-
Взаимодействие с хроматин на базата на Hi-C
Hi-C е метод, предназначен за улавяне на геномна конфигурация чрез комбиниране на сондиращи взаимодействия, базирани на близост, и високопроизводително секвениране. Методът се основава на омрежване на хроматин с формалдехид, последвано от смилане и повторно лигиране по начин, по който само фрагменти, които са ковалентно свързани, ще образуват продукти на лигиране. Чрез секвениране на тези продукти на лигиране е възможно да се изследва 3D организацията на генома. Hi-C дава възможност за изучаване на разпределението на частите от генома, които са слабо опаковани (А отделения, еухроматин) и е по-вероятно да бъдат транскрипционно активни, и регионите, които са по-плътно опаковани (В отделения, хетерохроматин). Hi-C може също да се използва за определяне на топологично асоциирани домейни (TADs), региони на генома, които имат нагънати структури и е вероятно да имат подобни модели на експресия, и за идентифициране на хроматинови бримки, ДНК региони, които са закотвени заедно с протеини и които са често обогатени с регулаторни елементи. Услугата за Hi-C секвениране на BMKGene дава възможност на изследователите да изследват пространствените измерения на геномиката, отваряйки нови пътища за разбиране на регулацията на генома и нейните последици върху здравето и болестите.
-
Имунопреципитационно секвениране на хроматин (ChIP-seq)
Хроматиновата имунопреципитация (CHIP) е техника, която използва антитела за селективно обогатяване на ДНК-свързващи протеини и съответните им геномни цели. Неговата интеграция с NGS позволява профилиране в целия геном на ДНК цели, свързани с модификация на хистони, транскрипционни фактори и други ДНК-свързващи протеини. Този динамичен подход позволява сравнения на местата на свързване в различни типове клетки, тъкани или условия. Приложенията на ChIP-Seq обхващат от изучаване на транскрипционна регулация и пътища на развитие до изясняване на механизмите на заболяването, което го прави незаменим инструмент за разбиране на ландшафта на геномната регулация и напредък в терапевтичните прозрения.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Бисулфитно секвениране на целия геном (WGBS)
Бисулфитното секвениране на целия геном (WGBS) е златен стандарт за методология за задълбочено изследване на метилирането на ДНК, по-специално петата позиция в цитозина (5-mC), основен регулатор на генната експресия и клетъчната активност. Принципът, залегнал в основата на WGBS, включва обработка с бисулфит, предизвикваща превръщането на неметилираните цитозини в урацил (C до U), като същевременно оставя метилираните цитозини непроменени. Тази техника предлага разделителна способност с една база, което позволява на изследователите да изследват цялостно метилома и да разкрият анормални модели на метилиране, свързани с различни състояния, особено рак. Използвайки WGBS, учените могат да получат несравнима представа за пейзажите на метилиране в целия геном, осигурявайки нюансирано разбиране на епигенетичните механизми, които са в основата на различни биологични процеси и заболявания.
-
Анализ за транспозаза-достъпен хроматин с високопроизводително секвениране (ATAC-seq)
ATAC-seq е високопроизводителна техника за секвениране, използвана за анализ на достъпността на хроматина в целия геном. Използването му осигурява по-задълбочено разбиране на сложните механизми на глобалния епигенетичен контрол върху генната експресия. Методът използва хиперактивна Tn5 транспозаза за едновременно фрагментиране и маркиране на отворени хроматинови области чрез вмъкване на адаптори за секвениране. Последващото PCR амплифициране води до създаването на библиотека за секвениране, която позволява цялостна идентификация на отворени хроматинови региони при специфични пространствено-времеви условия. ATAC-seq предоставя холистичен изглед на достъпни хроматинови пейзажи, за разлика от методите, които се фокусират единствено върху местата на свързване на транскрипционния фактор или специфични хистон-модифицирани региони. Чрез секвениране на тези отворени хроматинови региони, ATAC-seq разкрива региони, които са по-склонни към активни регулаторни последователности и потенциални места за свързване на транскрипционен фактор, предлагайки ценна представа за динамичната модулация на генната експресия в генома.
-
Секвениране на бисулфит с намалено представяне (RRBS)
Бисулфитното секвениране с намалено представяне (RRBS) се очертава като рентабилна и ефикасна алтернатива на бисулфитното секвениране на целия геном (WGBS) в изследванията за метилиране на ДНК. Докато WGBS предоставя изчерпателни прозрения чрез изследване на целия геном с една основна разделителна способност, неговата висока цена може да бъде ограничаващ фактор. RRBS стратегически смекчава това предизвикателство чрез селективен анализ на представителна част от генома. Тази методология разчита на обогатяване на богати на CpG острови региони чрез MspI разцепване, последвано от избор на размер на 200-500/600 bps фрагменти. Следователно, само областите, близки до CpG островите, са секвенирани, докато тези с отдалечени CpG острови са изключени от анализа. Този процес, комбиниран с бисулфитно секвениране, позволява откриване на ДНК метилиране с висока разделителна способност, а подходът за секвениране, PE150, се фокусира конкретно върху краищата на вложките, а не върху средата, повишавайки ефективността на профилирането на метилирането. RRBS е безценен инструмент, който дава възможност за рентабилни изследвания на ДНК метилиране и разширява знанията за епигенетичните механизми.
