-
হাই-সি ভিত্তিক ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া
হাই-সি হল একটি পদ্ধতি যা প্রোবিং প্রক্সিমিটি-ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া এবং উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংকে একত্রিত করে জিনোমিক কনফিগারেশন ক্যাপচার করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। পদ্ধতিটি ফর্মালডিহাইডের সাথে ক্রোমাটিন ক্রসলিংকিং এর উপর ভিত্তি করে, তারপরে হজম এবং রি-লাইগেশন এমনভাবে করা হয় যাতে কেবলমাত্র এমন টুকরোগুলি যেগুলি সমযোজীভাবে সংযুক্ত থাকে সেগুলি বন্ধন পণ্য তৈরি করবে। এই লাইগেশন পণ্যগুলিকে সিকোয়েন্স করে, জিনোমের 3D সংগঠন অধ্যয়ন করা সম্ভব। হাই-সি জিনোমের অংশগুলির বন্টন অধ্যয়ন করতে সক্ষম করে যা হালকাভাবে প্যাক করা হয় (A কম্পার্টমেন্ট, ইউক্রোমাটিন) এবং ট্রান্সক্রিপশনভাবে সক্রিয় হওয়ার সম্ভাবনা বেশি, এবং যে অঞ্চলগুলি আরও শক্তভাবে প্যাক করা হয় (বি কম্পার্টমেন্ট, হেটেরোক্রোমাটিন)। হাই-সি টপোলজিক্যালি অ্যাসোসিয়েটেড ডোমেনগুলি (TADs), জিনোমের অঞ্চলগুলিকে বোঝানোর জন্যও ব্যবহার করা যেতে পারে যেখানে ভাঁজ করা কাঠামো রয়েছে এবং একই রকম এক্সপ্রেশন প্যাটার্ন থাকতে পারে এবং ক্রোমাটিন লুপ, ডিএনএ অঞ্চলগুলি সনাক্ত করতে যা প্রোটিন দ্বারা একত্রে নোঙ্গর করা হয় এবং যেগুলি প্রায়ই নিয়ন্ত্রক উপাদান সমৃদ্ধ. BMKGene-এর হাই-সি সিকোয়েন্সিং পরিষেবা গবেষকদের জিনোমিক্সের স্থানিক মাত্রাগুলি অন্বেষণ করতে, জিনোম নিয়ন্ত্রণ এবং স্বাস্থ্য ও রোগের ক্ষেত্রে এর প্রভাব বোঝার জন্য নতুন পথ খোলার ক্ষমতা দেয়৷
-
ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন সিকোয়েন্সিং (ChIP-seq)
ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন (CHIP) হল একটি কৌশল যা ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিন এবং তাদের সংশ্লিষ্ট জিনোমিক্স লক্ষ্যবস্তুগুলিকে বেছে বেছে সমৃদ্ধ করতে অ্যান্টিবডিগুলিকে ব্যবহার করে। এনজিএস-এর সাথে এর একীকরণ হিস্টোন পরিবর্তন, ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর এবং অন্যান্য ডিএনএ-বাইন্ডিং প্রোটিনের সাথে যুক্ত ডিএনএ লক্ষ্যগুলির জিনোম-ওয়াইড প্রোফাইলিং সক্ষম করে। এই গতিশীল পদ্ধতিটি বিভিন্ন কোষের ধরন, টিস্যু বা শর্ত জুড়ে বাঁধাই সাইটগুলির তুলনা সক্ষম করে। ChIP-Seq-এর অ্যাপ্লিকেশনগুলি ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেশন এবং বিকাশের পথ অধ্যয়ন থেকে শুরু করে রোগের প্রক্রিয়াগুলি ব্যাখ্যা করার জন্য বিস্তৃত, এটি জিনোমিক রেগুলেশন ল্যান্ডস্কেপগুলি বোঝার জন্য এবং থেরাপিউটিক অন্তর্দৃষ্টিকে অগ্রসর করার জন্য একটি অপরিহার্য হাতিয়ার করে তোলে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক
-
পুরো জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (WGBS)
পুরো জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (ডব্লিউজিবিএস) ডিএনএ মিথিলেশনের গভীরভাবে অনুসন্ধানের জন্য স্বর্ণ-মান পদ্ধতি হিসাবে দাঁড়িয়েছে, বিশেষত সাইটোসিনের পঞ্চম অবস্থান (5-mC), জিনের অভিব্যক্তি এবং সেলুলার কার্যকলাপের একটি প্রধান নিয়ামক। WGBS-এর অন্তর্নিহিত নীতির মধ্যে বিসালফাইট চিকিত্সা জড়িত, যা মিথাইলেড সাইটোসাইনগুলিকে অপরিবর্তিত রেখে ইউরাসিলে (C থেকে U) রূপান্তরিত করে। এই কৌশলটি একক-বেস রেজোলিউশন অফার করে, যা গবেষকদের ব্যাপকভাবে মিথাইলোম তদন্ত করতে এবং বিভিন্ন অবস্থার সাথে সম্পর্কিত অস্বাভাবিক মেথিলেশন প্যাটার্ন উন্মোচন করতে দেয়, বিশেষ করে ক্যান্সার। ডাব্লুজিবিএস নিয়োগের মাধ্যমে, বিজ্ঞানীরা জিনোম-বিস্তৃত মেথিলেশন ল্যান্ডস্কেপগুলির মধ্যে অতুলনীয় অন্তর্দৃষ্টি অর্জন করতে পারেন, যা বিভিন্ন জৈবিক প্রক্রিয়া এবং রোগের অন্তর্গত এপিজেনেটিক প্রক্রিয়াগুলির একটি সংক্ষিপ্ত ধারণা প্রদান করে।
-
উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং (ATAC-seq) সহ ট্রান্সপোজেস-অ্যাক্সেসিবল ক্রোমাটিনের জন্য অ্যাস
ATAC-seq হল একটি উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং কৌশল যা জিনোম-ওয়াইড ক্রোমাটিন অ্যাক্সেসিবিলিটি বিশ্লেষণের জন্য ব্যবহৃত হয়। এটি ব্যবহার জিনের অভিব্যক্তির উপর বিশ্বব্যাপী এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণের জটিল প্রক্রিয়াগুলির গভীর উপলব্ধি প্রদান করে। পদ্ধতিটি একই সাথে সিকোয়েন্সিং অ্যাডাপ্টর সন্নিবেশ করে খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলগুলিকে খণ্ডিত করতে এবং ট্যাগ করতে একটি হাইপারঅ্যাকটিভ Tn5 ট্রান্সপোসেজ ব্যবহার করে। পরবর্তী পিসিআর পরিবর্ধনের ফলে একটি সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি তৈরি হয়, যা নির্দিষ্ট স্থান-কালের অবস্থার অধীনে খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলগুলির ব্যাপক সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়। ATAC-seq অ্যাক্সেসযোগ্য ক্রোমাটিন ল্যান্ডস্কেপগুলির একটি সামগ্রিক দৃষ্টিভঙ্গি প্রদান করে, যে পদ্ধতিগুলি শুধুমাত্র ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট বা নির্দিষ্ট হিস্টোন-সংশোধিত অঞ্চলগুলিতে ফোকাস করে। এই খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলগুলিকে সিকোয়েন্স করে, ATAC-seq অঞ্চলগুলিকে সক্রিয় নিয়ন্ত্রক ক্রম এবং সম্ভাব্য ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইটগুলির সম্ভাবনা বেশি প্রকাশ করে, জিনোম জুড়ে জিন এক্সপ্রেশনের গতিশীল মড্যুলেশনে মূল্যবান অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।
-
হ্রাসকৃত প্রতিনিধিত্ব বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (RRBS)
রিডুসড রিপ্রেজেন্টেশন বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (আরআরবিএস) ডিএনএ মেথিলেশন গবেষণায় হোল জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (ডব্লিউজিবিএস) এর একটি সাশ্রয়ী এবং দক্ষ বিকল্প হিসাবে আবির্ভূত হয়েছে। যদিও WGBS একক বেস রেজোলিউশনে সমগ্র জিনোম পরীক্ষা করে ব্যাপক অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে, এর উচ্চ খরচ একটি সীমিত কারণ হতে পারে। আরআরবিএস কৌশলগতভাবে জিনোমের একটি প্রতিনিধি অংশকে বেছে বেছে বিশ্লেষণ করে এই চ্যালেঞ্জটি প্রশমিত করে। এই পদ্ধতিটি MspI ক্লিভেজ দ্বারা CpG দ্বীপ-সমৃদ্ধ অঞ্চলগুলির সমৃদ্ধির উপর নির্ভর করে এবং তারপরে 200-500/600 bps খণ্ডের আকার নির্বাচন করে। ফলস্বরূপ, শুধুমাত্র CpG দ্বীপের নিকটবর্তী অঞ্চলগুলিকে ক্রমানুসারে করা হয়, যখন দূরবর্তী CpG দ্বীপগুলির সাথে বিশ্লেষণ থেকে বাদ দেওয়া হয়৷ বিসালফাইট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত এই প্রক্রিয়াটি ডিএনএ মিথিলেশনের উচ্চ-রেজোলিউশন সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়, এবং সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি, PE150, বিশেষভাবে মধ্যম না হয়ে সন্নিবেশের প্রান্তে ফোকাস করে, যা মেথিলেশন প্রোফাইলিংয়ের দক্ষতা বাড়ায়। RRBS হল একটি অমূল্য হাতিয়ার যা খরচ-কার্যকর ডিএনএ মিথাইলেশন গবেষণা এবং এপিজেনেটিক মেকানিজমের অগ্রগতি জ্ঞানকে সক্ষম করে।
