BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম টেকনিক্যাল স্কিম
বৈশিষ্ট্য
● রেজোলিউশন: 5 µM
● স্পট ব্যাস: 2.5 µM
● দাগের সংখ্যা: প্রায় 2 মিলিয়ন
● 3টি সম্ভাব্য ক্যাপচার এরিয়া ফরম্যাট: 6.8 মিমি * 6.8 মিমি, 11 মিমি * 11 মিমি বা 15 মিমি * 20 মিমি
● প্রতিটি বারকোডেড পুঁতি 4টি বিভাগ নিয়ে গঠিত প্রাইমার দিয়ে লোড করা হয়:
এমআরএনএ প্রাইমিং এবং সিডিএনএ সংশ্লেষণের জন্য পলি(ডিটি) লেজ
ইউনিক মলিকুলার আইডেন্টিফায়ার (UMI) পরিবর্ধন পক্ষপাত সংশোধন করতে
স্থানিক বারকোড
আংশিক রিড 1 সিকোয়েন্সিং প্রাইমারের বাইন্ডিং সিকোয়েন্স
● H&E এবং বিভাগগুলির ফ্লুরোসেন্ট স্টেনিং
● ব্যবহার করার সম্ভাবনাকোষ বিভাজন প্রযুক্তি: প্রতিটি কোষের সীমানা নির্ধারণ করতে এবং প্রতিটি কোষে সঠিকভাবে জিনের অভিব্যক্তি বরাদ্দ করতে H&E স্টেনিং, ফ্লুরোসেন্ট স্টেনিং এবং RNA সিকোয়েন্সিংয়ের একীকরণ।
BMKMANU S1000 এর সুবিধা
●সাব-সেলুলার রেজোলিউশন: প্রতিটি ক্যাপচার এলাকায় রয়েছে >2 মিলিয়ন স্থানিক বারকোডেড স্পট যার ব্যাস 2.5 µm এবং স্পট সেন্টারের মধ্যে 5 µm ব্যবধান রয়েছে, যা সাব-সেলুলার রেজোলিউশন (5 µm) সহ স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ সক্ষম করে।
●বহু-স্তরের রেজোলিউশন বিশ্লেষণ:সর্বোত্তম রেজোলিউশনে বিভিন্ন টিস্যু বৈশিষ্ট্যগুলি সমাধান করতে 100 μm থেকে 5 μm পর্যন্ত নমনীয় বহু-স্তরের বিশ্লেষণ।
● "এক স্লাইডে তিন" সেল সেগমেন্টেশন প্রযুক্তি ব্যবহার করার সম্ভাবনা:একটি একক স্লাইডে ফ্লুরোসেন্স স্টেনিং, এইচএন্ডই স্টেনিং এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং একত্রিত করে, আমাদের "থ্রি-ইন-ওয়ান" অ্যানালাইসিস অ্যালগরিদম পরবর্তী কোষ-ভিত্তিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্সের জন্য কোষের সীমানা চিহ্নিত করার ক্ষমতা দেয়৷
●একাধিক সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ: NGS এবং লং-পঠিত সিকোয়েন্সিং উভয়ই উপলব্ধ।
●1-8 সক্রিয় ক্যাপচার এলাকার নমনীয় নকশা: ক্যাপচার এলাকার আকার নমনীয়, 3টি ফর্ম্যাট ব্যবহার করা সম্ভব (6.8 মিমি * 6.8 মিমি।, 11 মিমি * 11 মিমি এবং 15 মিমি * 20 মিমি)
●ওয়ান স্টপ সার্ভিস: এটি ক্রায়ো-সেকশনিং, স্টেনিং, টিস্যু অপ্টিমাইজেশান, স্থানিক বারকোডিং, লাইব্রেরি প্রস্তুতি, সিকোয়েন্সিং এবং বায়োইনফরমেটিক্স সহ সমস্ত অভিজ্ঞতা এবং দক্ষতা-ভিত্তিক পদক্ষেপগুলিকে একীভূত করে৷
●ব্যাপক বায়োইনফরমেটিক্স এবং ফলাফলের ব্যবহারকারী-বান্ধব ভিজ্যুয়ালাইজেশন:প্যাকেজটিতে 29টি বিশ্লেষণ এবং 100+ উচ্চ-মানের পরিসংখ্যান রয়েছে, যা ঘরের বিভাজন এবং স্পট ক্লাস্টারিংকে কল্পনা এবং কাস্টমাইজ করতে ইনহাউস ডেভেলপ করা সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে।
●কাস্টমাইজড ডেটা বিশ্লেষণ এবং ভিজ্যুয়ালাইজেশন: বিভিন্ন গবেষণা অনুরোধের জন্য উপলব্ধ
●উচ্চ-দক্ষ প্রযুক্তিগত দল: মানুষ, মাউস, স্তন্যপায়ী, মাছ এবং গাছপালা সহ 250 টিরও বেশি টিস্যুর প্রকার এবং 100+ প্রজাতির অভিজ্ঞতা সহ।
●সম্পূর্ণ প্রকল্পের রিয়েল-টাইম আপডেট: পরীক্ষামূলক অগ্রগতির সম্পূর্ণ নিয়ন্ত্রণ সহ।
●একক-কোষ mRNA সিকোয়েন্সিং সহ ঐচ্ছিক যৌথ বিশ্লেষণ
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
|
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
| লাইব্রেরি |
সিকোয়েন্সিং কৌশল
| ডেটা প্রস্তাবিত | মান নিয়ন্ত্রণ |
| OCT-এম্বেডেড ক্রাইও নমুনা, প্রতি নমুনা 3টি ব্লক | S1000 cDNA লাইব্রেরি | ইলুমিনা PE150 (অন্যান্য প্ল্যাটফর্ম উপলব্ধ) | প্রতি 100 uM 100K PE রিড (60-150 গিগাবাইট) | RIN>7 |
