Секвениране на прокариотна РНК
Характеристики
● Обработката на РНК проби включва изчерпване на рРНК, последвано от подготовка на насочена РНК библиотека.
● Биоинформационен анализ, базиран на подравняване към референтен геном
● Анализът включва генна експресия и DEGs, но също така и структура на транскрипт и sRNA анализ
Предимства на услугата
●Строг контрол на качеството: ние прилагаме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробата и библиотеката до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира предоставянето на постоянно висококачествени резултати.
●Данни за секвениране, специфични за верига: поради това, че подготовката на РНК библиотеката е насочена, позволявайки идентифициране на анти-сенс транскрипти.
●Пълен анализ, съобразен с прокариотни транскриптоми: биоинформационният тръбопровод включва не само анализ на генната експресия, но и анализ на структурата на транскрипта, включително идентифициране на оперони, UTR и промотори. Той също така включва анализ на sRNAs, а именно анотация и прогнозиране на вторична структура и мишени.
●Поддръжка след продажбата: нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| рРНК изчерпана насочена библиотека | Ilumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | RIN≥6,5 |
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Работен процес на биоинформационен анализ
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на необработените данни
● Изравняване с референтния геном
● Оценка на качеството на библиотеката: случайност на фрагментиране на РНК, размер на вмъкване и насищане на последователността
● Функционална анотация на предсказани кодиращи гени
● Анализ на експресията: корелация и анализ на главните компоненти (PCA)
● Диференциална генна експресия (DEGs)
● Функционална анотация и обогатяване на DEG
● Анализ на sRNA: прогнозиране, анотация, цел и прогнозиране на вторична структура
● Анализ на структурата на транскрипта: оперони, начални и крайни позиции, нетранслиран регион (UTS), промотор и SNP/InDel анализ
Наситеност на последователността
Функционална анотация на кодиращи гени
Корелация между извадките
Анализ на диференциално експресирани гени (DEGs).
Анализ на функционалното обогатяване
sRNA анотация
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мРНК Nanopore с пълна дължина на BMKGene в тази представена публикация.
Guan, CP et al. (2018) „Глобални транскриптомни промени на образуващ биофилм Staphylococcus epidermidis в отговор на общите алкалоиди на Sophorea alopecuroides“,Полски вестник по микробиология, 67(2), стр. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
