BMKMANU S3000_Spatial Transscriptome
BMKMANU S3000 স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম টেকনিক্যাল স্কিম
বৈশিষ্ট্য
- রেজোলিউশন: 3.5 µM
- স্পট ব্যাস: 2.5 µM
- দাগের সংখ্যা: প্রায় 4 মিলিয়ন
- 3টি সম্ভাব্য ক্যাপচার এরিয়া ফরম্যাট: 6.8 মিমি * 6.8 মিমি, 11 মিমি * 11 মিমি বা 15 মিমি * 20 মিমি
- প্রতিটি বারকোডেড পুঁতি 4টি বিভাগ নিয়ে গঠিত প্রাইমার দিয়ে লোড করা হয়:
• এমআরএনএ প্রাইমিং এবং সিডিএনএ সংশ্লেষণের জন্য পলি(ডিটি) লেজ,
• ইউনিক মলিকুলার আইডেন্টিফায়ার (UMI) পরিবর্ধন পক্ষপাত সংশোধন করতে
• স্থানিক বারকোড
• আংশিক রিড 1 সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের বাইন্ডিং সিকোয়েন্স
- H&E এবং বিভাগগুলির ফ্লুরোসেন্ট স্টেনিং
- সেল সেগমেন্টেশন প্রযুক্তি ব্যবহার করার সম্ভাবনা: প্রতিটি কোষের সীমানা নির্ধারণ করতে এবং প্রতিটি কোষে সঠিকভাবে জিনের অভিব্যক্তি বরাদ্দ করতে H&E স্টেনিং, ফ্লুরোসেন্ট স্টেনিং এবং RNA সিকোয়েন্সিংয়ের একীকরণ। সেল বিনের উপর ভিত্তি করে ডাউনস্ট্রিম স্থানিক প্রোফাইলিং বিশ্লেষণ প্রক্রিয়াকরণ।
- মাল্টিলেভেল রেজোলিউশন বিশ্লেষণ অর্জন করা সম্ভব: সর্বোত্তম রেজোলিউশনে বিভিন্ন টিস্যু বৈশিষ্ট্যগুলি সমাধান করতে 100um থেকে 3.5 um পর্যন্ত নমনীয় বহু-স্তরের বিশ্লেষণ।
BMKMANU S3000 এর সুবিধা
-ক্যাপচার স্পট দ্বিগুণ করে ৪ মিলিয়নে: 3.5 uM এর উন্নত রেজোলিউশনের সাথে, যার ফলে প্রতি কোষে উচ্চতর জিন এবং UMI সনাক্তকরণ হয়। এর ফলে ট্রান্সক্রিপশনাল প্রোফাইলের উপর ভিত্তি করে কোষের উন্নত ক্লাস্টারিং হয়, সূক্ষ্ম বিবরণ যা টিস্যু গঠনের সাথে মেলে।
- উপ-সেলুলার রেজোলিউশন:প্রতিটি ক্যাপচার এলাকায় রয়েছে >2 মিলিয়ন স্থানিক বারকোডেড স্পট যার ব্যাস 2.5 µm এবং স্পট সেন্টারের মধ্যে 5 µm ব্যবধান রয়েছে, যা সাব-সেলুলার রেজোলিউশন (5 µm) সহ স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ সক্ষম করে।
-বহু-স্তরের রেজোলিউশন বিশ্লেষণ:সর্বোত্তম রেজোলিউশনে বিভিন্ন টিস্যু বৈশিষ্ট্যগুলি সমাধান করতে 100 μm থেকে 5 μm পর্যন্ত নমনীয় বহু-স্তরের বিশ্লেষণ।
-"এক স্লাইডে তিন" সেল সেগমেন্টেশন প্রযুক্তি ব্যবহার করার সম্ভাবনা:একটি একক স্লাইডে ফ্লুরোসেন্স স্টেনিং, এইচএন্ডই স্টেনিং এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিংকে একত্রিত করে, আমাদের "থ্রি-ইন-ওয়ান" অ্যানালাইসিস অ্যালগরিদম পরবর্তী সেল-ভিত্তিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্সের জন্য কোষের সীমানা চিহ্নিত করার ক্ষমতা দেয়৷
-একাধিক সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ: উভয় এনজিএস এবং দীর্ঘ-পঠিত সিকোয়েন্সিং উপলব্ধ।
-1-8 সক্রিয় ক্যাপচার এলাকার নমনীয় নকশা: ক্যাপচার এলাকার আকার নমনীয়, 3টি ফর্ম্যাট ব্যবহার করা সম্ভব (6.8 মিমি * 6.8 মিমি।, 11 মিমি * 11 মিমি এবং 15 মিমি * 20 মিমি)
