পূর্ণ-দৈর্ঘ্য mRNA সিকোয়েন্সিং -PacBio
বৈশিষ্ট্য
● পলি-এ এমআরএনএ থেকে সিডিএনএ সংশ্লেষণ এবং লাইব্রেরি প্রস্তুতি অনুসরণ করে
● সিসিএস মোডে সিকোয়েন্সিং, হাইফাই রিড তৈরি করা
● পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপির ক্রমানুসারে
● বিশ্লেষণের জন্য রেফারেন্স জিনোমের প্রয়োজন হয় না; যাইহোক, এটা নিযুক্ত করা যেতে পারে
● বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণ ট্রান্সক্রিপ্ট আইসোফর্ম lncRNA, জিন ফিউশন, পলি-অ্যাডিনাইলেশন এবং জিন গঠন বিশ্লেষণ করতে সক্ষম করে
পরিষেবার সুবিধা
●উচ্চ নির্ভুলতা: HiFi নির্ভুলতার সাথে পড়ে >99.9% (Q30), NGS এর সাথে তুলনীয়
● বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ: সমগ্র ট্রান্সক্রিপ্টের সিকোয়েন্সিং আইসোফর্ম সনাক্তকরণ এবং চরিত্রায়ন সক্ষম করে
●ব্যাপক দক্ষতা: 1100টিরও বেশি PacBio পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম প্রকল্পগুলি সম্পূর্ণ করার এবং 2300টির বেশি নমুনা প্রক্রিয়াকরণের ট্র্যাক রেকর্ড সহ, আমাদের দল প্রতিটি প্রকল্পে প্রচুর অভিজ্ঞতা নিয়ে আসে।
●বিক্রয়োত্তর সমর্থন: আমাদের প্রতিশ্রুতি 3 মাসের বিক্রয়োত্তর পরিষেবার মেয়াদ সহ প্রকল্প সমাপ্তির বাইরে প্রসারিত। এই সময়ের মধ্যে, আমরা ফলাফলের সাথে সম্পর্কিত যেকোন প্রশ্নের সমাধান করতে প্রকল্প ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং প্রশ্নোত্তর সেশন অফার করি।
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
| লাইব্রেরি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | ডেটা প্রস্তাবিত | মান নিয়ন্ত্রণ |
| PolyA সমৃদ্ধ mRNA CCS লাইব্রেরি | PacBio সিক্যুয়েল II প্যাকবিও রিভিও | 20/40 জিবি 5/10 M CCS | Q30≥85% |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা:
নিউক্লিওটাইডস:
● গাছপালা:
মূল, কান্ড বা পাপড়ি: 450 মিলিগ্রাম
পাতা বা বীজ: 300 মিলিগ্রাম
ফল: 1.2 গ্রাম
● প্রাণী:
হার্ট বা অন্ত্র: 300 মিলিগ্রাম
ভিসেরা বা মস্তিষ্ক: 240 মিগ্রা
পেশী: 450 মিলিগ্রাম
হাড়, চুল বা ত্বক: 1 গ্রাম
● আর্থ্রোপডস:
পোকামাকড়: 6 গ্রাম
ক্রাস্টেসিয়া: 300 মিলিগ্রাম
● সম্পূর্ণ রক্ত: 1 টিউব
● কোষ: 106 কোষ
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | সততা |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥7.5; প্রাণীদের জন্য: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3; B1, B2, B3।
চালান:
1. শুকনো বরফ: নমুনাগুলি ব্যাগে প্যাক করা এবং শুকনো বরফের মধ্যে সমাহিত করা দরকার।
2. আরএনএস্টেবল টিউব: আরএনএ নমুনাগুলিকে আরএনএ স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে শুকানো যেতে পারে (যেমন RNAstable®) এবং ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
আরএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
● কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ
● বিকল্প পলিয়াডেনিলেশন বিশ্লেষণ (APA)
● ফিউশন ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ
● বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
● বেঞ্চমার্কিং ইউনিভার্সাল একক-কপি অর্থলগস (BUSCO) বিশ্লেষণ
● নভেল ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ: কোডিং সিকোয়েন্সের পূর্বাভাস (CDS) এবং কার্যকরী টীকা
● lncRNA বিশ্লেষণ: lncRNA এবং লক্ষ্যগুলির পূর্বাভাস
● মাইক্রোস্যাটেলাইট আইডেন্টিফিকেশন (SSR)
BUSCO বিশ্লেষণ
বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
বিকল্প পলিয়াডেনিলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
উপন্যাস প্রতিলিপি কার্যকরী টীকা
এই বৈশিষ্ট্যযুক্ত প্রকাশনায় BMKGene-এর ন্যানোপুর পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA সিকোয়েন্সিং পরিষেবাগুলির দ্বারা সুবিধাপ্রাপ্ত অগ্রগতিগুলি অন্বেষণ করুন।
মা, ওয়াই এবং অন্যান্য। (2023) 'প্যাকবিও এবং ওএনটি আরএনএ সিকোয়েন্সিং পদ্ধতির তুলনামূলক বিশ্লেষণ নিমোপিলেমা নোমুরাই বিষ সনাক্তকরণের জন্য', জিনোমিক্স, 115(6), পি. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
চাও, Q. এট আল। (2019) 'পপুলাস স্টেম ট্রান্সক্রিপ্টোমের উন্নয়নমূলক গতিবিদ্যা', প্ল্যান্ট বায়োটেকনোলজি জার্নাল, 17(1), পিপি। 206–219। doi: 10.1111/PBI.12958।
ডেং, এইচ. এট আল। (2022) 'ফলের বিকাশের সময় অ্যাসকরবিক অ্যাসিড সামগ্রীর গতিশীল পরিবর্তন এবং অ্যাক্টিনিডিয়া ল্যাটিফোলিয়া (একটি অ্যাসকরবেট-সমৃদ্ধ ফল ফসল) এবং অ্যাসোসিয়েটেড মলিকুলার মেকানিজম', ইন্টারন্যাশনাল জার্নাল অফ মলিকুলার সায়েন্সেস, 23(10), পি. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1।
হুয়া, এক্স. এট আল। (2022) 'প্যারিস পলিফিলায় বায়োঅ্যাকটিভ পলিফিলিনের সাথে জড়িত বায়োসিন্থেটিক পাথওয়ে জিনের কার্যকর ভবিষ্যদ্বাণী', কমিউনিকেশনস বায়োলজি 2022 5:1, 5(1), পৃষ্ঠা 1-10। doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
লিউ, এম. এট আল। (2023) 'কম্বাইন্ড প্যাকবিও আইসো-সেক এবং ইলুমিনা আরএনএ-সেক অ্যানালাইসিস অফ দ্য টুটা অ্যাবসোলুটা (মেরিক) ট্রান্সক্রিপ্টোম এবং সাইটোক্রোম পি450 জিন', ইনসেক্টস, 14(4), পি। 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1।
ওয়াং, লিজুন এট আল। (2019) 'Ricinus communis-এ ricinoleic অ্যাসিড জৈবসংশ্লেষণের আরও ভালোভাবে বোঝার জন্য PacBio একক-অণু রিয়েল-টাইম বিশ্লেষণ ব্যবহার করে ট্রান্সক্রিপ্টোম জটিলতার একটি সমীক্ষা', BMC জিনোমিক্স, 20(1), পৃষ্ঠা 1-17। doi: 10.1186/S12864-019-5832-9।
