জিনোম বিবর্তন
পিএনএএস
গোল্ডফিশের বিবর্তনীয় উত্স এবং গৃহপালিত ইতিহাস (ক্যারাসিয়াস অরাতাস)
প্যাকবিও | ইলুমিনা | বায়োনানো জিনোম মানচিত্র | হাই-সি জিনোম অ্যাসেম্বলি | জেনেটিক মানচিত্র | GWAS | আরএনএ-সিক
হাইলাইটস
1. গোল্ডফিশ জিনোম একটি উচ্চমানের সমাবেশ সংস্করণ দিয়ে আপডেট করা হয়েছিল, 50 টি সিউডোক্রোমোসোমে (স্ক্যাফোল্ড এন 50 = 31.84 এমবি) মধ্যে 95.75% কনটিগকে নোঙ্গর করে। দুটি সাবজেনোম বিচ্ছিন্ন ছিল।
২. গৃহপালনের সময় নির্বাচনী সুইপগুলির জেনমিক অঞ্চলগুলি ২০১২ সালের ব্যক্তির পুনরায় তথ্য থেকে চিহ্নিত করা হয়েছিল, ৩৯০ টিরও বেশি প্রার্থী জিন উন্মোচন করে যা সম্ভবত গৃহপালিত বৈশিষ্ট্যের সাথে জড়িত।
3. গার্হস্থ্য সোনার ফিশে ডোরসাল ফিনের উপর জিডব্লিউএএস 378 প্রার্থী জিন প্রকাশ করেছে যা সম্ভাব্যভাবে যুক্ত। একটি টাইরোসিন-প্রোটিন কিনেস রিপোর্টারকে স্বচ্ছতার সাথে যুক্ত প্রার্থী কার্যকারণ জিন হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল
পটভূমি
গোল্ডফিশ (ক্যারাসিয়াস অরাতাস) অন্যতম গুরুত্বপূর্ণ খামারযুক্ত মাছ, যা প্রাচীন চীনের ক্রুসিয়ান কার্প থেকে গৃহপালিত ছিল। তাদের চার্লস ডারউইন দ্বারা মন্তব্য করা হয়েছিল "বর্ণের প্রায় অসীম বৈচিত্র্য পেরিয়ে আমরা কাঠামোর সবচেয়ে অসাধারণ পরিবর্তনগুলির সাথে মিলিত হই"। চূড়ান্ত বৈচিত্র্যময় বৈশিষ্ট্য এবং গৃহপালিত এবং প্রজননের দীর্ঘ ইতিহাস গোল্ডফিশকে ফিশ ফিজিওলজি এবং বিবর্তনের জন্য একটি দুর্দান্ত জেনেটিক মডেল সিস্টেম করে তোলে।
অর্জন
গোল্ডফিশ জিনোম
Jপ্যাকবিও এবং ইলুমিনা জুটি-এন্ড সিকোয়েন্সিং ডেটার মলদ্বার বিশ্লেষণ একটি প্রাথমিক 1.657 জি খসড়া সমাবেশ (কনটিগ এন 50 = 474 কেবি) দেয়। বিওনানো অপটিক্যাল মানচিত্রটি উত্পন্ন হয়েছিল এবং সমাবেশকে আকারে 1.73 গিগাবাইটে সংশোধন করা হয়েছিল (আনুমানিক জিনোমের আকার: 1.8 গিগাবাইট)। হাই-সি ভিত্তিক সমাবেশ আরও 606 কেবি থেকে 31.84 এমবি থেকে স্ক্যাফোল্ড এন 50 উন্নত করেছে এবং 95.75% (1.65 জিবি) ওরিয়েন্টেড এবং অ্যাঙ্করিং হার অর্ডার করেছে। জিনোমে 56,251 কোডিং জিন এবং 10,098 দীর্ঘ নন-কোডিং ট্রান্সক্রিপ্ট রয়েছে। তদুপরি, 38 টি সম্ভাব্য কেন্দ্রিক অঞ্চলগুলি 50 ক্রোমোজোমের মধ্যে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল।
চিত্র 1 সোনার মাছ জিনোম
Tএকটি প্রাচীন হাইব্রিডাইজেশন ইভেন্টের ফলে প্রাপ্ত 50 টি গোল্ডফিশ ক্রোমোজোমে সাবজেনোমের স্পষ্ট সেটগুলি সনাক্ত করা হয়েছিল। গোল্ডফিশ এবং বার্বিনির মধ্যে সংযুক্ত পাঠের উচ্চতর অনুপাত সহ ক্রোমোসোমগুলির সেটটি সাবজেনোম এ (Chra01 ~ A25), অর্থাত্ বার্বিনায় সাধারণ সাবজেনোম এবং সাবজেনোম বি (Chrb01 ~ B25) হিসাবে অবশিষ্টগুলি হিসাবে সংজ্ঞায়িত হয়েছিল।