-ওয়ান স্টপ সার্ভিস: ক্রায়ো-সেকশনিং, স্টেনিং, টিস্যু অপ্টিমাইজেশান, স্থানিক বারকোডিং, লাইব্রেরি প্রস্তুতি, সিকোয়েন্সিং এবং বায়োইনফরমেটিক্স সহ সমস্ত অভিজ্ঞতা এবং দক্ষতা-ভিত্তিক পদক্ষেপগুলিকে একীভূত করে৷
-ব্যাপক বায়োইনফরমেটিক্স এবং ফলাফলের ব্যবহারকারী-বান্ধব ভিজ্যুয়ালাইজেশন:প্যাকেজটিতে 29টি বিশ্লেষণ এবং 100+ উচ্চ-মানের পরিসংখ্যান রয়েছে, যা ঘরের বিভাজন এবং স্পট ক্লাস্টারিংকে কল্পনা এবং কাস্টমাইজ করতে ইনহাউস ডেভেলপ করা সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে।
-কাস্টমাইজড ডেটা বিশ্লেষণ এবং ভিজ্যুয়ালাইজেশন: বিভিন্ন গবেষণা অনুরোধের জন্য উপলব্ধ
-অত্যন্ত দক্ষ প্রযুক্তিগত দল: মানুষ, মাউস, স্তন্যপায়ী, মাছ এবং গাছপালা সহ 250 টিরও বেশি টিস্যুর প্রকার এবং 100+ প্রজাতির অভিজ্ঞতা সহ।
-পুরো প্রকল্পের রিয়েল-টাইম আপডেট: পরীক্ষামূলক অগ্রগতির সম্পূর্ণ নিয়ন্ত্রণ সহ।
-একক-কোষ mRNA সিকোয়েন্সিং সহ ঐচ্ছিক যৌথ বিশ্লেষণ
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
| নমুনা প্রয়োজনীয়তা | লাইব্রেরি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | তথ্য প্রস্তাবিত | মান নিয়ন্ত্রণ |
| OCT-এম্বেডেড ক্রাইও নমুনা (অনুকূল ব্যাস: প্রায়। 6×6×6 mm³) প্রতি নমুনা 2 ব্লক পরীক্ষার জন্য ১টি, ব্যাকআপের জন্য ১টি | S3000 cDNA লাইব্রেরি | ইলুমিনা PE150 | 160K PE রিড প্রতি 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
নমুনা প্রস্তুতি নির্দেশিকা এবং পরিষেবা কর্মপ্রবাহ সম্পর্কে আরও বিশদ বিবরণের জন্য, অনুগ্রহ করে নির্দ্বিধায় একটি সাথে কথা বলুন৷BMKGENE বিশেষজ্ঞ
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
নমুনা প্রস্তুতি পর্বে, একটি উচ্চ-মানের আরএনএ প্রাপ্ত করা যায় তা নিশ্চিত করার জন্য একটি প্রাথমিক বাল্ক RNA নিষ্কাশন ট্রায়াল করা হয়। টিস্যু অপ্টিমাইজেশান পর্যায়ে বিভাগগুলিকে দাগ দেওয়া হয় এবং ভিজ্যুয়ালাইজ করা হয় এবং টিস্যু থেকে এমআরএনএ মুক্তির জন্য ব্যাপ্তিকরণের শর্তগুলি অপ্টিমাইজ করা হয়। অপ্টিমাইজড প্রোটোকল তারপর লাইব্রেরি নির্মাণের সময় প্রয়োগ করা হয়, তারপরে সিকোয়েন্সিং এবং ডেটা বিশ্লেষণ করে।
সম্পূর্ণ পরিষেবা ওয়ার্কফ্লোতে একটি প্রতিক্রিয়াশীল প্রতিক্রিয়া লুপ বজায় রাখার জন্য রিয়েল-টাইম আপডেট এবং ক্লায়েন্ট নিশ্চিতকরণ জড়িত, মসৃণ প্রকল্প সম্পাদন নিশ্চিত করে।
BMKMANU S3000 দ্বারা উত্পন্ন ডেটা "BSTMatrix" সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করা হয়, যা BMKGENE দ্বারা স্বাধীনভাবে ডিজাইন করা হয়েছে, একটি সেল স্তর এবং বহুস্তরীয় রেজোলিউশন জিন এক্সপ্রেশন ম্যাট্রিক্স তৈরি করে৷ সেখান থেকে, একটি স্ট্যান্ডার্ড রিপোর্ট তৈরি করা হয় যাতে ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ, অভ্যন্তরীণ-নমুনা বিশ্লেষণ এবং আন্তঃ-গ্রুপ বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত থাকে।
- ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ:
- ডেটা আউটপুট এবং গুণমান স্কোর বিতরণ
