একক- নিউক্লিয়াস আরএনএ সিকোয়েন্সিং
প্রযুক্তিগত স্কিম
নিউক্লিয়াসের বিচ্ছিন্নতা 10× জিনোমিক্স ক্রোমিয়াম™ দ্বারা অর্জিত হয়, যা ডাবল ক্রসিং সহ আট-চ্যানেল মাইক্রোফ্লুইডিক্স সিস্টেম নিয়ে গঠিত। এই সিস্টেমে, বারকোড এবং প্রাইমার সহ একটি জেল পুঁতি, এনজাইম এবং একটি একক নিউক্লিয়াস ন্যানোলিটার-আকারের তেলের ড্রপে আবদ্ধ থাকে, যা জেল বিড-ইন-ইমালসন (GEM) তৈরি করে। একবার জিইএম তৈরি হয়ে গেলে, প্রতিটি জিইএম-এ সেল লাইসিস এবং বারকোড প্রকাশ করা হয়। mRNA 10× বারকোড এবং UMI সহ সিডিএনএ অণুতে বিপরীত প্রতিলিপি করা হয়, যা আরও স্ট্যান্ডার্ড সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি নির্মাণের বিষয়।
বৈশিষ্ট্য
● হিমায়িত টিস্যু থেকে একক-নিউক্লিয়াস সাসপেনশনের প্রস্তুতি
● জেল বিড-ইন-ইমালসন (GEM) গঠনের পরে cDNA সংশ্লেষণ
● একটি জিইএম-এর প্রতিটি পুঁতি 4টি বিভাগ নিয়ে গঠিত প্রাইমার দিয়ে লোড করা হয়:
এমআরএনএ প্রাইমিং এবং সিডিএনএ সংশ্লেষণের জন্য পলি(ডিটি) লেজ,
ইউনিক মলিকুলার আইডেন্টিফায়ার (UMI) পরিবর্ধন পক্ষপাত সংশোধন করতে
10x বারকোড
আংশিক রিড 1 সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের বাইন্ডিং সিকোয়েন্স
সুবিধা
একক-নিউক্লিয়াস আরএনএ সিকোয়েন্সিং একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের সীমাবদ্ধতাগুলিকে এড়িয়ে যায়, সক্ষম করে:
● হিমায়িত নমুনার ব্যবহার এবং শুধুমাত্র তাজা নমুনার মধ্যে সীমাবদ্ধ নয়
● হিমায়িত কোষের কম চাপ যখন তাজা কোষের এনজাইমেটিক চিকিত্সার সাথে তুলনা করে, কম চাপ-প্ররোচিত জিনের আকারে ট্রান্সক্রিপ্টোম ডেটাতে প্রতিফলিত হয়
● লাল রক্ত কণিকা আগে অপসারণের প্রয়োজন নেই
● সীমাহীন সেল ব্যাস
● বিস্তৃত নমুনা যা বিশ্লেষণের জন্য যোগ্য, এর মধ্যে জটিল এবং ভঙ্গুর টিস্যু প্রকার যা টিস্যু বিচ্ছিন্নকরণের সময় কোষের ক্লাম্পিং বা ধ্বংসের ঝুঁকিতে থাকে
যে নমুনাগুলি একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিং দ্বারা বিশ্লেষণ করা যায় না এবং একক নিউক্লিয়াস আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য যোগ্য:
| কোষ/টিস্যু | কারণ |
| হিমায়িত টিস্যু আনফ্রেশ করুন | তাজা বা দীর্ঘ সংরক্ষিত সংস্থা পেতে অক্ষম |
| পেশী কোষ, মেগাকারিওসাইট, চর্বি… | যন্ত্রে প্রবেশ করার জন্য কোষের ব্যাস খুব বড় |
| লিভার… | ভাঙ্গার জন্য খুবই ভঙ্গুর, একক কোষকে আলাদা করতে অক্ষম |
| নিউরন কোষ, মস্তিষ্ক… | আরও সংবেদনশীল, চাপ দেওয়া সহজ, সিকোয়েন্সিং ফলাফল পরিবর্তন করবে |
| অগ্ন্যাশয়, থাইরয়েড… | অন্তঃসত্ত্বা এনজাইম সমৃদ্ধ, একক কোষ সাসপেনশনের উৎপাদনকে প্রভাবিত করে |
একক-নিউক্লিয়াস বনাম একক-কোষ
| একক-নিউক্লিয়াস | একক-কোষ |
| সীমাহীন সেল ব্যাস | কোষের ব্যাস: 10-40 μm |
| উপাদান হিমায়িত টিস্যু হতে পারে | উপাদান তাজা টিস্যু হতে হবে |
| হিমায়িত কোষের কম চাপ | এনজাইম চিকিত্সা কোষ চাপ প্রতিক্রিয়া হতে পারে |
| লোহিত রক্ত কণিকা অপসারণের প্রয়োজন নেই | লাল রক্ত কণিকা অপসারণ করা প্রয়োজন |
| নিউক্লিয়ার জৈব তথ্য প্রকাশ করে | পুরো কোষ জৈব তথ্য প্রকাশ করে |
স্পেসিফিকেশন
| নমুনা প্রয়োজনীয়তা | লাইব্রেরি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | ডেটা প্রস্তাবিত | মান নিয়ন্ত্রণ |
