রাক-অভিজ্ঞতার সময়, তিনটি এনজাইম সংমিশ্রণগুলি 9 টি এসএলএফ লাইব্রেরি উত্পন্ন করতে 3 টি নমুনায় পরীক্ষা করা হয় এবং এই তথ্যটি প্রকল্পের জন্য অনুকূল সীমাবদ্ধতা এনজাইম সংমিশ্রণটি চয়ন করতে ব্যবহৃত হয়।
●উচ্চ জেনেটিক চিহ্নিতকারী আবিষ্কার: একটি হাই-থ্রুপুট ডাবল বারকোড সিস্টেমকে সংহত করা বৃহত জনগোষ্ঠীর একযোগে সিকোয়েন্সিংয়ের অনুমতি দেয় এবং লোকাস-নির্দিষ্ট পরিবর্ধন দক্ষতা বাড়ায়, এটি নিশ্চিত করে যে ট্যাগ নম্বরগুলি বিভিন্ন গবেষণা প্রশ্নের বিভিন্ন প্রয়োজনীয়তা পূরণ করে।
● জিনোমের উপর কম নির্ভরতা: এটি কোনও রেফারেন্স জিনোম সহ বা ছাড়াই প্রজাতিতে প্রয়োগ করা যেতে পারে।
●নমনীয় স্কিম ডিজাইন: একক-এনজাইম, দ্বৈত-এনজাইম, মাল্টি-এনজাইম হজম এবং বিভিন্ন ধরণের এনজাইমগুলি সমস্ত বিভিন্ন গবেষণা লক্ষ্য বা প্রজাতির যত্নের জন্য নির্বাচন করা যেতে পারে। দ্যসিলিকোতেএকটি অনুকূল এনজাইম নকশা নিশ্চিত করতে প্রাক-নকশা করা হয়।
● এনজাইমেটিক হজমে উচ্চ দক্ষতা: একটি চালনাসিলিকোতেক্রোমোজোমে (1 স্লাফ ট্যাগ/4 কেবি) এমনকি স্লাফ ট্যাগগুলির এমনকি বিতরণ এবং পুনরাবৃত্তিমূলক ক্রম (<5%) এ স্ল্যাফ ট্যাগ বিতরণ সহ প্রাক-নকশা এবং একটি প্রাক-পরীক্ষামূলক অনুকূল নকশার আশ্বাস দেয়।
●বিস্তৃত দক্ষতা: আমাদের দল প্রতিটি প্রকল্পে প্রচুর অভিজ্ঞতা নিয়ে আসে, গাছপালা, স্তন্যপায়ী প্রাণী, পাখি, পোকামাকড় এবং জলজ জীব সহ শত শত প্রজাতির 5000 টিরও বেশি স্লাফ-সিক প্রকল্প বন্ধ করার ট্র্যাক রেকর্ড সহ।
● স্ব-বিকাশযুক্ত বায়োইনফরম্যাটিক ওয়ার্কফ্লো: বিএমকেজেন চূড়ান্ত আউটপুটটির নির্ভরযোগ্যতা এবং যথার্থতা নিশ্চিত করার জন্য স্লাফ-সেকের জন্য একটি সংহত বায়োইনফরম্যাটিক ওয়ার্কফ্লো তৈরি করেছে।
বিশ্লেষণের ধরণ | প্রস্তাবিত জনসংখ্যা স্কেল | সিকোয়েন্সিং কৌশল | |
ট্যাগ সিকোয়েন্সিং গভীরতা | ট্যাগ নম্বর | ||
জেনেটিক মানচিত্র | 2 পিতামাতারা এবং> 150 সন্তান | বাবা -মা: 20x ডাব্লুজিএস অফসপিং: 10x | জিনোমের আকার: <400 এমবি: ডাব্লুজিএস সুপারিশ করা হয় <1 জিবি: 100 কে ট্যাগ 1-2 জিবি :: 200 কে ট্যাগ > 2 জিবি: 300 কে ট্যাগ সর্বোচ্চ 500 কে ট্যাগ |
জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজ (জিডাব্লুএএস) | ≥200 নমুনা | 10x | |
জেনেটিক বিবর্তন | প্রতিটি উপগোষ্ঠী থেকে> 10 টি নমুনা সহ ≥30 নমুনা | 10x |
ঘনত্ব ≥ 5 এনজি/µl
মোট পরিমাণ ≥ 80 এনজি
ন্যানোড্রপ ওডি 260/280 = 1.6-2.5
আগারোজ জেল: না বা সীমিত অবক্ষয় বা দূষণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব
(বেশিরভাগ নমুনার জন্য, আমরা ইথানলে সংরক্ষণ না করার পরামর্শ দিই)
