Цялото бисул на генома (WGBS)
Целият геномен бисулфит секвениране (WGBS) стои като златна стандартна методология за задълбочено изследване на метилирането на ДНК, по-специално петата позиция в цитозин (5-MC), основен регулатор на генната експресия и клетъчната активност. Принципът, който е в основата на WGBS, включва лечение с бисулфит, предизвикваща превръщането на неметилирани цитозини в урацил (С в U), като същевременно оставя метилирани цитозини непроменени. Тази техника предлага разделителна способност с една база, което позволява на изследователите да изследват цялостно метилома и да разкрият анормални модели на метилиране, свързани с различни състояния, по-специално рак. Използвайки WGBS, учените могат да получат несравнима представа за пейзажите за метилиране на целия геном, осигурявайки нюансирано разбиране на епигенетичните механизми, които са в основата на различни биологични процеси и заболявания.
Функции на услугата
● Изисква референтен геном.
● Lambda DNA се добавя за наблюдение на ефективността на преобразуване на бисулфити.
● Секвениране на Illumina Novaseq.
Предимства на услугата
●Златен стандарт за изследване на метилиране на ДНК: Тази технология за обработка на метилиране на метилиране има висока точност и добра възпроизводимост.
●Широко покритие и разделителна способност на едно база:Откриване на места на метилиране на ниво геном.
●Пълна платформа:Осигурете едно гише отлично обслужване от обработка на проби, изграждане на библиотека, секвениране до анализ на биоинформатиката.
●Обширна експертиза: С проектите за секвениране на WGBS успешно завършени в разнообразна гама от видове, BMKGene носи десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализ, цялостно съдържание и отлична поддръжка след продажбата.
●Възможност за присъединяване с анализ на транскриптомиката: Позволяване на интегрирания анализ на WGB с други данни за OMIC като RNA-Seq.
Спецификации на извадката
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| Лекуван бисулфит | Illumina PE150 | 30x дълбочина | Q30 ≥ 85% Преобразуване на бисулфит> 99% |
Изисквания за извадка
| Концентрация (Ng/µl) | Обща сума (µg) | Допълнителни изисквания | |
| Геномна ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Ограничено влошаване или замърсяване |
Работен поток на сервиз
Доставка на проба
ДНК екстракция
Библиотечно строителство
Секвениране
Анализ на данните
Доставяне на данни
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на сурови секвениране;
● Картиране към референтен геном;
● Откриване на 5MC метилирани основи;
● Анализ на разпределението и анотацията на метилиране;
● Анализ на диференциално метилирани региони (DMRs);
● Функционална анотация на гени, свързани с DMRS.
Откриване на метилиране на 5MC: Видове метилирани места
Карта на метилиране. 5MC разпределение на метилиране на генома
Анотация на силно метилирани региони
Различно метилирани региони: свързани гени
Различно метилирани региони: Анотация на асоциираните гени (генна онтология)
Разгледайте напредъка на изследванията, улеснени от целия геномен секвенцио за секвениране на BMKGene чрез курирана колекция от публикации.
Fan, Y. et al. (2020 г.) „Анализ на профилите на метилиране на ДНК по време на развитието на скелетните мускули на овцете с помощта на секвениране на бисулфит на целия геном“,BMC Genomics, 21 (1), стр. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) „Ново дезоксирибонуклеинова киселина метилиране на смущения при работници, изложени на винилхлорид“,Токсикология и индустриално здраве, 38 (7), стр. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020 г.) „Връзки между метилирането на генома, нивата на некодиращи РНК, мРНК и метаболити при узряващи домати плодове“,The Plant Journal, 103 (3), с. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
