Бисулфитно секвениране с намалено представяне (RRBS)
Бисулфитното секвениране с намалено представяне (RRBS) се очертава като рентабилна и ефикасна алтернатива на бисулфитното секвениране на целия геном (WGBS) в изследванията за метилиране на ДНК. Докато WGBS предоставя изчерпателни прозрения чрез изследване на целия геном с една основна разделителна способност, неговата висока цена може да бъде ограничаващ фактор. RRBS стратегически смекчава това предизвикателство чрез селективен анализ на представителна част от генома. Тази методология разчита на обогатяване на богати на CpG острови региони чрез MspI разцепване, последвано от избор на размер на 200-500/600 bps фрагменти. Следователно, само областите, близки до CpG островите, са секвенирани, докато тези с отдалечени CpG острови са изключени от анализа. Този процес, комбиниран с бисулфитно секвениране, позволява откриване на ДНК метилиране с висока разделителна способност, а подходът за секвениране, PE150, се фокусира конкретно върху краищата на вложките, а не върху средата, повишавайки ефективността на профилирането на метилирането. RRBS е безценен инструмент, който дава възможност за рентабилни изследвания на ДНК метилиране и разширява знанията за епигенетичните механизми.
Характеристики на услугата
● Изисква референтен геном.
● Ламбда ДНК се използва за наблюдение на ефективността на преобразуване на бисулфит.
● Ефективността на храносмилането на MspI също се наблюдава.
● Двойно ензимно смилане за растителни проби.
● Секвениране на Illumina NovaSeq.
Предимства на услугата
●Рентабилна и ефикасна алтернатива на WGBS: позволява извършването на анализа на по-ниска цена и с по-ниски изисквания за проби.
●Пълна платформа:предоставят отлично обслужване на едно гише от обработка на проби, изграждане на библиотека и секвениране до биоинформатичен анализ.
●Обширен експертен опит: с проекти за секвениране на RRBS, успешно завършени в разнообразна гама от видове, BMKGENE носи над десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализ, цялостно съдържание и отлична поддръжка след продажбата.
Сервизни спецификации
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| MspI разградена и третирана с бисулфит библиотека | Ilumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Конверсия на бисулфит > 99% MspI ефективност на рязане > 95% |
Примерни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) |
| |
| Геномна ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Ограничено разграждане или замърсяване |
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на суровото секвениране;
● Картиране към референтен геном;
● Откриване на 5mC метилирани бази и идентификация на мотиви;
● Анализ на разпределението на метилирането и сравнение на пробите;
● Анализ на диференциално метилирани региони (DMRs);
● Функционална анотация на гени, свързани с DMR.
Контрол на качеството: ефективност на храносмилането (при картографиране на генома)
Контрол на качеството: преобразуване на бисулфит (при извличане на информация за метилиране)
Карта на метилиране: 5mC метилиране в целия геном
Примерно сравнение: Анализ на основните компоненти
Анализ на диференциално метилирани региони (DMRs): топлинна карта
Разгледайте изследователския напредък, улеснен от услугите на BMKGene за бисулфитно секвениране на целия геном чрез подбрана колекция от публикации.
Li, Z. et al. (2022) „Препрограмиране с висока точност в подобни на Лайдиг клетки чрез активиране на CRISPR и паракринни фактори“,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) „Анализ на метилиране на ДНК в целия геном на състава на тялото при китайски монозиготни близнаци“,Европейски вестник за клинични изследвания, 53(11), стр. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) „ДНК метилиране и съотношение талия към ханш: проучване за асоцииране в епигенома при китайски монозиготни близнаци“,Журнал за ендокринологични изследвания, 45 (12), стр. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
