PacBio 2+3 иРНК разтвор с пълна дължина
Характеристики
● Дизайн на проучването:
Обединена проба, секвенирана с PacBio за идентифициране на изоформи на транскрипт
Отделни проби (реплики и условия за тестване), секвенирани сNGS за количествено определяне на експресията на транскрипт
● PacBio секвениране в CCS режим, генериране на HiFi четения
● Секвениране на пълните преписи
● Анализът не налага референтен геном; въпреки това може да се използва
● Биоинформационният анализ включва не само експресия на ниво ген и изоформа, но и анализ на lncRNA, генни сливания, полиаденилиране и генна структура
Предимства
● Висока точност: HiFi чете с точност >99,9% (Q30), сравнимо с NGS
● Алтернативен сплайсинг анализ: секвенирането на всички транскрипти позволява идентифициране и характеризиране на изоформата.
● Комбинация от PacBio и NGS силни страни: позволява количествено определяне на експресията на ниво изоформа, разкриване на промяна, която може да бъде маскирана при анализиране на цялата генна експресия
● Обширен експертен опит: с опит в завършването на над 1100 PacBio проекта за транскриптоми в пълна дължина и обработката на над 2300 проби, нашият екип внася богат опит във всеки проект.
● Следпродажбена поддръжка: нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| PolyA обогатена mRNA CCS библиотека | PacBio Продължение II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Поли А обогатен | Ilumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Нуклеотиди
|
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| Библиотека Illumina | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
| PacBio библиотека | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | Растения: RIN≥7,5 Животни: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед:Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Включва следния анализ:
Контрол на качеството на необработените данни
Алтернативен анализ на полиаденилиране (APA)
Анализ на синтезиран транскрипт
Алтернативен анализ на сплайсинг
Сравнителен анализ на Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
Нов анализ на транскрипт: предсказване на кодиращи последователности (CDS) и функционална анотация
Анализ на lncRNA: прогнозиране на lncRNA и мишени
Микросателитна идентификация (SSR)
Анализ на диференциално експресирани транскрипти (DETs).
Анализ на диференциално експресирани гени (DEGs).
Функционална анотация на DEG и DET
BUSCO анализ
Алтернативен анализ на сплайсинг
Алтернативен анализ на полиаденилиране (APA)
Диференциално експресирани гени (DEGs) и транскрипти (DETs9 анализ
Мрежи за взаимодействие протеин-протеин на DET и DEG
Разгледайте напредъка, улеснен от PacBio 2+3 на BMKGene's full-length mRNA секвениране чрез подбрана колекция от публикации.
Chao, Q. et al. (2019) „Динамиката на развитието на транскриптома на стъблото на Populus“, Plant Biotechnology Journal, 17 (1), стр. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Динамични промени в съдържанието на аскорбинова киселина по време на развитието на плодовете и узряването на Actinidia latifolia (богата на аскорбат плодова култура) и свързаните с тях молекулярни механизми“, Международен журнал за молекулярни науки, 23(10), стр. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „Ефективно предсказване на гени на биосинтетичен път, участващи в биоактивни полифилини в Paris polyphylla“, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стр. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) „Комбиниран PacBio Iso-Seq и Illumina RNA-Seq анализ на транскриптома на Tuta absoluta (Meyrick) и гените на цитохром P450“, Насекоми, 14(4), стр. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun и др. (2019) „Проучване на сложността на транскриптома с помощта на PacBio едномолекулен анализ в реално време, комбиниран със секвениране на Illumina RNA за по-добро разбиране на биосинтезата на рицинолова киселина в Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/ФИГУРИ/7.
