-
Комплекти инструменти
BMKCloud е водеща биоинформатична платформа, предоставяща решение на едно гише за геномни програми, която се ползва с голямо доверие от изследователи в различни сфери, включително медицина, селско стопанство, околна среда и др. BMKCloud се ангажира да предоставя интегрирани, надеждни и ефективни услуги, включително платформи и инструменти за биоинформационен анализ , компютърни ресурси, публична база данни, биоинформационни онлайн курсове и т.н. BMKCloud разполага с различни често използвани биоинформационни инструменти за включване на ген анотация, еволюционни генетични инструменти, ncRNA, контрол на качеството на данните, сглобяване, подравняване, извличане на данни, мутации, статистика, генератор на фигури, анализ на последователности и др.
-
De novo сглобяване на бактериален геном
Ние предоставяме цялостна услуга за сглобяване на бактериален геном, гарантираща 0 празнини. Това е възможно чрез интегриране на технологии за последователност на дълго четене, като Nanopore и PacBio за сглобяване и секвениране на късо четене с Illumina за валидиране на сглобяване и коригиране на грешки при четене на ONT. Нашата услуга предоставя пълния биоинформационен работен процес от сглобяване, функционална анотация и усъвършенстван биоинформационен анализ, изпълнявайки конкретни изследователски цели. Тази услуга позволява разработването на прецизни референтни геноми за различни генетични и геномни изследвания. Освен това, той формира основата за приложения като оптимизиране на щамове, генно инженерство и развитие на микробни технологии, осигурявайки надеждни геномни данни без пропуски, които са от решаващо значение за напредъка на научните прозрения и биотехнологичните иновации.
-
малка РНК
Малките РНК са вид къса некодираща РНК със средна дължина от 18-30 nt, включително miRNA, siRNA и piRNA. Масово се съобщава, че тези малки РНК участват в различни биологични процеси като разграждане на иРНК, инхибиране на транслацията, образуване на хетерохроматин и т.н. Анализът на секвенирането на малка РНК е широко прилаган в проучвания върху развитието на животни/растения, болести, вируси и др. Малка РНК платформата за анализ на последователността се състои от стандартен анализ и разширено извличане на данни. На базата на RNA-seq данни стандартният анализ може да постигне идентификация и прогнозиране на miRNA, прогнозиране на миРНК целеви ген, анотация и анализ на експресия. Усъвършенстваният анализ позволява персонализирано търсене и извличане на miRNA, генериране на диаграма на Venn, изграждане на miRNA и мрежа от целеви гени.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS е платформа за анализ на повторно секвениране на целия геном, която е разработена на базата на богат опит в Biomarker Technologies. Тази лесна за използване платформа позволява бързо подаване на интегриран работен процес за анализ чрез просто задаване на няколко основни параметъра, които са подходящи за данни за секвениране на ДНК, генерирани както от платформата на Illumina, така и от платформата за секвениране на BGI. Тази платформа е внедрена на високопроизводителен изчислителен сървър, който дава възможност за високоефективен анализ на данни за много ограничено време. Персонализираното извличане на данни е налично на базата на стандартен анализ, включително заявка за мутирал ген, дизайн на PCR праймер и др.
-
иРНК (справка)
Транскриптомът е връзката между геномната генетична информация и протеома на биологичната функция. Регулирането на нивото на транскрипция е най-важният и най-широко изучаваният начин на регулиране на организмите. Секвенирането на транскриптома може да секвенира транскриптома по всяко време или при всякакви условия, с разделителна способност, точна до един нуклеотид. То може динамично да отразява нивото на генна транскрипция, едновременно да идентифицира и количествено определя редки и нормални транскрипти и да предоставя структурна информация за примерни специфични преписи.
Понастоящем технологията за секвениране на транскриптоми е широко използвана в агрономията, медицината и други изследователски области, включително регулиране на развитието на животни и растения, адаптация към околната среда, имунно взаимодействие, локализация на гени, генетична еволюция на видове и откриване на тумори и генетични заболявания.
-
Метагеномика (NGS)
Тази платформа за анализ е предназначена за анализ на метагеномни данни за пушка въз основа на дългогодишен опит. Състои се от интегриран работен процес, съдържащ различни често необходими метагеномични анализи, включително обработка на данни, изследвания на ниво вид, изследвания на ниво функция на ген, групиране на метагеноми и т.н. В допълнение, персонализирани инструменти за извличане на данни са налични при стандартен работен процес за анализ, включително заявка за гени и видове , настройка на параметри, генериране на персонализирана фигура и др.
-
LncRNA
Дългите некодиращи РНК (lncRNA) са вид транскрипти с дължина, по-голяма от 200 nt, които не могат да кодират протеини. Натрупаните доказателства предполагат, че повечето от lncRNAs е много вероятно да бъдат функционални. Технологиите за секвениране с висока производителност и инструментите за биоинформатичен анализ ни дават възможност да разкриваме по-ефективно lncRNA последователности и информация за позициониране и ни водят до откриване на lncRNA с решаващи регулаторни функции. BMKCloud с гордост предоставя на нашите клиенти платформа за анализ на секвениране на lncRNA за постигане на бърз, надежден и гъвкав анализ на lncRNA.