| প্রাণীর টিস্যু ≥ 200 মিলিগ্রাম উদ্ভিদ টিস্যু ≥ 400 মিলিগ্রাম | 10x জিনোমিক্স এসএন সিডিএনএ লাইব্রেরি | ইলুমিনা PE150 | প্রতি কক্ষে 100K PE রিড (100-200 গিগাবাইট) | 700-1200 নিউক্লিয়াস/μl এবং নিউক্লিয়াস অখণ্ডতা মাইক্রোস্কোপের অধীনে পর্যবেক্ষণ করা হয়েছে |
নমুনা প্রস্তুতি নির্দেশিকা এবং পরিষেবা কর্মপ্রবাহ সম্পর্কে আরও বিশদ বিবরণের জন্য, অনুগ্রহ করে নির্দ্বিধায় একটি সাথে কথা বলুন৷BMKGENE বিশেষজ্ঞ
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
● গুণমান নিয়ন্ত্রণ: কোষের সংখ্যা, জিন সনাক্তকরণ, কোষের সঠিক শনাক্তকরণ, আরএনএ অণু এবং প্রকাশের পরিমাণ নির্ধারণ
● অভ্যন্তরীণ নমুনা বিশ্লেষণ:
সেল ক্লাস্টারিং এবং ক্লাস্টার টীকা
ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: ক্লাস্টারে ডিইজি সনাক্তকরণ
ক্লাস্টার ডিইজিগুলির কার্যকরী টীকা এবং সমৃদ্ধকরণ
● আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ:
তথ্যের সংমিশ্রণ
ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: গ্রুপে ডিইজি সনাক্তকরণ
গ্রুপ ডিইজিগুলির কার্যকরী টীকা এবং সমৃদ্ধকরণ
● উন্নত বিশ্লেষণ:
কোষ চক্র বিশ্লেষণ
সিউডোটাইম বিশ্লেষণ
সেল যোগাযোগ বিশ্লেষণ (সেলফোনডিবি)
জিন সেট সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ (GSEA)
অভ্যন্তরীণ-নমুনা বিশ্লেষণ
সেল ক্লাস্টারিং:
ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: ক্লাস্টার ডিইজি
আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ
ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: গ্রুপ ডিইজি
উন্নত বিশ্লেষণ:
সিউডোটাইম বিশ্লেষণ:
কোষ চক্র বিশ্লেষণ:
এই বৈশিষ্ট্যযুক্ত প্রকাশনাগুলিতে 10X ক্রোমিয়াম দ্বারা BMKGene-এর একক-নিউক্লিয়াস RNA সিকোয়েন্সিং পরিষেবাগুলির দ্বারা সুবিধাপ্রাপ্ত অগ্রগতিগুলি অন্বেষণ করুন:
ওয়াং, এল. এট আল। (2021) 'একক-কোষ ট্রান্সক্রিপ্টোমিক বিশ্লেষণ স্টেরয়েড-প্রতিরোধী হাঁপানি বৃদ্ধিতে ফুসফুসের ইমিউন ল্যান্ডস্কেপ প্রকাশ করে',মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের ন্যাশনাল একাডেমি অফ সায়েন্সেসের কার্যক্রম, 118(2), পৃ. e2005590118। doi: 10.1073/pnas.2005590118
ঝেং, এইচ. এট আল। (2022) 'একটি গ্লোবাল রেগুলেটরি নেটওয়ার্ক ফর ডিসরেগুলেটেড জিন এক্সপ্রেশন এবং অস্বাভাবিক মেটাবলিক সিগন্যালিং ইন ইমিউন সেল ইন দ্য মাইক্রোএনভায়রনমেন্ট অফ গ্রেভস ডিজিজ অ্যান্ড হাশিমোটো'স থাইরয়েডাইটিস',ইমিউনোলজিতে ফ্রন্টিয়ার্স, 13, পৃ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX।
তিয়ান, এইচ. এট আল। (2023) 'একক-কোষের ট্রান্সক্রিপ্টম ফ্লাউন্ডারে নিষ্ক্রিয় এডওয়ার্ডসিয়েলা টার্ডা (প্যারালিথিস অলিভেসিয়াস) এর সাথে টিকা দেওয়ার পরে লিউকোসাইটের ভিন্নতা এবং প্রতিরোধ ক্ষমতা উন্মোচন করে',জলজ পালন, 566, পৃ. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
ইউ, ওয়াই এবং অন্যান্য। (2023) 'ফটোডাইনামিক থেরাপি গ্যাস্ট্রিক ক্যান্সারে আক্রান্ত রোগীদের অ্যান্টি-টিউমার অনাক্রম্যতা পুনর্নির্মাণের মাধ্যমে ইমিউন চেকপয়েন্ট ইনহিবিটারগুলির ফলাফলকে উন্নত করে',গ্যাস্ট্রিক ক্যান্সার, 26(5), পৃ. 798-813। doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS।
