-
একক- নিউক্লিয়াস আরএনএ সিকোয়েন্সিং
একক-কোষ ক্যাপচার এবং কাস্টম লাইব্রেরি নির্মাণ কৌশলগুলির বিকাশ, উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত, কোষের স্তরে জিন এক্সপ্রেশন স্টাডিতে বিপ্লব ঘটিয়েছে। এই অগ্রগতি জটিল কোষের জনসংখ্যার গভীর এবং আরও ব্যাপক বিশ্লেষণের অনুমতি দেয়, সমস্ত কোষের উপর জিনের অভিব্যক্তির গড় সঙ্গে যুক্ত সীমাবদ্ধতাগুলি অতিক্রম করে এবং এই জনসংখ্যার মধ্যে প্রকৃত ভিন্নতা রক্ষা করে। যদিও একক-কোষ আরএনএ সিকোয়েন্সিং (scRNA-seq) এর অনস্বীকার্য সুবিধা রয়েছে, এটি কিছু টিস্যুতে চ্যালেঞ্জের মুখোমুখি হয় যেখানে একটি একক-কোষ সাসপেনশন তৈরি করা কঠিন প্রমাণিত হয় এবং নতুন নমুনার প্রয়োজন হয়। BMKGene-এ, আমরা অত্যাধুনিক 10X জিনোমিক্স ক্রোমিয়াম প্রযুক্তি ব্যবহার করে একক-নিউক্লিয়াস RNA সিকোয়েন্সিং (snRNA-seq) অফার করে এই বাধার সমাধান করি। এই পদ্ধতিটি একক-কোষ স্তরে ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণের জন্য উপযুক্ত নমুনার বর্ণালীকে বিস্তৃত করে।
নিউক্লিয়াসের বিচ্ছিন্নতা উদ্ভাবনী 10X জিনোমিক্স ক্রোমিয়াম চিপের মাধ্যমে সম্পন্ন করা হয়, যেখানে ডাবল ক্রসিং সহ একটি আট-চ্যানেল মাইক্রোফ্লুইডিক্স সিস্টেম রয়েছে। এই সিস্টেমের মধ্যে, বারকোড, প্রাইমার, এনজাইম এবং একটি একক নিউক্লিয়াস যুক্ত জেল পুঁতিগুলি ন্যানোলিটার-আকারের তেলের ড্রপগুলিতে আবদ্ধ থাকে, যা জেল বিড-ইন-ইমালসন (GEM) গঠন করে। জিইএম গঠনের পর, প্রতিটি জিইএম-এর মধ্যে সেল লাইসিস এবং বারকোড রিলিজ হয়। পরবর্তীকালে, mRNA অণুগুলি 10X বারকোড এবং ইউনিক মলিকুলার আইডেন্টিফায়ার (UMIs) অন্তর্ভুক্ত করে, cDNA-তে বিপরীত প্রতিলিপির মধ্য দিয়ে যায়। এই সিডিএনএগুলি তখন স্ট্যান্ডার্ড সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি নির্মাণের অধীন হয়, যা একক-কোষ স্তরে জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইলগুলির একটি শক্তিশালী এবং ব্যাপক অনুসন্ধানের সুবিধা দেয়।
প্ল্যাটফর্ম: 10× জিনোমিক্স ক্রোমিয়াম এবং ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
10x জিনোমিক্স ভিজিয়াম স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম
স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স হল একটি অত্যাধুনিক প্রযুক্তি যা গবেষকদের তাদের স্থানিক প্রসঙ্গ সংরক্ষণ করার সময় টিস্যুগুলির মধ্যে জিনের প্রকাশের ধরণগুলি তদন্ত করতে দেয়। এই ডোমেনের একটি শক্তিশালী প্ল্যাটফর্ম হল 10x জিনোমিক্স ভিজিয়াম এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং। 10X ভিজিয়ামের নীতিটি একটি বিশেষ চিপের উপরে একটি মনোনীত ক্যাপচার এলাকা যেখানে টিস্যু বিভাগগুলি স্থাপন করা হয়। এই ক্যাপচার এলাকায় বারকোডযুক্ত দাগ রয়েছে, প্রতিটি টিস্যুর মধ্যে একটি অনন্য স্থানিক অবস্থানের সাথে সম্পর্কিত। টিস্যু থেকে বন্দী আরএনএ অণুগুলিকে তারপরে বিপরীত প্রতিলিপি প্রক্রিয়া চলাকালীন অনন্য আণবিক সনাক্তকারী (UMIs) দিয়ে লেবেল করা হয়। এই বারকোডযুক্ত দাগ এবং UMIগুলি একটি একক-কোষ রেজোলিউশনে সুনির্দিষ্ট স্থানিক ম্যাপিং এবং জিনের অভিব্যক্তির পরিমাণ নির্ধারণ করতে সক্ষম করে। স্থানিকভাবে বারকোডযুক্ত নমুনা এবং UMI-এর সংমিশ্রণ উৎপন্ন ডেটার নির্ভুলতা এবং নির্দিষ্টতা নিশ্চিত করে। এই স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স প্রযুক্তি ব্যবহার করে, গবেষকরা কোষের স্থানিক সংগঠন এবং টিস্যুগুলির মধ্যে ঘটে যাওয়া জটিল আণবিক মিথস্ক্রিয়া সম্পর্কে গভীর উপলব্ধি অর্জন করতে পারেন, অনকোলজি, নিউরোসায়েন্স, উন্নয়নমূলক জীববিদ্যা, ইমিউনোলজি সহ একাধিক ক্ষেত্রে জৈবিক প্রক্রিয়ার অন্তর্নিহিত প্রক্রিয়াগুলির অমূল্য অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। , এবং বোটানিক্যাল স্টাডিজ।
প্ল্যাটফর্ম: 10X জিনোমিক্স ভিজিয়াম এবং ইলুমিনা নোভাসেক
-
পূর্ণ-দৈর্ঘ্য mRNA সিকোয়েন্সিং-ন্যানোপোর
যদিও এনজিএস-ভিত্তিক এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং জিনের অভিব্যক্তির পরিমাণ নির্ধারণের জন্য একটি বহুমুখী হাতিয়ার, তবে সংক্ষিপ্ত পাঠের উপর এর নির্ভরতা জটিল ট্রান্সক্রিপ্টমিক বিশ্লেষণে এর কার্যকারিতা সীমাবদ্ধ করে। অন্যদিকে, ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং দীর্ঘ-পঠিত প্রযুক্তি ব্যবহার করে, পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের এমআরএনএ ট্রান্সক্রিপ্টের সিকোয়েন্সিং সক্ষম করে। এই পদ্ধতিটি বিকল্প স্প্লিসিং, জিন ফিউশন, পলি-অ্যাডিনাইলেশন এবং এমআরএনএ আইসোফর্মের পরিমাণ নির্ধারণের একটি ব্যাপক অনুসন্ধানের সুবিধা দেয়।
ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং, একটি পদ্ধতি যা ন্যানোপোর একক-অণু রিয়েল-টাইম বৈদ্যুতিক সংকেতের উপর নির্ভর করে, রিয়েল-টাইমে ফলাফল প্রদান করে। মোটর প্রোটিন দ্বারা পরিচালিত, ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ডিএনএ একটি বায়োফিল্মে এম্বেড করা ন্যানোপোর প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ হয়, এটি ভোল্টেজের পার্থক্যের অধীনে ন্যানোপোর চ্যানেলের মধ্য দিয়ে যাওয়ার সময় বন্ধ হয়ে যায়। ডিএনএ স্ট্র্যান্ডের বিভিন্ন ঘাঁটি দ্বারা উত্পন্ন স্বতন্ত্র বৈদ্যুতিক সংকেতগুলি সনাক্ত করা হয় এবং রিয়েল-টাইমে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়, যা সঠিক এবং অবিচ্ছিন্ন নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্সিংয়ের সুবিধা দেয়। এই উদ্ভাবনী পদ্ধতিটি স্বল্প-পঠিত সীমাবদ্ধতাগুলিকে অতিক্রম করে এবং জটিল জিনোমিক বিশ্লেষণের জন্য একটি গতিশীল প্ল্যাটফর্ম প্রদান করে, যার মধ্যে জটিল ট্রান্সক্রিপ্টমিক অধ্যয়ন সহ, তাৎক্ষণিক ফলাফল সহ।
প্ল্যাটফর্ম: Nanopore PromethION 48
-
পূর্ণ-দৈর্ঘ্য mRNA সিকোয়েন্সিং -PacBio
যদিও এনজিএস-ভিত্তিক এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং জিনের অভিব্যক্তির পরিমাণ নির্ধারণের জন্য একটি বহুমুখী হাতিয়ার, সংক্ষিপ্ত পাঠের উপর এর নির্ভরতা জটিল ট্রান্সক্রিপ্টমিক বিশ্লেষণে এর ব্যবহারকে সীমাবদ্ধ করে। অন্যদিকে, PacBio সিকোয়েন্সিং (Iso-Seq) দীর্ঘ-পঠিত প্রযুক্তি ব্যবহার করে, পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA ট্রান্সক্রিপ্টের সিকোয়েন্সিং সক্ষম করে। এই পদ্ধতিটি বিকল্প স্প্লিসিং, জিন ফিউশন এবং পলি-অ্যাডিনাইলেশনের