নমুনা প্রস্তুতি নির্দেশিকা এবং পরিষেবা কর্মপ্রবাহ সম্পর্কে আরও বিশদ বিবরণের জন্য, অনুগ্রহ করে নির্দ্বিধায় একটি সাথে কথা বলুন৷BMKGENE বিশেষজ্ঞ
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
নমুনা প্রস্তুতি পর্বে, একটি উচ্চ-মানের আরএনএ প্রাপ্ত করা যায় তা নিশ্চিত করার জন্য একটি প্রাথমিক বাল্ক RNA নিষ্কাশন ট্রায়াল করা হয়। টিস্যু অপ্টিমাইজেশান পর্যায়ে বিভাগগুলিকে দাগ দেওয়া হয় এবং ভিজ্যুয়ালাইজ করা হয় এবং টিস্যু থেকে এমআরএনএ মুক্তির জন্য ব্যাপ্তিকরণের শর্তগুলি অপ্টিমাইজ করা হয়। অপ্টিমাইজড প্রোটোকল তারপর লাইব্রেরি নির্মাণের সময় প্রয়োগ করা হয়, তারপরে সিকোয়েন্সিং এবং ডেটা বিশ্লেষণ করে।
সম্পূর্ণ পরিষেবা ওয়ার্কফ্লোতে একটি প্রতিক্রিয়াশীল প্রতিক্রিয়া লুপ বজায় রাখার জন্য রিয়েল-টাইম আপডেট এবং ক্লায়েন্ট নিশ্চিতকরণ জড়িত, মসৃণ প্রকল্প সম্পাদন নিশ্চিত করে।
BMKMANU S1000 দ্বারা উত্পন্ন ডেটা "BSTMatrix" সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে বিশ্লেষণ করা হয়, যা BMKGENE দ্বারা স্বাধীনভাবে ডিজাইন করা হয়েছে, একটি জিন এক্সপ্রেশন ম্যাট্রিক্স তৈরি করে। সেখান থেকে, একটি স্ট্যান্ডার্ড রিপোর্ট তৈরি করা হয় যাতে ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ, অভ্যন্তরীণ-নমুনা বিশ্লেষণ এবং আন্তঃ-গ্রুপ বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত থাকে।
● ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ:
ডেটা আউটপুট এবং গুণমান স্কোর বিতরণ
প্রতি স্পট জিন সনাক্তকরণ
টিস্যু কভারেজ
● অভ্যন্তরীণ-নমুনা বিশ্লেষণ:
জিন সমৃদ্ধি
স্পট ক্লাস্টারিং, হ্রাস মাত্রা বিশ্লেষণ সহ
ক্লাস্টারগুলির মধ্যে ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ: মার্কার জিন সনাক্তকরণ
মার্কার জিনগুলির কার্যকরী টীকা এবং সমৃদ্ধকরণ
● আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ:
উভয় নমুনা থেকে দাগের পুনরায় সংমিশ্রণ (যেমন। রোগাক্রান্ত এবং নিয়ন্ত্রণ) এবং পুনরায় ক্লাস্টার
প্রতিটি ক্লাস্টারের জন্য মার্কার জিন সনাক্তকরণ
মার্কার জিনগুলির কার্যকরী টীকা এবং সমৃদ্ধকরণ
গ্রুপের মধ্যে একই ক্লাস্টারের ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন
উপরন্তু, BMKGENE তৈরি করেছে "BSTViewer" একটি ব্যবহারকারী-বান্ধব টুল যা ব্যবহারকারীকে বিভিন্ন রেজোলিউশনে জিনের অভিব্যক্তি এবং স্পট ক্লাস্টারিং কল্পনা করতে সক্ষম করে।
BMKGene ব্যবহারকারী বান্ধব ভিজ্যুয়ালাইজেশনের জন্য সফটওয়্যার তৈরি করেছে
বহু-স্তরের রেজোলিউশনে BSTViewer স্পট ক্লাস্টারিং
BSTCellViewer: স্বয়ংক্রিয় এবং ম্যানুয়াল সেল বিভাজন
অভ্যন্তরীণ-নমুনা বিশ্লেষণ
স্পট ক্লাস্টারিং:
মার্কার জিন সনাক্তকরণ এবং স্থানিক বিতরণ:
আন্তঃগ্রুপ বিশ্লেষণ
উভয় গ্রুপ এবং পুনরায় ক্লাস্টার থেকে ডেটা সংমিশ্রণ:
নতুন ক্লাস্টারের চিহ্নিতকারী জিন:
এই বৈশিষ্ট্যযুক্ত প্রকাশনায় BMKManu S1000 প্রযুক্তির সাথে BMKGene-এর স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স পরিষেবাগুলির দ্বারা সহজলভ্য অগ্রগতিগুলি অন্বেষণ করুন:
গান, এক্স এবং অন্যান্য। (2023) 'স্থানীয় ট্রান্সক্রিপ্টমিক্স টমেটো কলাসে অঙ্কুর পুনর্জন্মের প্রচারে জড়িত আলো-প্ররোচিত ক্লোরেনকাইমা কোষগুলিকে প্রকাশ করে',মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের ন্যাশনাল একাডেমি অফ সায়েন্সেসের কার্যক্রম, 120(38), পৃ. e2310163120। doi: 10.1073/pnas.2310163120
আপনি, Y. এবং অন্যান্য. (2023) 'সিকোয়েন্সিং-ভিত্তিক স্থানিক ট্রান্সক্রিপ্টোমিক পদ্ধতির পদ্ধতিগত তুলনা',bioRxiv, পৃ. 2023.12.03.569744। doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