গৃহপালিত এবং নির্বাচনী সুইপস
Aমোট 16 টি ওয়াইল্ড টাইপ ক্রুসিয়ান কার্পস এবং 185 প্রতিনিধি গোল্ডফিশ ভেরিয়েন্টগুলি প্রায় 12.5x এর গড় সিকোয়েন্সিং গভীরতার সাথে সাদৃশ্য ছিল, যা ডেটাগুলির 4.3 টেরাবেস তৈরি করে। ফাইলোজেনেটিক পুনর্গঠন এবং পিসিএ বিশ্লেষণ অন্যান্য গোল্ডফিশের তুলনায় সাধারণ গোল্ডফিশ এবং ক্রুশিয়ান কার্পের মধ্যে আরও ঘনিষ্ঠ সম্পর্কের বিষয়টি নিশ্চিত করেছে, যা পরবর্তীকালে দুটি বংশে বিভক্ত হয়েছিল।
Lউপরের চারটি উপ -জনসংখ্যার উপর ক্ষয় বিশ্লেষণ গার্স্টেশন চলাকালীন জনসংখ্যার জেনেটিক বাধা এবং গোল্ডফিশে শক্তিশালী কৃত্রিম নির্বাচনের অস্তিত্বকে সমর্থন করে। ক্রুশিয়ান কার্প থেকে সাধারণ গোল্ডফিশে আরও বেশি জেনেটিক বৈচিত্র্য (π) বৃদ্ধি করা ওয়েন গোল্ডফিশ এবং ডিমের সোনার ফিশ তাদের গৃহপালনের সময় জিনগত পরিবর্তনের একটি উল্লেখযোগ্য জমে ইঙ্গিত দেয়। 25.2 এমবি এবং 946 জিনকে কভার করে 50 টি নির্বাচনী সুইপ জিনোমিক অঞ্চলগুলি প্রতিনিধি ডেটা (33 গোল্ডফিশ এবং 16 ক্রুশিয়ান ক্র্যাপ) থেকে চিহ্নিত করা হয়েছিল। 201 জনকে বিশ্লেষণ প্রসারিত করা, 393 জিনগুলি সম্পূর্ণ নির্বাচনী সুইপের অঞ্চলগুলিকে নির্দেশিত। এই জিনগুলি স্বল্প-বৈচিত্র্যের সন্ধান পেয়েছিল, যা সম্ভবত গোল্ডফিশের প্রধান গৃহপালনের বৈশিষ্ট্যের সাথে সম্পর্কিত ফেনোটাইপগুলিতে অবদান রাখে।
চিত্র 3 জিনোম-প্রশস্ত গৃহপালিত-সম্পর্কিত বিশ্লেষণ
গৃহপালিত গোল্ডফিশে জিডব্লিউএএস
Dওরসাল ফিন একটি মূল বৈশিষ্ট্য যা ডিমের গোল্ডফিশ থেকে ওয়েন গোল্ডফিশকে আলাদা করে। ডোরসাল ফিনের জিডব্লিউএএস 96 ওয়েন গোল্ডফিশ এবং 87 টি ডিমের গোল্ডফিশে প্রকাশিত হয়েছে যে 13 টি ক্রোমোজোমে ছড়িয়ে 378 প্রার্থী জিন এবং সাবজেনোমগুলির মধ্যে এই জিনগুলির একটি অসম বিতরণ লক্ষ্য করা গেছে। এই প্রার্থী জিনগুলির উপর কার্যকরী বিশ্লেষণ "সেল পৃষ্ঠের রিসেপ্টর সিগন্যালিং", "ট্রান্সমেম্ব্রেন পরিবহন", "কঙ্কাল সিস্টেম বিকাশ", ইত্যাদি সহ জৈবিক প্রক্রিয়াগুলি হাইলাইট করেছে
গৃহপালিত গোল্ডফিশে ডোরসাল ফিনের চিত্র 4
Iস্বচ্ছ স্কেল-সম্পর্কিত বৈশিষ্ট্যগুলির n জিডব্লিউএএস, একটি একক শক্তিশালী অ্যাসোসিয়েশন শিখর সনাক্ত করা হয়েছিল। একটি জিনকে টাইরোসিন-প্রোটিন কিনেস রিসেপ্টর এনকোডিং করা একটি প্রার্থী অঞ্চলে চিহ্নিত করা হয়েছিল।
স্বচ্ছ স্কেল-সম্পর্কিত বৈশিষ্ট্যের চিত্র 5.5 জিডব্লিউএএস
রেফারেন্স
Cহেন ডি এট আল। গোল্ডফিশের বিবর্তনীয় উত্স এবং গৃহপালিত ইতিহাস (ক্যারাসিয়াস অরাতাস)। পিএনএ (2020)
খবর বায়োমারকার প্রযুক্তির সাথে সর্বশেষতম সফল কেসগুলি ভাগ করে নেওয়া, অভিনব বৈজ্ঞানিক কৃতিত্বের পাশাপাশি অধ্যয়নের সময় প্রয়োগ করা বিশিষ্ট কৌশলগুলি ভাগ করে নেওয়া।
পোস্ট সময়: জানুয়ারী -04-2022