উদ্ভিদ/প্রাণী পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং
পরিষেবা বৈশিষ্ট্য
● লাইব্রেরি প্রস্তুতি মানসম্মত বা PCR-মুক্ত হতে পারে
● 4টি সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মে উপলব্ধ: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, বা PacBio Revio৷
● বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণ বৈকল্পিক সনাক্তকরণের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে: SNP, InDel, SV এবং CNV
পরিষেবার সুবিধা
●ব্যাপক দক্ষতা এবং প্রকাশনার রেকর্ড: 1000 টিরও বেশি প্রজাতির জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের সঞ্চিত অভিজ্ঞতার ফলে 5000-এর বেশি ক্রমবর্ধমান প্রভাব ফ্যাক্টর সহ 1000টিরও বেশি প্রকাশিত মামলা হয়েছে৷
●ব্যাপক বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণ: বৈচিত্র কলিং এবং ফাংশন টীকা সহ।
● বিক্রয়োত্তর সহায়তা:আমাদের প্রতিশ্রুতি 3 মাসের বিক্রয়োত্তর পরিষেবার মেয়াদ সহ প্রকল্প সমাপ্তির বাইরে প্রসারিত। এই সময়ের মধ্যে, আমরা ফলাফলের সাথে সম্পর্কিত যেকোন প্রশ্নের সমাধান করতে প্রকল্প ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং প্রশ্নোত্তর সেশন অফার করি।
●ব্যাপক টীকা: আমরা চিহ্নিত বৈচিত্র সহ জিনগুলিকে কার্যকরীভাবে টীকা করতে একাধিক ডেটাবেস ব্যবহার করি এবং একাধিক গবেষণা প্রকল্পের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে সংশ্লিষ্ট সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ সম্পাদন করি।
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
| বৈকল্পিক চিহ্নিত করা | সিকোয়েন্সিং কৌশল | প্রস্তাবিত গভীরতা |
| SNP এবং InDel | ইলুমিনা নোভাসেক PE150 বা MGI T7 | 10x |
| SV এবং CNV (কম সঠিক) | 30x | |
| SV এবং CNV (আরো সঠিক) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV এবং CNV | প্যাকবিও রিভিও | 10x |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
| টিস্যু বা নিষ্কাশিত নিউক্লিক অ্যাসিড | ইলুমিনা/এমজিআই | ন্যানোপুর | প্যাকবিও
| ||
| প্রাণী ভিসেরা | 0.5-1 গ্রাম | ≥ 3.5 গ্রাম
| ≥ 3.5 গ্রাম
| ||
| পশু পেশী | ≥ 5 গ্রাম
| ≥ 5 গ্রাম
| |||
| স্তন্যপায়ী রক্ত | 1.5 মি.লি | ≥ 0.5 মিলি
| ≥ 5 মিলি
| ||
| পোল্ট্রি/মাছের রক্ত | ≥ 0.1 মিলি
| ≥ 0.5 মিলি
| |||
| উদ্ভিদ- তাজা পাতা | 1-2 গ্রাম | ≥ 2 গ্রাম
| ≥ 5 গ্রাম
| ||
| সভ্য কোষ |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| পোকা নরম টিস্যু/ব্যক্তি | 0.5-1 গ্রাম | ≥ 1 গ্রাম
| ≥ 3 গ্রাম
| ||
| ডিএনএ বের করা হয়েছে
| ঘনত্ব: ≥ 1 এনজি/ µL পরিমাণ: ≥ 30 ng সীমিত বা কোন অবক্ষয় বা দূষণ
| একাগ্রতা পরিমাণ
OD260/280
OD260/230
সীমিত বা কোন অবক্ষয় বা দূষণ
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/ফ্লো সেল/নমুনা
1.7-2.2
≥1.5 | একাগ্রতা পরিমাণ
OD260/280
OD260/230
সীমিত বা কোন অবক্ষয় বা দূষণ | ≥ 50 ng/ µL 10 μg/ফ্লো সেল/নমুনা
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| পিসিআর-মুক্ত লাইব্রেরি প্রস্তুতি: ঘনত্ব≥ 40 এনজি/ µL পরিমাণ≥ 500 এনজি | |||||
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
নমুনা বিতরণ
ডিএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
ডেটা বিশ্লেষণ
ডেটা ডেলিভারি
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
- কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ
- রেফারেন্স জিনোমে প্রান্তিককরণের পরিসংখ্যান
- বৈকল্পিক সনাক্তকরণ: SNP, InDel, SV এবং CNV
- ভেরিয়েন্টের কার্যকরী টীকা
রেফারেন্স জিনোমের সাথে প্রান্তিককরণের পরিসংখ্যান - সিকোয়েন্সিং ডেপথ ডিস্ট্রিবিউশন
একাধিক নমুনার মধ্যে SNP কলিং
InDel শনাক্তকরণ - CDS অঞ্চল এবং জিনোম-ওয়াইড অঞ্চলে InDel দৈর্ঘ্যের পরিসংখ্যান
জিনোম জুড়ে বৈকল্পিক বিতরণ – সার্কোস প্লট
চিহ্নিত ভেরিয়েন্ট সহ জিনের কার্যকরী টীকা - জিন অন্টোলজি
চাই, Q. এবং অন্যান্য. (2023) 'A glutathione S-transferase GhTT19 তুলোর মধ্যে অ্যান্থোসায়ানিন জমা নিয়ন্ত্রণের মাধ্যমে ফুলের পাপড়ি পিগমেন্টেশন নির্ধারণ করে', প্ল্যান্ট বায়োটেকনোলজি জার্নাল, 21(2), পি. 433. doi: 10.1111/PBI.13965।
চেং, এইচ. এট আল। (2023) 'ক্রোমোজোম-লেভেল ওয়াইল্ড হেভিয়া ব্রাসিলিয়েনসিস জিনোম জিনোমিক-সহায়ক প্রজননের জন্য নতুন সরঞ্জাম সরবরাহ করে এবং রাবার ফলন বাড়াতে মূল্যবান লোকি', প্ল্যান্ট বায়োটেকনোলজি জার্নাল, 21(5), পিপি। 1058–1072। doi: 10.1111/PBI.14018।
লি, এ. এবং অন্যান্য। (2021) 'জিনোম অফ দ্য মোহনা ঝিনুক জলবায়ু প্রভাব এবং অভিযোজিত প্লাস্টিকতার অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে', কমিউনিকেশনস বায়োলজি 2021 4:1, 4(1), পৃষ্ঠা 1-12। doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
জেং, টি. এট আল। (2022) 'সময়ের সাথে চীনা দেশীয় মুরগির জিনোম এবং মেথিলেশন পরিবর্তনের বিশ্লেষণ প্রজাতি সংরক্ষণের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে', যোগাযোগ জীববিজ্ঞান, 5(1), পৃষ্ঠা 1-12। doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