-
GWAS
Изследването на асоциациите в целия геном (GWAS) има за цел да идентифицира генетични варианти (генотип), които са свързани със специфични черти (фенотип). Проучванията на GWA изследват генетичните маркери, пресичащи целия геном на голям брой индивиди и прогнозират асоциациите генотип-фенотип чрез статистически анализ на популационно ниво. Повторното секвениране на целия геном може потенциално да открие всички генетични варианти. Свързване с фенотипни данни, GWAS може да бъде обработено за идентифициране на свързани с фенотипа SNPs, QTLs и кандидат-гени, което силно подкрепя съвременното развъждане на животни/растения. SLAF е самостоятелно разработена опростена стратегия за секвениране на генома, която открива разпределени в целия геном маркери, SNP. Тези SNP, като молекулярни генетични маркери, могат да бъдат обработени за асоциативни изследвания с целеви черти. Това е рентабилна стратегия за идентифициране на сложни черти, свързани с генетични вариации.
-
Транскриптомия с пълна дължина на нанопора
Комплексните и променливи алтернативни изоформи в организмите са важни генетични механизми за регулиране на генната експресия и протеиновото разнообразие. Точната идентификация на транскриптните структури е основата за задълбочено изследване на моделите за регулиране на генната експресия. Платформата за секвениране на нанопори успешно доведе транскриптомното изследване до ниво на изоформа. Тази платформа за анализ е проектирана да анализира RNA-Seq данни, генерирани на платформата Nanopore на базата на референтен геном, което постига качествени и количествени анализи както на ниво ген, така и на ниво транскрипти.
-
circ-РНК
Кръговата РНК (circRNA) е вид некодираща РНК, за която наскоро беше установено, че играе жизненоважна роля в регулаторните мрежи, участващи в развитието, устойчивостта на околната среда и т.н. Различна от линейните РНК молекули, напр. иРНК, lncRNA, 3' и 5' краищата на circRNA са свързани заедно, за да образуват кръгова структура, която ги предпазва от смилане на екзонуклеаза и са по-стабилни от повечето линейни РНК. Установено е, че CircRNA има различни функции в регулирането на генната експресия. CircRNA може да действа като ceRNA, която конкурентно свързва miRNA, известна като miRNA гъба. Платформата за анализ на последователността на CircRNA позволява анализ на структурата и експресията на circRNA, прогнозиране на целта и съвместен анализ с други видове РНК молекули
-
BSA
Платформата Bulked Segregant Analysis се състои от стандартен анализ в една стъпка и разширен анализ с персонализирана настройка на параметри. BSA е техника, използвана за бързо идентифициране на генетични маркери, свързани с фенотип. Основният работен процес на BSA включва: 1. избор на две групи индивиди с изключително противоположни фенотипове; 2. обединяване на ДНК, РНК или SLAF-seq (разработено от Biomarker) на всички индивиди за образуване на две големи части от ДНК; 3. Идентифициране на диференциални последователности срещу референтен геном или между тях, 4. Предсказване на кандидат-свързани региони чрез ED и SNP-индекс алгоритъм; 5. Функционален анализ и обогатяване на гени в региони кандидати и т.н. По-усъвършенствано извличане на данни, включително скрининг на генетични маркери и дизайн на праймер също са налични.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е разработена с дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие, който съдържа стандартизиран основен анализ и персонализиран анализ: основният анализ обхваща основното съдържание на анализ на настоящите микробни изследвания, съдържанието на анализа е богато и изчерпателно, и резултатите от анализа се представят под формата на доклади по проекта; Съдържанието на персонализирания анализ е разнообразно. Пробите могат да се избират и параметрите могат да се задават гъвкаво според основния доклад за анализ и изследователската цел, за да се реализират персонализирани изисквания. Операционна система Windows, проста и бърза.
-
Еволюционна генетика
Evolutionary Genetics е цялостна услуга за секвениране, предназначена да предложи проницателна интерпретация на еволюцията в рамките на голяма група индивиди, базирана на генетични вариации, включително SNP, InDels, SV и CNV. Тази услуга обхваща всички основни анализи, необходими за изясняване на еволюционните промени и генетичните характеристики на популациите, включително оценки на структурата на популацията, генетичното разнообразие и филогенетичните връзки. Освен това, той се задълбочава в проучвания на генния поток, позволявайки оценки на ефективния размер на популацията и времето на дивергенция. Изследванията на еволюционната генетика дават ценни прозрения за произхода и адаптациите на видовете.
В BMKGENE предлагаме два начина за провеждане на еволюционни генетични изследвания върху големи популации: използване на секвениране на целия геном (WGS) или избор на метод за секвениране на генома с намалено представяне, вътрешно разработения Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Докато WGS отговаря на по-малки геноми, SLAF се очертава като рентабилна алтернатива за изучаване на по-големи популации с по-дълги геноми, като ефективно минимизира разходите за секвениране.
