পুরো জিনোম পুনরায় সঞ্চারিত
SARS-COV-2 এর জিনোমিক্স মনিটরিং একটি এনএসপি 1 মুছে ফেলার বৈকল্পিক উন্মোচন করে যা টাইপ আই ইন্টারফেরন প্রতিক্রিয়াটিকে মডিউল করে
ন্যানোপুর | ইলুমিনা | পুরো জিনোম বিরল | মেটাজেনোমিক্স | আরএনএ-সিক | স্যাঙ্গার
বায়োমারকার টেকনোলজিস এই গবেষণায় নমুনা সিকোয়েন্সিংয়ে প্রযুক্তিগত সহায়তা সরবরাহ করে।
হাইলাইটস
1. এসএআরএস-সিওভি -২ জিনোম সিকোয়েন্সিং এবং ফিলোগোনেটিক বিশ্লেষণ 31 টি এসএনপি এবং 4 ইন্ডেল সহ 35 টি পুনরাবৃত্ত মিউটেশনগুলি সনাক্ত করে।
2. 117 ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলির সাথে সহযোগিতা সম্ভাব্যভাবে প্রকাশ করে
গুরুত্বপূর্ণ মিউটেশন।
এনএসপি 1 কোডিং অঞ্চলে ∆500-532 কম ভাইরাল এর সাথে সম্পর্কিত
3. লোড এবং সিরাম আইএফএন- β।
4.500-532 মিউটেশন সহ ভেরাল বিচ্ছিন্নতা নিম্ন আইএফএন-আই প্ররোচিত করে
সংক্রামিত কোষগুলিতে প্রতিক্রিয়া।
পরীক্ষামূলক নকশা
অর্জন
1। কোভিড -19 মহামারী এবং জিনোমিক নজরদারি
ক্লিনিকাল তথ্যগুলি চীন সিচুয়ান প্রদেশে চীনের প্রাদুর্ভাবের সময়কালে 22 শে জানুয়ারী, 2020 থেকে 20 ফেব্রুয়ারি, 2020 পর্যন্ত সংগ্রহ করা হয়েছিল। সিচুয়ান-এর কিউপিসিআর পরীক্ষা দ্বারা মোট 538 কোভিড -19-কেস নিশ্চিত করা হয়েছিল, যার মধ্যে 28.8% প্রদেশ থেকে এসেছিল মূলধন সিচুয়ানের নিশ্চিত মামলাগুলি তাত্পর্যপূর্ণভাবে বৃদ্ধি পেয়েছে, 30 শে জানুয়ারী পিকিং। এছাড়াও, ডেটা সমর্থন করেছে যে সামাজিক দূরত্ব ভাইরাস ছড়িয়ে পড়া প্রতিরোধের মূল কারণ হতে পারে।
চিত্র 1। চীনের সিচুয়ান প্রদেশে কোভিড -19 এর মহামারী সংক্রান্ত অধ্যয়ন
2। SARS-COV-2 জিনোম নির্মাণ এবং বৈকল্পিক সনাক্তকরণ
ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিংয়ের পরে মাল্টিপ্লেক্স পিসিআর পরিবর্ধনের সাথে, 248 রোগীর মোট 310-বা আংশিক-সম্পূর্ণ জিনোমগুলি প্রায় প্রায় তৈরি হয়েছিল। 10 টি রিড দ্বারা আচ্ছাদিত জিনোমগুলির 80% (মানে গভীরতা: 0.39 মি নমুনা প্রতি রিডস)।
চিত্র 2। সিচুয়ান কোহোর্টে প্রতিটি রূপের ফ্রিকোয়েন্সি
সারস-কোভি -২ জিনোম থেকে মোট 104 টি এসএনপি এবং 18 ইন্ডেল চিহ্নিত করা হয়েছিল, যেখানে 31 এসএনপি এবং 4 ইন্ডেলগুলি পুনরাবৃত্ত জেনেটিক ভেরিয়েন্ট হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল। উহান থেকে ১9৯ টি নমুনার সাথে এবং গিসেডে 81,391 উচ্চ মানের পাবলিক জিনোম সিকোয়েন্সগুলির সাথে তাদের তুলনা