একটি ব্যাপক অনুসন্ধানের সুবিধা দেয়। যাইহোক, প্রয়োজনীয় ডেটার উচ্চ পরিমাণের কারণে জিনের প্রকাশের পরিমাণ নির্ধারণের জন্য অন্যান্য পছন্দ রয়েছে। PacBio সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি একক-অণু, রিয়েল-টাইম (SMRT) সিকোয়েন্সিংয়ের উপর নির্ভর করে, পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA ট্রান্সক্রিপ্ট ক্যাপচার করার ক্ষেত্রে একটি স্বতন্ত্র সুবিধা প্রদান করে। এই উদ্ভাবনী পদ্ধতিতে জিরো-মোড ওয়েভগাইড (ZMWs) এবং মাইক্রোফ্যাব্রিকেটেড কূপগুলি ব্যবহার করা জড়িত যা সিকোয়েন্সিংয়ের সময় DNA পলিমারেজ কার্যকলাপের রিয়েল-টাইম পর্যবেক্ষণ সক্ষম করে। এই ZMWs-এর মধ্যে, PacBio-এর DNA পলিমারেজ DNA-এর একটি পরিপূরক স্ট্র্যান্ডকে সংশ্লেষিত করে, দীর্ঘ পাঠ তৈরি করে যা সম্পূর্ণ mRNA ট্রান্সক্রিপ্টকে বিস্তৃত করে। সার্কুলার কনসেনসাস সিকোয়েন্সিং (CCS) মোডে PacBio অপারেশন একই অণুকে বারবার সিকোয়েন্স করে নির্ভুলতা বাড়ায়। জেনারেট করা হাইফাই রিডগুলির এনজিএস-এর সাথে তুলনীয় নির্ভুলতা রয়েছে, যা জটিল ট্রান্সক্রিপ্টমিক বৈশিষ্ট্যগুলির একটি ব্যাপক এবং নির্ভরযোগ্য বিশ্লেষণে আরও অবদান রাখে।
প্ল্যাটফর্ম: PacBio সিক্যুয়েল II; প্যাকবিও রিভিও
-
ইউক্যারিওটিক এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং-এনজিএস
mRNA সিকোয়েন্সিং, একটি বহুমুখী প্রযুক্তি, নির্দিষ্ট অবস্থার অধীনে কোষের মধ্যে সমস্ত mRNA ট্রান্সক্রিপ্টের ব্যাপক প্রোফাইলিংয়ের ক্ষমতা দেয়। এর বিস্তৃত অ্যাপ্লিকেশনের সাথে, এই অত্যাধুনিক সরঞ্জামটি বিভিন্ন জৈবিক প্রক্রিয়ার সাথে যুক্ত জটিল জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল, জিন গঠন এবং আণবিক প্রক্রিয়া উন্মোচন করে। মৌলিক গবেষণা, ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিকস এবং ড্রাগ ডেভেলপমেন্টে ব্যাপকভাবে গৃহীত, mRNA সিকোয়েন্সিং সেলুলার ডাইনামিকস এবং জেনেটিক রেগুলেশনের জটিলতার অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে, বিভিন্ন ক্ষেত্রে এর সম্ভাব্যতা সম্পর্কে কৌতূহল সৃষ্টি করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক এক্স; DNBSEQ-T7
-
নন-রেফারেন্স ভিত্তিক mRNA সিকোয়েন্সিং-এনজিএস
এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং নির্দিষ্ট অবস্থার অধীনে কোষের মধ্যে সমস্ত এমআরএনএ ট্রান্সক্রিপ্টের ব্যাপক প্রোফাইলিংয়ের ক্ষমতা দেয়। এই অত্যাধুনিক প্রযুক্তি একটি শক্তিশালী হাতিয়ার হিসেবে কাজ করে, জটিল জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল, জিন গঠন এবং বিভিন্ন জৈবিক প্রক্রিয়ার সাথে যুক্ত আণবিক প্রক্রিয়া উন্মোচন করে। মৌলিক গবেষণা, ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিকস এবং ড্রাগ ডেভেলপমেন্টে ব্যাপকভাবে গৃহীত, এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং সেলুলার গতিবিদ্যা এবং জেনেটিক নিয়ন্ত্রণের জটিলতার অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক এক্স; DNBSEQ-T7
-
লং নন-কোডিং সিকোয়েন্সিং-ইলুমিনা
