পণ্য

1. প্রার্থী অঞ্চল সনাক্ত করতে ইউক্লিডীয় দূরত্ব (ED) এর উপর অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ বেস। নিম্নলিখিত চিত্রে

X-অক্ষ: ক্রোমোজোম সংখ্যা; প্রতিটি বিন্দু একটি SNP এর একটি ED মান উপস্থাপন করে। কালো লাইন লাগানো ED মানের সাথে মিলে যায়। একটি উচ্চতর ED মান সাইট এবং ফেনোটাইপের মধ্যে আরও উল্লেখযোগ্য সম্পর্ক নির্দেশ করে। লাল ড্যাশ লাইন উল্লেখযোগ্য সংযোগের প্রান্তিক প্রতিনিধিত্ব করে।

2. কোন SNP-সূচক ভিত্তিক অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ

X-অক্ষ: ক্রোমোজোম সংখ্যা; প্রতিটি বিন্দু SNP-সূচক মান উপস্থাপন করে। কালো রেখাটি ফিট করা SNP-সূচক মান বোঝায়। মান যত বড়, সমিতি তত বেশি তাৎপর্যপূর্ণ।

বিএমকে কেস

প্রধান-প্রভাব পরিমাণগত বৈশিষ্ট্য লোকাস Fnl7.1 শসায় ফলের ঘাড় দৈর্ঘ্যের সাথে যুক্ত একটি দেরী ভ্রূণজনিত প্রচুর প্রোটিন এনকোড করে

প্রকাশিত: উদ্ভিদ বায়োটেকনোলজি জার্নাল, 2020

সিকোয়েন্সিং কৌশল:

পিতামাতা (Jin5-508, YN): 34× এবং 20× এর জন্য সম্পূর্ণ জিনোম রেকোয়েন্সিং।

ডিএনএ পুল (50 লম্বা গলা এবং 50 ছোট গলা): 61× এবং 52× এর জন্য রেসকুয়েন্সিং

মূল ফলাফল

এই সমীক্ষায়, লং-নেক শসার লাইন জিন5-508 এবং ছোট-ঘাড়ের ওয়াইএন অতিক্রম করার মাধ্যমে পৃথকীকরণ জনসংখ্যা (F2 এবং F2:3) তৈরি করা হয়েছিল। দুটি ডিএনএ পুল 50 জন চরম লম্বা গলা ব্যক্তি এবং 50 জন চরম ছোট গলা ব্যক্তি দ্বারা নির্মিত হয়েছিল। BSA বিশ্লেষণ এবং ঐতিহ্যগত QTL ম্যাপিং দ্বারা Chr07-এ প্রধান-প্রভাব QTL চিহ্নিত করা হয়েছিল। সূক্ষ্ম-ম্যাপিং, জিন এক্সপ্রেশন কোয়ান্টিফিকেশন এবং ট্রান্সজেনিক পরীক্ষা-নিরীক্ষার মাধ্যমে প্রার্থী অঞ্চলটিকে আরও সংকীর্ণ করা হয়েছিল, যা ঘাড়-দৈর্ঘ্য নিয়ন্ত্রণে মূল জিন প্রকাশ করে, CsFnl7.1। উপরন্তু, CsFnl7.1 প্রবর্তক অঞ্চলে পলিমরফিজম সংশ্লিষ্ট অভিব্যক্তির সাথে যুক্ত পাওয়া গেছে। আরও ফিলোজেনেটিক বিশ্লেষণে পরামর্শ দেওয়া হয়েছে যে Fnl7.1 লোকাস ভারত থেকে উদ্ভূত হওয়ার সম্ভাবনা রয়েছে।

বিএসএ বিশ্লেষণে QTL-ম্যাপিং শসার ঘাড়ের দৈর্ঘ্যের সাথে যুক্ত প্রার্থী অঞ্চল সনাক্ত করতে

শসার ঘাড়-দৈর্ঘ্যের QTL-এর LOD প্রোফাইল Chr07-এ শনাক্ত করা হয়েছে