হ্রাসকৃত প্রতিনিধিত্ব বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (RRBS)
রিডুসড রিপ্রেজেন্টেশন বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (আরআরবিএস) ডিএনএ মেথিলেশন গবেষণায় হোল জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (ডব্লিউজিবিএস) এর একটি সাশ্রয়ী এবং দক্ষ বিকল্প হিসাবে আবির্ভূত হয়েছে। যদিও WGBS একক বেস রেজোলিউশনে সমগ্র জিনোম পরীক্ষা করে ব্যাপক অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে, এর উচ্চ খরচ একটি সীমিত কারণ হতে পারে। আরআরবিএস কৌশলগতভাবে জিনোমের একটি প্রতিনিধি অংশকে বেছে বেছে বিশ্লেষণ করে এই চ্যালেঞ্জটি প্রশমিত করে। এই পদ্ধতিটি MspI ক্লিভেজ দ্বারা CpG দ্বীপ-সমৃদ্ধ অঞ্চলগুলির সমৃদ্ধির উপর নির্ভর করে এবং তারপরে 200-500/600 bps খণ্ডের আকার নির্বাচন করে। ফলস্বরূপ, শুধুমাত্র CpG দ্বীপের নিকটবর্তী অঞ্চলগুলিকে ক্রমানুসারে করা হয়, যখন দূরবর্তী CpG দ্বীপগুলির সাথে বিশ্লেষণ থেকে বাদ দেওয়া হয়৷ বিসালফাইট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত এই প্রক্রিয়াটি ডিএনএ মিথিলেশনের উচ্চ-রেজোলিউশন সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়, এবং সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি, PE150, বিশেষভাবে মধ্যম না হয়ে সন্নিবেশের প্রান্তে ফোকাস করে, যা মেথিলেশন প্রোফাইলিংয়ের দক্ষতা বাড়ায়। RRBS হল একটি অমূল্য হাতিয়ার যা খরচ-কার্যকর ডিএনএ মিথাইলেশন গবেষণা এবং এপিজেনেটিক মেকানিজমের অগ্রগতি জ্ঞানকে সক্ষম করে।
পরিষেবা বৈশিষ্ট্য
● একটি রেফারেন্স জিনোম প্রয়োজন।
● ল্যাম্বডা ডিএনএ বিসালফাইট রূপান্তর দক্ষতা নিরীক্ষণ করতে ব্যবহৃত হয়।
● MspI হজম দক্ষতাও পর্যবেক্ষণ করা হয়।
● উদ্ভিদ নমুনার জন্য ডাবল এনজাইম হজম।
● ইলুমিনা নোভাসেক-এ সিকোয়েন্সিং।
পরিষেবার সুবিধা
●WGBS-এর জন্য খরচ-কার্যকর এবং দক্ষ বিকল্প: বিশ্লেষণ সক্রিয় করা একটি কম খরচে এবং কম নমুনা প্রয়োজনীয়তা সঙ্গে বাহিত করা হবে.
●সম্পূর্ণ প্ল্যাটফর্ম:নমুনা প্রক্রিয়াকরণ, লাইব্রেরি নির্মাণ, এবং বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণের সিকোয়েন্সিং থেকে এক-স্টপ চমৎকার পরিষেবা প্রদান করে।
●ব্যাপক দক্ষতা: RRBS সিকোয়েন্সিং প্রকল্পের সাথে বিভিন্ন প্রজাতির বিভিন্ন পরিসরে সফলভাবে সম্পন্ন হয়েছে, BMKGENE এক দশকেরও বেশি অভিজ্ঞতা, একটি অত্যন্ত দক্ষ বিশ্লেষণ দল, ব্যাপক বিষয়বস্তু, এবং বিক্রয়োত্তর চমৎকার সমর্থন নিয়ে এসেছে।
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
| লাইব্রেরি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট | মান নিয়ন্ত্রণ |
| MspI ডাইজেস্টেড এবং বিসালফাইট ট্রিটেড লাইব্রেরি | ইলুমিনা PE150 | 8 জিবি | Q30 ≥ 85% বিসালফাইট রূপান্তর > 99% MspI কাটিং দক্ষতা > 95% |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
| ঘনত্ব (ng/µL) | মোট পরিমাণ (µg) |
| |
| জিনোমিক ডিএনএ | ≥ ৩০ | ≥ 1 | সীমিত অবনতি বা দূষণ |
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
নমুনা বিতরণ
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
● কাঁচা সিকোয়েন্সিং মান নিয়ন্ত্রণ;
● রেফারেন্স জিনোম ম্যাপিং;
● 5mC মিথাইলেড বেস সনাক্তকরণ এবং মোটিফ সনাক্তকরণ;
● মিথাইলেশন বন্টন এবং নমুনা তুলনা বিশ্লেষণ;
● ডিফারেনশিয়ালি মেথিলেটেড অঞ্চলের বিশ্লেষণ (DMRs);
● DMR এর সাথে যুক্ত জিনের কার্যকরী টীকা।
মান নিয়ন্ত্রণ: হজম দক্ষতা (জিনোম ম্যাপিংয়ে)
মান নিয়ন্ত্রণ: বিসালফাইট রূপান্তর (মিথিলেশন তথ্য নিষ্কাশনে)
মিথিলেশন মানচিত্র: 5mC মিথিলেশন জিনোম-ওয়াইড ডিস্ট্রিবিউশন
নমুনা তুলনা: প্রধান উপাদান বিশ্লেষণ
ডিফারেনশিয়ালি মেথিলেটেড অঞ্চল (ডিএমআর) বিশ্লেষণ: হিটম্যাপ
BMKGene-এর সম্পূর্ণ জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং পরিষেবাগুলির দ্বারা সুগম করা গবেষণার অগ্রগতিগুলি প্রকাশনাগুলির একটি কিউরেটেড সংগ্রহের মাধ্যমে অন্বেষণ করুন৷
লি, জেড এবং অন্যান্য। (2022) 'সিআরআইএসপিআর অ্যাক্টিভেশন এবং প্যারাক্রাইন ফ্যাক্টর দ্বারা লেডিগ-এর মতো কোষে উচ্চ-বিশ্বস্ততা পুনঃপ্রোগ্রামিং',পিএনএএস নেক্সাস, 1(4)। doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179।
তিয়ান, এইচ. এট আল। (2023) 'চীনা মনোজাইগোটিক যমজদের দেহের গঠনের জিনোম-ওয়াইড ডিএনএ মেথিলেশন বিশ্লেষণ',ইউরোপীয় জার্নাল অফ ক্লিনিক্যাল ইনভেস্টিগেশন, 53(11), পৃ. e14055। doi: 10.1111/ECI.14055।
উ, ওয়াই এবং অন্যান্য। (2022) 'ডিএনএ মেথিলেশন এবং কোমর-থেকে-নিতম্বের অনুপাত: চীনা মনোজাইগোটিক যমজদের মধ্যে একটি এপিজেনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি',জার্নাল অফ এন্ডোক্রিনোলজিকাল ইনভেস্টিগেশন, 45(12), পৃ. 2365-2376। doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
