Цяло геном на растения/животни
Функции на услугата
● Подготовката на библиотеката може да бъде стандартна или без PCR
● Предлага се в 4 платформи за секвениране: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 или Pacbio Revio.
● Биоинформатичен анализ, фокусиран върху откриването на варианти: SNP, Indel, SV и CNV
Предимства на услугата
●Обширни записи на експертиза и публикации: Натрупаният опит в геномното секвениране за над 1000 вида е довел до над 1000 публикувани случая с кумулативен коефициент на въздействие над 5000.
●Изчерпателен анализ на биоинформатиката: Включително вариационно извикване и анотация на функциите.
● Поддръжка след продажбата:Нашият ангажимент се простира извън завършването на проекта с 3-месечен период на обслужване след продажба. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ за отстраняване на неизправности и сесии за въпроси и отговори за справяне с всички заявки, свързани с резултатите.
●Изчерпателна анотация: Използваме множество бази данни, за да активираме функционално гените с идентифицирани вариации и да извършим съответния анализ на обогатяването, като предоставяме представа за множество изследователски проекти.
Спецификации на услугата
| Варианти, които трябва да бъдат идентифицирани | Стратегия за секвениране | Препоръчителна дълбочина |
| SNP и Indel | Illumina Novaseq PE150 или MGI T7 | 10x |
| SV и CNV (по -малко точни) | 30x | |
| SV и CNV (по -точно) | Нанопор PROM P48 | 20x |
| SNPs, Indels, SV и CNV | Pacbio Revio | 10x |
Изисквания за извадка
| Тъкан или екстрахирани нуклеинови киселини | Illumina/MGI | Нанопор | Pacbio
| ||
| Животински висцера | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Животински мускул | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Кръв от бозайници | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| ДИВЕТИ/КРЪЛ НА РАБОТА | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Растително- прясно листо | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Култивирани клетки |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Мека тъкан/индивид | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Екстрахирана ДНК
| Концентрация: ≥ 1 ng/ µl Сума: ≥ 30 ng Ограничено или без деградация или замърсяване
| Концентрация Сума
OD260/280
OD260/230
Ограничено или без деградация или замърсяване
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/поточна клетка/проба
1.7-2.2
≥1.5 | Концентрация Сума
OD260/280
OD260/230
Ограничено или без деградация или замърсяване | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/поточна клетка/проба
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Подготовка на библиотека без PCR: Концентрация≥ 40 ng/ µl Сума≥ 500 ng | |||||
Работен поток на сервиз
Доставка на проба
ДНК екстракция
Библиотечно строителство
Секвениране
Анализ на данните
Доставяне на данни
Включва следния анализ:
- Контрол на качеството на суровите данни
- Статистика на подравняването към референтен геном
- Идентификация на варианта: SNP, Indel, SV и CNV
- Функционална анотация на варианти
Статистика на подравняването към референтен геном - разпределение на дълбочината на секвениране
SNP извикване сред множество проби
Идентификация на Indel-Статистика на дължината на Indel в региона на CDS и геномния регион
Разпределение на варианти в графиката на генома - Circos
Функционална анотация на гени с идентифицирани варианти - генна онтология
Chai, Q. et al. (2023) „Глутатион S -трансфераза GHTT19 определя пигментацията на цветните венчелистчета чрез регулиране на натрупването на антоцианин в памук“, растителна биотехнологична списание, 21 (2), стр. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023 г.) „Геном на дивата Hevea Brasiliensis на ниво хромозома предоставя нови инструменти за размножаване, подпомагани от геноми и ценни локуси за повишаване на добива на каучук“, Plant Biotechnology Journal, 21 (5), стр. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) „Геном на естуарната стрида предоставя представа за въздействието върху климата и адаптивната пластичност“, Комуникационната биология 2021 4: 1, 4 (1), стр. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) „Анализът на промените в генома и метилирането в китайската коренна пилета във времето осигурява поглед върху опазването на видовете“, Communications Biology, 5 (1), стр. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
