PacBio 2+3 পূর্ণ-দৈর্ঘ্য mRNA সমাধান
বৈশিষ্ট্য
● স্টাডি ডিজাইন:
ট্রান্সক্রিপ্ট আইসোফর্ম শনাক্ত করার জন্য PacBio-এর সাথে সিকোয়েন্স করা নমুনা
পৃথক নমুনা (প্রতিলিপি এবং শর্তাবলী পরীক্ষা করা) সঙ্গে ক্রমপ্রতিলিপি অভিব্যক্তি পরিমাপ করতে NGS
● সিসিএস মোডে PacBio সিকোয়েন্সিং, হাইফাই রিড তৈরি করে
● পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপির ক্রমানুসারে
● বিশ্লেষণের জন্য রেফারেন্স জিনোমের প্রয়োজন হয় না; যাইহোক, এটা নিযুক্ত করা যেতে পারে
● বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণের মধ্যে শুধুমাত্র জিন এবং আইসোফর্ম-স্তরে প্রকাশ নয় বরং lncRNA, জিন ফিউশন, পলি-অ্যাডিনাইলেশন এবং জিন গঠনের বিশ্লেষণও অন্তর্ভুক্ত।
সুবিধা
● উচ্চ নির্ভুলতা: HiFi নির্ভুলতার সাথে পড়ে >99.9% (Q30), NGS এর সাথে তুলনীয়
● বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ: সমস্ত প্রতিলিপি সিকোয়েন্সিং আইসোফর্ম সনাক্তকরণ এবং চরিত্রায়ন সক্ষম করে।
● PacBio এবং NGS শক্তির সমন্বয়: আইসোফর্ম স্তরে অভিব্যক্তির পরিমাণ নির্ণয় সক্ষম করা, পুরো জিনের অভিব্যক্তি বিশ্লেষণ করার সময় মুখোশযুক্ত পরিবর্তন উন্মোচন করা
● ব্যাপক দক্ষতা: 1100টিরও বেশি PacBio পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রকল্পগুলি সম্পূর্ণ করার এবং 2300টির বেশি নমুনা প্রক্রিয়াকরণের ট্র্যাক রেকর্ড সহ, আমাদের দল প্রতিটি প্রকল্পে প্রচুর অভিজ্ঞতা নিয়ে আসে।
● বিক্রয়োত্তর সহায়তা: আমাদের প্রতিশ্রুতি 3 মাসের বিক্রয়োত্তর পরিষেবার মেয়াদ সহ প্রকল্প সমাপ্তির বাইরে প্রসারিত। এই সময়ের মধ্যে, আমরা ফলাফলের সাথে সম্পর্কিত যেকোন প্রশ্নের সমাধান করতে প্রকল্প ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং প্রশ্নোত্তর সেশন অফার করি।
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
| লাইব্রেরি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | ডেটা প্রস্তাবিত | মান নিয়ন্ত্রণ |
| PolyA সমৃদ্ধ mRNA CCS লাইব্রেরি | PacBio সিক্যুয়েল II প্যাকবিও রিভিও | 20/40 জিবি 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| পলি ক সমৃদ্ধ | ইলুমিনা PE150 | 6-10 জিবি | Q30≥85% |
নিউক্লিওটাইডস
|
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | সততা |
| ইলুমিনা লাইব্রেরি | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥4.0; প্রাণীদের জন্য: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
| PacBio লাইব্রেরি | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | গাছপালা: RIN≥7.5 প্রাণী: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3; B1, B2, B3।
চালান:
1. শুকনো বরফ:নমুনাগুলো ব্যাগে ভরে শুকনো বরফে পুঁতে দিতে হবে।
2. আরএনএস্টেবল টিউব: আরএনএ নমুনাগুলিকে আরএনএ স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে শুকানো যেতে পারে (যেমন RNAstable®) এবং ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ
বিকল্প পলিয়াডেনিলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
ফিউশন ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ
বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
বেঞ্চমার্কিং ইউনিভার্সাল একক-কপি অর্থলগস (BUSCO) বিশ্লেষণ
নভেল ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ: কোডিং সিকোয়েন্সের পূর্বাভাস (সিডিএস) এবং কার্যকরী টীকা
lncRNA বিশ্লেষণ: lncRNA এবং লক্ষ্যগুলির পূর্বাভাস
মাইক্রোস্যাটেলাইট আইডেন্টিফিকেশন (SSR)
ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড ট্রান্সক্রিপ্ট (ডিইটি) বিশ্লেষণ
ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (DEGs) বিশ্লেষণ
ডিইজি এবং ডিইটিগুলির কার্যকরী টীকা
BUSCO বিশ্লেষণ
বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
বিকল্প পলিয়াডেনিলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (DEGs) এবং ট্রান্সক্রিপ্ট (DETs9 বিশ্লেষণ
ডিইটি এবং ডিইজিগুলির প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক
BMKGene-এর PacBio 2+3 পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA সিকোয়েন্সিং প্রকাশনার একটি কিউরেটেড সংগ্রহের মাধ্যমে সুবিধাপ্রাপ্ত অগ্রগতিগুলি অন্বেষণ করুন।
চাও, Q. এট আল। (2019) 'পপুলাস স্টেম ট্রান্সক্রিপ্টোমের উন্নয়নমূলক গতিবিদ্যা', প্ল্যান্ট বায়োটেকনোলজি জার্নাল, 17(1), পিপি। 206–219। doi: 10.1111/PBI.12958।
ডেং, এইচ. এট আল। (2022) 'ফলের বিকাশের সময় অ্যাসকরবিক অ্যাসিড সামগ্রীর গতিশীল পরিবর্তন এবং অ্যাক্টিনিডিয়া ল্যাটিফোলিয়া (একটি অ্যাসকরবেট-সমৃদ্ধ ফল ফসল) এবং অ্যাসোসিয়েটেড মলিকুলার মেকানিজম', ইন্টারন্যাশনাল জার্নাল অফ মলিকুলার সায়েন্সেস, 23(10), পি. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1।
হুয়া, এক্স. এট আল। (2022) 'প্যারিস পলিফিলায় বায়োঅ্যাকটিভ পলিফিলিনের সাথে জড়িত বায়োসিন্থেটিক পাথওয়ে জিনের কার্যকর ভবিষ্যদ্বাণী', কমিউনিকেশনস বায়োলজি 2022 5:1, 5(1), পৃষ্ঠা 1-10। doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
লিউ, এম. এট আল। (2023) 'কম্বাইন্ড প্যাকবিও আইসো-সেক এবং ইলুমিনা আরএনএ-সেক অ্যানালাইসিস অফ দ্য টুটা অ্যাবসোলুটা (মেরিক) ট্রান্সক্রিপ্টোম এবং সাইটোক্রোম পি450 জিন', ইনসেক্টস, 14(4), পি। 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1।
ওয়াং, লিজুন এট আল। (2019) 'Ricinus communis-এ ricinoleic অ্যাসিড জৈবসংশ্লেষণের আরও ভালোভাবে বোঝার জন্য PacBio একক-অণু রিয়েল-টাইম বিশ্লেষণ ব্যবহার করে ট্রান্সক্রিপ্টোম জটিলতার একটি সমীক্ষা', BMC জিনোমিক্স, 20(1), পৃষ্ঠা 1-17। doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
