Специфично-локус амплифицирано секвенция на фрагменти (SLAF-seq)
Работен процес
Техническа схема
Функции на услугата
● Секвениране на Novaseq с PE150.
● Подготовка на библиотеката с двойно баркодиране, което позволява обединяване на над 1000 проби.
● Тази техника може да се използва със или без референтен геном, с различни биоинформатични тръбопроводи за всеки случай:
С референтен геном: SNP и Indel Discovery
Без референтен геном: клъстериране на проби и откриване на SNP
● Вв СиликоПредварителните комбинации от рестрикционни ензими преди проектирането са прегледани, за да се намерят тези, които генерират равномерно разпределение на SLAF маркери по протежение на генома.
● По време на предварителния експеримент три ензимни комбинации се тестват в 3 проби за генериране на 9 библиотеки SLAF и тази информация се използва за избор на оптималната комбинация от ензим за ограничаване на проекта.
Предимства на услугата
●Откриване на високо генетично маркери: Интегрирането на високопроизводителна двойна баркодна система позволява едновременното секвениране на големи популации, а специфичното за локус усилване повишава ефективността, като гарантира, че номерата на етикетите отговарят на разнообразните изисквания на различни изследователски въпроси.
● Ниска зависимост от генома: Може да се прилага за видове със или без референтен геном.
●Гъвкав дизайн на схемата: Едно-ензимен, двойно-ензимен, много ензимен храносмилане и различни видове ензими могат да бъдат избрани за обслужване на различни изследователски цели или видове. Theв СиликоПредварително проектирането се извършва, за да се осигури оптимален дизайн на ензим.
● Висока ефективност при ензимно храносмилане: Провеждането на Anв СиликоПредварително проектиране и предварителен експеримент гарантират оптимален дизайн с равномерно разпределение на SLAF маркери на хромозомата (1 SLAF TAG/4KB) и намалена повтаряща се последователност (<5%).
●Обширна експертиза: Нашият екип носи богат опит на всеки проект, с опит за затваряне на над 5000 проекта SLAF-Seq за стотици видове, включително растения, бозайници, птици, насекоми и водни организми.
● Саморазработен биоинформатичен работен процес: BMKGene разработи интегриран биоинформатичен работен процес за SLAF-Seq, за да гарантира надеждността и точността на крайния изход.
Спецификации на услугата
| Вид анализ | Препоръчителна скала на населението | Стратегия за секвениране | |
| Дълбочина на секвенирането на маркери | Номер на етикета | ||
| Генетични карти | 2 родители и> 150 потомство | Родители: 20x WGS Офшинг: 10x | Размер на генома: <400 MB: Препоръчва се WGS <1GB: 100K тагове 1-2GB :: 200k тагове > 2GB: 300K тагове Макс. 500K тагове |
| Проучвания за асоцииране в генома (GWAS) | ≥200 проби | 10x | |
| Генетична еволюция | ≥30 проби, с> 10 проби от всяка подгрупа | 10x | |
Изисквания за обслужване
Концентрация ≥ 5 ng/µl
Обща сума ≥ 80 ng
Нанодроп OD260/280 = 1.6-2.5
Агарозен гел: Не или ограничено разграждане или замърсяване
Препоръчителна доставка на проба
Контейнер: 2 ml тръба за центрофуга
(За повечето проби препоръчваме да не се запазва в етанол)
Етикетиране на проби: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични на подадена формуляр за информация за пробата.
ПРАВО: Сух-лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торбички и заровени в сух лед.
Работен процес на обслужване
Проба QC
Пилотен експеримент
SLAF-експеримент
Подготовка на библиотеката
Секвениране
Анализ на данните
Услуги след продажба
Включва следния анализ:
- Данни за секвениране qc
- Разработка на SLAF TAG
Картографиране към референтен геном
Без референтен геном: клъстериране
- Анализ на SLAF тагове: Статистика, разпределение в целия геном
- Откриване на маркери: SNP, Indel, SNV, CV повикване и пояснение
Разпределение на SLAF тагове на хромозоми:
Разпределение на SNP върху хромозоми:
SNP пояснение
| Година | Journal | IF | Заглавие | Приложения |
| 2022 | Природни комуникации | 17.694 | Геномна основа на Гига-хромозомите и Гига-геном на дървесния божур Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Нов фитолог | 7.433 | Отпечатъци на опитомяване Закрепват геномни региони с агрономическо значение в соя | SLAF-GWAS |
| 2022 | Списание за напреднали изследвания | 12.822 | Изкуствените интрогресии на генома на Gossypium в G. hirsutum Разкрийте превъзходните локуси за едновременно подобряване на качеството на памучните влакна и добива черти | SLAF-еволюционна генетика |
| 2019 | Молекулярно растение | 10.81 | Геномният анализ на популацията и декоративното сглобяване разкриват произхода на бурените Ориз като еволюционна игра | SLAF-еволюционна генетика |
| 2019 | Природна генетика | 31.616 | Геномна последователност и генетично разнообразие на обикновения шаран, Cyprinus carpio | Карта на SLAF-връзка |
| 2014 | Природна генетика | 25.455 | Геномът на култивирания фъстък осигурява поглед върху кариотипите на бобови растения, полиплоиди еволюция и опитомяване на културите. | Карта на SLAF-връзка |
| 2022 | Списание за биотехнология на растенията | 9.803 | Идентифицирането на ST1 разкрива селекция, включваща автостоп на морфологията на семената и съдържание на масло по време на опитомяване на соята | Развитие на SLAF-Marker |
| 2022 | Международно списание за молекулярни науки | 6.208 | Идентификация и развитие на маркера за ДНК за пшенично-лимус молис 2ns (2D) Непроблемно заместване на хромозома | Развитие на SLAF-Marker |
| Година | Journal | IF | Заглавие | Приложения |
| 2023 | Граници в растителната наука | 6.735 | QTL картографиране и транскриптомен анализ на съдържанието на захар по време на узряването на плодове на пирито пирифолия | Генетична карта |
| 2022 | Списание за биотехнология на растенията | 8.154 | Идентифицирането на ST1 разкрива селекция, включваща автостоп на морфологията на семената и съдържанието на масло по време на опитомяване на соята
| SNP обаждане |
| 2022 | Граници в растителната наука | 6.623 | Картиране на асоцииране на генома на корпуса едва фенотипове в среда за суша.
| Gwas |