নমুনা লেবেলিং: নমুনাগুলি স্পষ্টভাবে লেবেলযুক্ত এবং জমা দেওয়া নমুনা তথ্য ফর্মের জন্য অভিন্ন হওয়া দরকার।
চালান: শুকনো-আইস: নমুনাগুলি প্রথমে ব্যাগে প্যাক করা এবং শুকনো আইসিতে সমাহিত করা দরকার।
রেফারেন্স জিনোমে ম্যাপিং
রেফারেন্স জিনোম ছাড়া: ক্লাস্টারিং
ক্রোমোজোমে স্লাফ ট্যাগ বিতরণ:
ক্রোমোজোমে এসএনপি বিতরণ:
বছর | জার্নাল | IF | শিরোনাম | অ্যাপ্লিকেশন |
2022 | প্রকৃতি যোগাযোগ | 17.694 | গিগা-ক্রোমোসোমগুলির জিনোমিক ভিত্তি এবং গাছের পিয়োনির গিগা-জিনোম পাওনিয়া অস্টিআই | স্লাফ-গওয়াস |
2015 | নতুন ফাইটোলজিস্ট | 7.433 | গার্হস্থ্য পায়ের ছাপগুলি অ্যাঙ্গোর জিনোমিক অঞ্চলগুলিতে কৃষি গুরুত্বের। সয়াবিন | স্লাফ-গওয়াস |
2022 | উন্নত গবেষণা জার্নাল | 12.822 | জি। হিরসুটামে গসিপিয়াম বার্বাডেন্সের জিনোম-প্রশস্ত কৃত্রিম আন্তঃসংযোগ সুতির ফাইবারের গুণমান এবং ফলনের একযোগে উন্নতির জন্য উচ্চতর লোকী প্রকাশ করুন বৈশিষ্ট্য | স্লাফ-বিবর্তনমূলক জেনেটিক্স |
2019 | আণবিক উদ্ভিদ | 10.81 | জনসংখ্যা জিনোমিক বিশ্লেষণ এবং ডি নভো অ্যাসেম্বলি আগাছার উত্স প্রকাশ করে একটি বিবর্তনীয় খেলা হিসাবে চাল | স্লাফ-বিবর্তনমূলক জেনেটিক্স |
2019 | প্রকৃতি জেনেটিক্স | 31.616 | সাধারণ কার্প, সাইপ্রিনাস কার্পিওর জিনোম সিকোয়েন্স এবং জিনগত বৈচিত্র্য | স্লাফ-লিঙ্কেজ মানচিত্র |
2014 | প্রকৃতি জেনেটিক্স | 25.455 | চাষ করা চিনাবাদামের জিনোম লেগুম ক্যারিওটাইপস, পলিপ্লয়েডের অন্তর্দৃষ্টি সরবরাহ করে বিবর্তন এবং শস্য গৃহপালিত। | স্লাফ-লিঙ্কেজ মানচিত্র |
2022 | উদ্ভিদ বায়োটেকনোলজি জার্নাল | 9.803 | এসটি 1 সনাক্তকরণ বীজ রূপবিজ্ঞানের হিচিকিং জড়িত একটি নির্বাচন প্রকাশ করে এবং সয়াবিনের গৃহপালনের সময় তেলের সামগ্রী | স্লাফ-মার্কার ডেভলপমেন্ট |
2022 | মলিকুলার সায়েন্সেসের আন্তর্জাতিক জার্নাল | 6.208 | গম-লেইমাস মোলিস 2 এনএস (2 ডি) এর জন্য সনাক্তকরণ এবং ডিএনএ চিহ্নিতকারী বিকাশ অসম্পূর্ণ ক্রোমোজোম প্রতিস্থাপন | স্লাফ-মার্কার ডেভলপমেন্ট |
বছর | জার্নাল | IF | শিরোনাম | অ্যাপ্লিকেশন |
2023 | উদ্ভিদ বিজ্ঞানে সীমান্ত | 6.735 | পাইরাস পাইরিফোলিয়া ফলের পাকা করার সময় চিনির সামগ্রীর কিউটিএল ম্যাপিং এবং ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ | জেনেটিক মানচিত্র |
2022 | উদ্ভিদ বায়োটেকনোলজি জার্নাল | 8.154 | এসটি 1 সনাক্তকরণ সয়াবিনের গৃহপালনের সময় বীজের রূপচর্চা এবং তেলের সামগ্রীর হিচিকিং জড়িত একটি নির্বাচন প্রকাশ করে
| এসএনপি কলিং |
2022 | উদ্ভিদ বিজ্ঞানে সীমান্ত | 6.623 | জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং হুললেস সবেমাত্র খরার পরিবেশে ফেনোটাইপস।
| GWAS |