লং নন-কোডিং RNAs (lncRNAs) 200 টি নিউক্লিওটাইডের চেয়ে দীর্ঘ যেগুলির ন্যূনতম কোডিং সম্ভাবনা রয়েছে এবং নন-কোডিং RNA-এর মধ্যে প্রধান উপাদান। নিউক্লিয়াস এবং সাইটোপ্লাজমে পাওয়া যায়, এই আরএনএগুলি এপিজেনেটিক, ট্রান্সক্রিপশনাল এবং পোস্ট-ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেশনে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে, সেলুলার এবং আণবিক প্রক্রিয়া গঠনে তাদের তাত্পর্যকে আন্ডারস্কোর করে। LncRNA সিকোয়েন্সিং হল কোষের পার্থক্য, অন্টোজেনেসিস এবং মানব রোগের একটি শক্তিশালী হাতিয়ার।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক
-
ছোট আরএনএ সিকোয়েন্সিং-ইলুমিনা
ছোট আরএনএ (sRNA) অণুগুলির মধ্যে রয়েছে মাইক্রোআরএনএ (miRNAs), ছোট হস্তক্ষেপকারী RNAs (siRNAs), এবং piwi-interacting RNAs (piRNAs)। এর মধ্যে, miRNAs, প্রায় 18-25 নিউক্লিওটাইড দীর্ঘ, বিভিন্ন সেলুলার প্রক্রিয়াগুলিতে তাদের প্রধান নিয়ন্ত্রক ভূমিকার জন্য বিশেষভাবে উল্লেখযোগ্য। টিস্যু-নির্দিষ্ট এবং পর্যায়-নির্দিষ্ট এক্সপ্রেশন প্যাটার্ন সহ, miRNAs বিভিন্ন প্রজাতি জুড়ে উচ্চ সংরক্ষণ প্রদর্শন করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক
-
সার্কআরএনএ সিকোয়েন্সিং-ইলুমিনা
বৃত্তাকার RNA সিকোয়েন্সিং (circRNA-seq) হল বৃত্তাকার RNAs প্রোফাইল এবং বিশ্লেষণ করা, RNA অণুর একটি শ্রেণী যা নন-ক্যানোনিকাল স্প্লিসিং ইভেন্টের কারণে বন্ধ লুপ তৈরি করে, এই RNAকে বর্ধিত স্থিতিশীলতা প্রদান করে। যদিও কিছু সার্কআরএনএগুলিকে মাইক্রোআরএনএ স্পঞ্জ হিসাবে কাজ করতে দেখা গেছে, মাইক্রোআরএনএগুলিকে পৃথক করে এবং তাদের লক্ষ্য এমআরএনএগুলিকে নিয়ন্ত্রণ করতে বাধা দেয়, অন্যান্য সার্কআরএনএগুলি প্রোটিনের সাথে যোগাযোগ করতে পারে, জিনের অভিব্যক্তি পরিবর্তন করতে পারে বা সেলুলার প্রক্রিয়াগুলিতে ভূমিকা রাখতে পারে। সার্কআরএনএ এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ এই অণুগুলির নিয়ন্ত্রক ভূমিকা এবং বিভিন্ন সেলুলার প্রক্রিয়া, বিকাশের পর্যায় এবং রোগের অবস্থার মধ্যে তাদের তাত্পর্য সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে, যা জিনের অভিব্যক্তির প্রেক্ষাপটে আরএনএ নিয়ন্ত্রণের জটিলতা সম্পর্কে গভীরভাবে বোঝার জন্য অবদান রাখে।
-
পুরো ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং - ইলুমিনা
সম্পূর্ণ ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং বিভিন্ন RNA অণু, এনকম্পাসিং কোডিং (mRNA) এবং নন-কোডিং RNAs (lncRNA, circRNA, এবং miRNA) প্রোফাইল করার জন্য একটি ব্যাপক পদ্ধতির প্রস্তাব করে। এই কৌশলটি একটি নির্দিষ্ট মুহুর্তে নির্দিষ্ট কোষের সম্পূর্ণ ট্রান্সক্রিপ্ট ক্যাপচার করে, যা সেলুলার প্রক্রিয়াগুলির একটি সামগ্রিক বোঝার অনুমতি দেয়। এটি "টোটাল আরএনএ সিকোয়েন্সিং" নামেও পরিচিত, এটির লক্ষ্য ট্রান্সক্রিপ্টম স্তরে জটিল নিয়ন্ত্রক নেটওয়ার্কগুলি উন্মোচন করা, যাতে প্রতিযোগী অন্তঃসত্ত্বা RNA (ceRNA) এবং যৌথ RNA বিশ্লেষণের মতো গভীর বিশ্লেষণ সক্ষম করা। এটি কার্যকরী চরিত্রায়নের দিকে প্রাথমিক পদক্ষেপ চিহ্নিত করে, বিশেষ করে সার্কআরএনএ-মিআরএনএ-এমআরএনএ-ভিত্তিক ceRNA মিথস্ক্রিয়া জড়িত নিয়ন্ত্রক নেটওয়ার্কগুলিকে উদ্ঘাটনে।