করে, অন্যান্য মহাদেশগুলিতে উপস্থাপিত 35 টি ভেরিয়েন্টগুলির মধ্যে 29 টি। উল্লেখযোগ্যভাবে, ∆500-532, AC18108AT, ∆729-737 এবং T13243C সহ চারটি ভেরিয়েন্ট কেবল সিচুয়ান এবং উহানে উপস্থিত থাকতে পারে এবং গিসাইড ডেটাতে অনুপস্থিত ছিল, ইঙ্গিত দেয় যে এই রূপগুলি খুব সম্ভবত ডাব্লুউহান থেকে প্রভাবিত হয়েছিল, যা সভা করে, রোগীদের ভ্রমণ রেকর্ড।
সর্বাধিক সম্ভাবনা (এমএল) পদ্ধতি এবং বায়েশিয়ান আণবিক ঘড়ির পদ্ধতির সাথে বিবর্তনীয় বিশ্লেষণ 88 টি নতুন ভাইরাস এসএফআরএম সিচুয়ান এবং অন্যান্য অঞ্চল থেকে 250 কিউরেটেড জিনোমে প্রক্রিয়াজাত করা হয়েছিল। ∆500-532 সহ জিনোমগুলি (এনএসপি 1 কোডিং অঞ্চলে মুছে ফেলা) ফাইলোজেনেটিক গাছে খুব কম বিতরণ করা হয়েছিল। এনএসপি 1 ভেরিয়েন্টগুলিতে হ্যাপ্লোটাইপ বিশ্লেষণ একাধিক শহর থেকে তাদের 5 টি চিহ্নিত করেছে। এই ফলাফলগুলি পরামর্শ দিয়েছে যে ∆500-532 একাধিক শহরে ঘটেছে এবং উহান থেকে একাধিকবার আমদানি করা যেতে পারে।
চিত্র 2। SARS-COV-2 জিনোমে পুনরাবৃত্ত জেনেটিক রূপগুলি এবং ফাইলোজেনেটিক বিশ্লেষণ
3। ক্লিনিকাল প্রভাবগুলির সাথে পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈকল্পিকগুলির সমিতি
117 ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলি কোভিড -19 তীব্রতার সাথে যুক্ত ছিল, যেখানে 19 টি তীব্রতা-সম্পর্কিত ফেনোটাইপগুলি গুরুতর এবং অ-অনুসন্ধানের বৈশিষ্ট্যগুলিতে শ্রেণিবদ্ধ করা হয়েছিল। এই বৈশিষ্ট্য এবং 35 টি পুনরাবৃত্ত জেনেটিক বৈকল্পিকগুলির মধ্যে সম্পর্ক দ্বি-ক্লাস্টার হিটম্যাপে viulized হয়েছিল। একটি জিএসইএর মতো র্যাঙ্কড সমৃদ্ধ বিশ্লেষণ দেখানো হয়েছে যে ∆500-532 ইএসআর, সিরাম আইএফএন- β এবং সিডি 3+ সিডি 8+ টি কোষের সাথে রক্তে গণনাগুলির সাথে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত। তদুপরি, কিউপিসিআর পরীক্ষাগুলি দেখিয়েছে যে ভাইরাসকে সংক্রামিত রোগীদের ∆500-532 এর সর্বাধিক সিটি মান ছিল, অর্থাৎ সর্বনিম্ন ভাইরাল লোড।
চিত্র 3। ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলির সাথে 35 টি পুনরাবৃত্ত জেনেটিক ভেরিয়েন্টের সমিতি
4। ভাইরাল মিউটেশন সম্পর্কিত ক্লিনিকাল ফেনোটাইপগুলিতে বৈধতা
