ডি নভো ছত্রাক জিনোম সমাবেশ
বিএমকেজেন ছত্রাকের জিনোমগুলির জন্য বহুমুখী সমাধান সরবরাহ করে, বিভিন্ন গবেষণার প্রয়োজন এবং কাঙ্ক্ষিত জিনোম সম্পূর্ণতার জন্য সরবরাহ করে। স্বল্প-পঠিত ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং একা একা খসড়া জিনোম প্রজন্মের অনুমতি দেয়। ন্যানোপোর বা প্যাকবিও ব্যবহার করে শর্ট-রিডস এবং দীর্ঘ-পঠনের সিকোয়েন্সিং দীর্ঘতর সংঘবদ্ধ সহ আরও পরিশোধিত ছত্রাক জিনোমের জন্য একত্রিত হয়। তদুপরি, হাই-সি সিকোয়েন্সিং সংহতকরণ একটি সম্পূর্ণ ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম অর্জনকে সক্ষম করে, সক্ষমতাগুলিকে আরও বাড়িয়ে তোলে।
পরিষেবা বৈশিষ্ট্য
জিনোম সম্পূর্ণতার কাঙ্ক্ষিত ডিগ্রির উপর নির্ভর করে বেছে নেওয়ার তিনটি সম্ভাব্য বিকল্প সহ:
● খসড়া জিনোম বিকল্প: ইলুমিনা নোভাসেক পিই 150 এর সাথে শর্ট-রিড সিকোয়েন্সিং।
● ছত্রাকের সূক্ষ্ম জিনোম বিকল্প:
জিনোম জরিপ: ইলুমিনা নোভাসেক পিই 150।
জিনোম অ্যাসেম্বলি: প্যাকবিও রেভিও (হাইফাই রিডস) বা ন্যানোপুর প্রমিথিয়ান 48।
● ক্রোমোজোম-স্তরের ছত্রাক জিনোম:
জিনোম জরিপ: ইলুমিনা নোভাসেক পিই 150।
জিনোম অ্যাসেম্বলি: প্যাকবিও রেভিও (হাইফাই রিডস) বা ন্যানোপুর প্রমিথিয়ান 48।
হাই-সি অ্যাসেমব্লির সাথে কন্টিগ অ্যাঙ্করিং।
পরিষেবা সুবিধা
●একাধিক সিকোয়েন্সিং কৌশল উপলব্ধ: জিনোম সম্পূর্ণতার বিভিন্ন গবেষণা লক্ষ্য এবং প্রয়োজনীয়তার জন্য
●সম্পূর্ণ বায়োইনফরম্যাটিকস ওয়ার্কফ্লো:এর মধ্যে জিনোম সমাবেশ এবং একাধিক জিনোমিক উপাদানগুলির পূর্বাভাস, কার্যকরী জিন টীকা এবং কনটিগ অ্যাঙ্করিং অন্তর্ভুক্ত রয়েছে।
●বিস্তৃত দক্ষতা: 12,000 এরও বেশি মাইক্রোবায়াল জিনোমগুলি একত্রিত হওয়ার সাথে সাথে আমরা এক দশকেরও বেশি অভিজ্ঞতা, একটি অত্যন্ত দক্ষ বিশ্লেষণ দল, বিস্তৃত সামগ্রী এবং বিক্রয়-পরবর্তী দুর্দান্ত সমর্থন নিয়ে আসছি।
●বিক্রয়-পরবর্তী সমর্থন:আমাদের প্রতিশ্রুতি 3 মাস পরে বিক্রয় পরিষেবা সময়কালের সাথে প্রকল্প সমাপ্তির বাইরেও প্রসারিত। এই সময়ের মধ্যে, আমরা ফলাফলের সাথে সম্পর্কিত যে কোনও প্রশ্নকে সম্বোধন করার জন্য প্রকল্পের ফলোআপ, ট্রাবলশুটিং সহায়তা এবং প্রশ্নোত্তর সেশনগুলি সরবরাহ করি।
পরিষেবা স্পেসিফিকেশন
| পরিষেবা | সিকোয়েন্সিং কৌশল | মান নিয়ন্ত্রণ |
| খসড়া জিনোম | ইলুমিনা পিই 150 100 এক্স | Q30≥85% |
| সূক্ষ্ম জিনোম | জিনোম জরিপ: ইলুমিনা পিই 150 50 এক্স সমাবেশ: প্যাকবিও এইচআইএফআই 30 এক্স বা ন্যানোপুর 100x | কনটিগ এন 50 ≥1 এমবি （প্যাকবিও ইউনিসেলুলার） কনটিগ এন 50 ≥2MB （অন্ট ইউনিসিলুলার） Cong n50 ≥500kb （অন্যরা） |
| ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম | জিনোম জরিপ: ইলুমিনা পিই 150 50 এক্স সমাবেশ: প্যাকবিও এইচআইএফআই 30 এক্স বা ন্যানোপুর 100x হাই-সি সমাবেশ 100x | অ্যাঙ্করিং অনুপাত> 90%
|
পরিষেবা প্রয়োজনীয়তা
| ঘনত্ব (এনজি/µl) | মোট পরিমাণ (µg) | ভলিউম (µl) | OD260/280 | ওডি 260/230 | |
| প্যাকবিও | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ন্যানোপুর | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ইলুমিনা | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
এককোষী ছত্রাক: ≥3.5x1010 কোষ
ম্যাক্রো ছত্রাক: ≥10 গ্রাম
পরিষেবা কাজের প্রবাহ
নমুনা বিতরণ
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয় পরে পরিষেবা
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
জিনোম জরিপ:
- সিকোয়েন্সিং ডেটা কোয়ালিটি কন্ট্রোল
- জিনোম অনুমান: আকার, হিটারোজাইগোসিটি, পুনরাবৃত্ত উপাদানগুলি
সূক্ষ্ম জিনোম সমাবেশ:
- সিকোয়েন্সিং ডেটা কোয়ালিটি কন্ট্রোল
- ডি নভোসমাবেশ
- জিনোম উপাদান বিশ্লেষণ: সিডি এবং একাধিক জিনোমিক উপাদানগুলির পূর্বাভাস
- একাধিক সাধারণ ডাটাবেস (জিও, কেজি, ইত্যাদি) এবং উন্নত ডাটাবেস (কার্ড, ভিএফডিবি ইত্যাদি) সহ কার্যকরী টীকা
হাই-সি সমাবেশ:
- হাই-সি লাইব্রেরি মূল্যায়ন।
- ক্লাস্টারিং, অর্ডারিং এবং ওরিয়েন্টিং অ্যাঙ্করিং কনটেজ করে
- হাই-সি সমাবেশের মূল্যায়ন: রেফারেন্স জিনোম এবং তাপের মানচিত্রের উপর ভিত্তি করে
জিনোম জরিপ: কে-মের বিতরণ
জিনোম সমাবেশ: জিন হোমোলজাস টীকা (এনআর ডাটাবেস)
জিনোম সমাবেশ: কার্যকরী জিন টীকা (জিও)
বিএমকেজেনের ছত্রাকের জিনোম অ্যাসেম্বলি পরিষেবাগুলি প্রকাশনাগুলির একটি সংশোধিত সংগ্রহের মাধ্যমে সহজতর অগ্রগতিগুলি অন্বেষণ করুন।
হাও, জে এট আল। (2023) 'নিমজ্জনিত অবস্থার অধীনে inal ষধি মাশরুম ইনোনোটাস ওলিকাসের সংহত ওমিক প্রোফাইলিং',বিএমসি জিনোমিক্স, 24 (1), পৃষ্ঠা 1–12। doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/চিত্র/3।
লু, এল। এট আল। (2023) 'জিনোম সিকোয়েন্সিং গমের ধারালো আইস্পট প্যাথোজেন রাইজোকটোনিয়া সিরিয়ালিসের বিবর্তন এবং প্যাথোজেনিক প্রক্রিয়াগুলি প্রকাশ করে',ফসল জার্নাল, 11 (2), পৃষ্ঠা 405–416। doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024।
ঝাং, এইচ। এট আল। (2023) 'চারটি ক্লেরিডিয়া প্রজাতির জন্য জিনোম রিসোর্স যা বিভিন্ন টার্ফগ্রাসগুলিতে ডলার স্পট তৈরি করে',উদ্ভিদ রোগ, 107 (3), পৃষ্ঠা 929–934। doi: 10.1094/পিডিআইএস -08-22-1921-এ
ঝাং, এসএস এট আল। (2023) 'ভোজ্য মাশরুম গ্রিফোলা ফ্রনডোসাতে একটি টেট্রাপোলার সঙ্গমের সিস্টেমের জেনেটিক এবং আণবিক প্রমাণ',ছত্রাকের জার্নাল, 9 (10), পি। 959। doi: 10.3390/jof9100959/এস 1।
