-
BMKMANU S3000_Пространствен транскриптом
Пространствената транскриптомика стои в челните редици на научните иновации, като дава възможност на изследователите да се впуснат в сложни модели на генна експресия в тъканите, като същевременно запазват техния пространствен контекст. Сред различни платформи BMKGene разработи BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip, който може да се похвали с подобрена разделителна способност от 3,5 µm, достигайки субклетъчния обхват и позволявайки настройки на многостепенна разделителна способност. Чипът S3000, включващ приблизително 4 милиона петна, използва микроямки, наслоени с перли, заредени с пространствено баркодирани улавящи сонди. cDNA библиотека, обогатена с пространствени баркодове, се приготвя от чипа S3000 и впоследствие се секвенира на платформата Illumina NovaSeq. Комбинацията от проби с пространствен баркод и UMI гарантира точността и специфичността на генерираните данни. Чипът BMKManu S3000 е изключително гъвкав, предлагащ многостепенни настройки за разделителна способност, които могат да бъдат фино настроени към различни тъкани и желани нива на детайлност. Тази адаптивност позиционира чипа като изключителен избор за разнообразни пространствени транскриптомични изследвания, осигурявайки прецизно пространствено групиране с минимален шум. Използването на технология за клетъчно сегментиране с BMKManu S3000 позволява разграничаването на транскрипционните данни до границите на клетките, което води до анализ, който има пряко биологично значение. Освен това, подобрената разделителна способност на S3000 води до по-голям брой гени и UMI, открити на клетка, което позволява много по-точен анализ на моделите на пространствена транскрипция и групирането на клетки.
-
Едноядрено РНК секвениране
Развитието на техники за улавяне на една клетка и персонализирани библиотечни конструкции, съчетано с високопроизводително секвениране, направи революция в изследванията на генната експресия на ниво клетка. Този пробив позволява по-задълбочен и по-всеобхватен анализ на сложни клетъчни популации, преодоляване на ограниченията, свързани с осредняването на генната експресия върху всички клетки и запазване на истинската хетерогенност в тези популации. Докато секвенирането на едноклетъчна РНК (scRNA-seq) има неоспорими предимства, то среща предизвикателства в определени тъкани, където създаването на суспензия от една клетка се оказва трудно и изисква свежи проби. В BMKGene се справяме с това препятствие, като предлагаме едноядрено РНК секвениране (snRNA-seq), използвайки най-съвременната технология 10X Genomics Chromium. Този подход разширява спектъра от проби, подлежащи на анализ на транскриптоми на ниво една клетка.
Изолирането на ядрата се осъществява чрез иновативния чип 10X Genomics Chromium, включващ осемканална микрофлуидна система с двойно кръстосване. В рамките на тази система, гел перли, включващи баркодове, праймери, ензими и едно ядро, са капсулирани в маслени капки с размер на нанолитър, образувайки Gel Bead-in-Emulsion (GEM). След образуването на GEM, клетъчният лизис и освобождаването на баркод се случват във всеки GEM. Впоследствие молекулите на иРНК се подлагат на обратна транскрипция в cDNAs, включвайки 10X баркодове и уникални молекулни идентификатори (UMI). Тези cDNAs след това се подлагат на стандартна секвенираща библиотека, улесняваща стабилно и цялостно изследване на профилите на генна експресия на ниво една клетка.
Платформа: 10× Genomics Chromium и Illumina NovaSeq платформа
-
10x пространствен транскриптом на Genomics Visium
Пространствената транскриптомика е авангардна технология, която позволява на изследователите да изследват моделите на генна експресия в тъканите, като същевременно запазват техния пространствен контекст. Една мощна платформа в тази област е 10x Genomics Visium, съчетана със секвениране на Illumina. Принципът на 10X Visium се основава на специализиран чип с определена зона за улавяне, където се поставят тъканни срезове. Тази зона за улавяне съдържа петна с баркод, всяко от които съответства на уникално пространствено местоположение в тъканта. След това уловените РНК молекули от тъканта се маркират с уникални молекулни идентификатори (UMI) по време на процеса на обратна транскрипция. Тези петна с баркод и UMI позволяват прецизно пространствено картографиране и количествено определяне на генната експресия при разделителна способност на една клетка. Комбинацията от проби с пространствен баркод и UMI гарантира точността и специфичността на генерираните данни. Използвайки тази технология Spatial Transcriptomics, изследователите могат да придобият по-задълбочено разбиране на пространствената организация на клетките и сложните молекулярни взаимодействия, протичащи в тъканите, предлагайки безценна представа за механизмите, лежащи в основата на биологичните процеси в множество области, включително онкология, неврология, биология на развитието, имунология и ботанически изследвания.
Платформа: 10X Genomics Visium и Illumina NovaSeq