এনএসপি 1 ফাংশনগুলিতে ∆500-532 এর প্রভাবগুলি বোঝার জন্য, HEK239T কোষগুলি প্লাজমিডগুলির সাথে পূর্ণ দৈর্ঘ্য, ডাব্লুটি এনএসপি 1 এবং মুছে ফেলার সাথে মিউট্যান্ট ফর্মগুলি প্রকাশ করে স্থানান্তরিত হয়েছিল। প্রতিটি চিকিত্সা করা এইচকে 239 টি কোষের ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রোফাইলগুলি পিসিএ বিশ্লেষণের জন্য প্রক্রিয়া করা হয়েছিল, এটি দেখায় যে মুছে ফেলা মিউট্যান্টগুলি তুলনামূলকভাবে আরও কাছাকাছি ক্লাস্টার করেছে এবং ডাব্লুটি এনএসপি 1 থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে পৃথক ছিল। মিউট্যান্টগুলিতে যে জিনগুলি উল্লেখযোগ্যভাবে আপগ্রেটেড করা হয়েছিল সেগুলি মূলত "পেপটাইড বায়োসিন্থেটিক/বিপাকীয় প্রক্রিয়া", "রিবোনুক্লিওপ্রোটিন কমপ্লেক্স বায়োজেনেসিস", "ঝিল্লি/ইআরকে লক্ষ্য করে প্রোটিন" ইত্যাদি তে সমৃদ্ধ হয়েছিল।
চিত্র 4। হেক 239 টি কোষগুলিতে ট্রান্সক্রিপ্টম বিশ্লেষণ ডাব্লুটি এনএসপি 1 দ্বারা স্থানান্তরিত হয়েছে এবং এটি মুছে ফেলার সাথে
আইএফএন -১ প্রতিক্রিয়াতে মুছে ফেলার প্রভাবগুলি ওভারস্প্রেসড স্টাডিতেও পরীক্ষা করা হয়েছিল। সমস্ত পরীক্ষিত মুছে ফেলা ট্রান্সক্রিপ্টোম স্তর এবং প্রোটিন উভয় স্তরে স্থানান্তরিত এইচকে 239 টি এবং এ 549 কোষে আইএফএন -1 রেপসোনসকে হ্রাস করতে দেখানো হয়েছিল। মজার বিষয় হল, মুছে ফেলার ক্ষেত্রে উল্লেখযোগ্যভাবে ডাউন-নিয়ন্ত্রিত জিনগুলি "ভাইরাসের প্রতিরক্ষা প্রতিক্রিয়া", "ভাইরাল জিনোম প্রতিলিপি", "আরএনএ পলিমেরেজ II দ্বারা প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ" এবং "টাইপ আই ইন্টারফেরনের প্রতিক্রিয়া" তে সমৃদ্ধ হয়েছিল।
চিত্র 5। ∆500-532 মিউট্যান্টে ইন্টারফেরন সিগন্যালিং পথগুলির নিচে নিয়ন্ত্রণ
এই সমীক্ষায়, ভাইরাসের উপর এই মুছে ফেলার প্রভাব ভাইরাল সংক্রমণ অধ্যয়ন দ্বারা আরও নিশ্চিত করা হয়েছিল। নির্দিষ্ট মিউট্যান্ট সহ ভাইরাসগুলি ক্লিনিকাল নমুনাগুলি থেকে বিচ্ছিন্ন হয়ে ক্যালু -3 কোষে সংক্রামিত হয়েছিল। ভাইরাল সংক্রমণ অধ্যয়নের উপর বিস্তারিত ফলাফল কাগজে পড়া যেতে পারে।
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
রেফারেন্স
লিন জে, টাং সি, ওয়েই এইচ, ইত্যাদি। SARS-COV-2 এর জিনোমিক মনিটরিং একটি এনএসপি 1 মুছে ফেলার বৈকল্পিক উন্মোচন করে যা টাইপ আই ইন্টারফেরন প্রতিক্রিয়া [জে] মডিউল করে। সেল হোস্ট এবং মাইক্রোব, 2021।
সংবাদ এবং হাইলাইটস বায়োমারকার প্রযুক্তির সাথে সর্বশেষতম সফল কেসগুলি ভাগ করে নেওয়া, অভিনব বৈজ্ঞানিক কৃতিত্বের পাশাপাশি অধ্যয়নের সময় প্রয়োগ করা বিশিষ্ট কৌশলগুলি ভাগ করে নেওয়া।
পোস্ট সময়: জানুয়ারী -06-2022