- স্পট প্রতি জিন সনাক্তকরণ
- টিস্যু কভারেজ
- অভ্যন্তরীণ নমুনা বিশ্লেষণ:
- জিন সমৃদ্ধি
- স্পট ক্লাস্টারিং, হ্রাস মাত্রা বিশ্লেষণ সহ
- ক্লাস্টারগুলির মধ্যে ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: মার্কার জিন সনাক্তকরণ
- কার্যকরী টীকা এবং মার্কার জিন সমৃদ্ধকরণ
- আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ
- উভয় নমুনা থেকে দাগের পুনরায় সংমিশ্রণ (যেমন। রোগাক্রান্ত এবং নিয়ন্ত্রণ) এবং পুনরায় ক্লাস্টার
- প্রতিটি ক্লাস্টারের জন্য মার্কার জিন সনাক্তকরণ
- কার্যকরী টীকা এবং মার্কার জিন সমৃদ্ধকরণ
- গ্রুপের মধ্যে একই ক্লাস্টারের ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন
উপরন্তু, BMKGene তৈরি করা "BSTViewer" হল একটি ব্যবহারকারী-বান্ধব টুল যা ব্যবহারকারীকে বিভিন্ন রেজোলিউশনে জিনের অভিব্যক্তি এবং স্পট ক্লাস্টারিং কল্পনা করতে সক্ষম করে।
BMKGene সুনির্দিষ্ট একক-কোষ রেজোলিউশনে স্থানিক প্রোফাইলিং পরিষেবা অফার করে (সেল বিন বা 100um থেকে 3.5um পর্যন্ত মাল্টিলেভেল স্কোয়ার বিনের উপর ভিত্তি করে)।
S3000 স্লাইডে টিস্যু বিভাগ থেকে স্থানিক প্রোফাইলিং ডেটা নীচের মতো ভাল পারফর্ম করেছে।
কেস স্টাডি 1: মাউস ব্রেন
S3000 সহ একটি মাউস মস্তিষ্কের অংশ বিশ্লেষণের ফলে ~94,000 কোষ সনাক্ত করা হয়েছে, যার মধ্যম ক্রমিক ~2000 জিন প্রতি কোষে রয়েছে। 3.5 uM এর উন্নত রেজোলিউশনের ফলে ট্রান্সক্রিপশনাল প্যাটার্নের উপর ভিত্তি করে কোষগুলির একটি খুব বিশদ ক্লাস্টারিং হয়েছে, কোষের ক্লাস্টারগুলি মস্তিষ্কের পার্থক্যযুক্ত কাঠামোর অনুকরণ করে। এটি অলিগোডেনড্রোসাইট এবং মাইক্রোগ্লিয়া কোষ হিসাবে ক্লাস্টার করা কোষগুলির বিতরণকে কল্পনা করে সহজেই লক্ষ্য করা যায়, যা প্রায় একচেটিয়াভাবে যথাক্রমে ধূসর এবং সাদা পদার্থে অবস্থিত।
কেস স্টাডি 2: মাউস ভ্রূণ
S3000 এর সাথে একটি মাউস ভ্রূণ বিভাগের বিশ্লেষণের ফলে ~2200 000 কোষ সনাক্ত করা হয়েছে, যার মধ্যম ক্রম ~1600 জিন প্রতি কোষে রয়েছে। 3.5 uM এর উন্নত রেজোলিউশনের ফলে ট্রান্সক্রিপশনাল প্যাটার্নের উপর ভিত্তি করে কোষগুলির একটি খুব বিশদ ক্লাস্টারিং হয়েছে, চোখের এলাকায় 12 টি ক্লাস্টার এবং মস্তিষ্কের এলাকায় 28 টি ক্লাস্টার রয়েছে।
অভ্যন্তরীণ-নমুনা বিশ্লেষণ সেল ক্লাস্টারিং:
মার্কার জিন সনাক্তকরণ এবং স্থানিক বিতরণ:
- উচ্চতর সাব-সেলুলার রেজোলিউশন: S1000 স্লাইডের সাথে তুলনা করে, S3000-এর প্রতিটি ক্যাপচার এরিয়াতে রয়েছে> 4 মিলিয়ন স্থানিক বারকোডেড স্পট যার ব্যাস 2.5 µm এবং স্পট সেন্টারের মধ্যে 3.5 µm দূরত্ব রয়েছে, যা উচ্চতর সাব-সেলুলার রেজোলিউশনের সাথে স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণকে সক্ষম করে। (বর্গাকার বিন: 3.5 µm)।
- উচ্চতর ক্যাপচার দক্ষতা: S1000 স্লাইডের তুলনায়, Median_UMI 30% থেকে 70% বৃদ্ধি পেয়েছে, Median_Gene 30% থেকে 60% বৃদ্ধি পেয়েছে
S1000 চিপের স্কিম:
S3000 চিপের স্কিম:
