ИРНК секвениране на базата на референция
Характеристики
● Заснемане на поли мРНК преди подготовка на библиотеката
● Независимо от всеки референтен геном: въз основа на ново сглобяване на преписи, генериране на списък с унигени, които са анотирани с множество бази данни (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Изчерпателен биоинформатичен анализ на генната експресия и структурата на транскриптите
Предимства на услугата
●Обширна експертиза: С опит в обработката на над 600 000 проби в BMKGene, обхващащи различни видове проби като клетъчни култури, тъкани и телесни течности, нашият екип носи богат опит на всеки проект. Успешно затворихме над 100 000 мРНК-сек проекта в различни изследователски области.
●Строг контрол на качеството: Ние прилагаме основни контролни точки на всички етапи, от приготвяне и подготовка на библиотеката до секвениране и биоинформатика. Този щателен мониторинг гарантира предоставянето на постоянно висококачествени резултати.
● Изчерпателна анотация: Използваме множество бази данни, за да активираме функционално различно експресираните гени (DEGs) и да извършим съответния анализ на обогатяването, като предоставяме представа за клетъчните и молекулярни процеси, които са в основата на отговора на транскриптома.
●Поддръжка след продажбата: Нашият ангажимент се простира извън завършването на проекта с 3-месечен период на обслужване след продажба. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ за отстраняване на неизправности и сесии за въпроси и отговори за справяне с всички заявки, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчва се данни | Контрол на качеството |
| Poly a обогатен | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Изисквания за извадка:
Нуклеотиди:
| Конц. (Ng/μl) | Сума (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0,5-2,5 Ограничено или никакво замърсяване на протеин или ДНК, показани на гел. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; Ограничено или никакво изходно повишаване на котата |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 mg
Лист или семе: 300 mg
Плод: 1,2 g
● Животни:
Сърце или черва: 300 mg
Висцера или мозък: 240 mg
Мускул: 450 mg
Кости, коса или кожа: 1G
● Австороди:
Насекоми: 6G
Ракообразна: 300 mg
● Пълна кръв: 1 тръба
● Клетки: 106 клетки
Препоръчителна доставка на проба
Контейнер: 2 ml тръба за центрофуга (калаено фолио не се препоръчва)
Етикетиране на проби: група+реплика например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торбички и да се заровят в сух лед.
2. Rnastable епруветки: РНК пробите могат да се изсушават в тръбата за стабилизиране на РНК (напр. Rnastable®) и се доставят в стайна температура.
Работен поток на сервиз
Дизайн на експеримента
Доставка на проба
Екстракция на РНК
Библиотечно строителство
Секвениране
Анализ на данните
Услуги след продажба
Биоинформатика
Сглобяване на транскриптом и избор на унигени
Unigene Annotation
Корелация на извадката и оценка на биологичните реплики
Различно експресирани гени (DEGs)
Функционална анотация на DEGs
Функционално обогатяване на DEGs
Разгледайте напредъка, улеснен от Eukaryotic NGS секвениране на Eukaryotic NGS на BMKGene чрез курирана колекция от публикации.
Shen, F. et al. (2020 г.) „De novo транскриптен монтаж и генна експресия, пристрастена към пола в половите жлези на Amur Catfish (Silurus asotus)“, Genomics, 112 (3), стр. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) „Транскриптен анализ на метаболизма на захарозата по време на подуване и развитие на крушките в лука (Allium Cepa L.)“, Граници в Plant Science, 7 (септември), стр. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) „De novo сглобяване, характеристика и пояснение за транскриптома на Sarcocheilichthys Sinensis“, PLOS One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) „De novo транскриптомният анализ предоставя представа за толерантността към сол на Podocarpus macrophyllus под стрес на солеността“, BMC растителна биология, 21 (1), стр. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/фигури/9.
