mRNA-seq (NGS) с референтен геном
RNA-seq е стандартен инструмент в науките за живота и културите, преодоляващ пропастта между геноми и протеоми. Силата му се крие в откриването на нови преписи и количественото определяне на тяхната експресия в един анализ. Той се използва широко за сравнителни транскриптомни изследвания, хвърляйки светлина върху гени, свързани с различни черти или фенотипове, като сравняване на мутанти с диви типове или разкриване на генна експресия при специфични условия. BMKCloud mRNA(Reference) APP интегрира количествено определяне на експресията, диференциален експресионен анализ (DEG) и анализи на структурата на последователността в тръбопровода за биоинформатика mRNA-seq(NGS) и обединява силните страни на подобен софтуер, осигурявайки удобство и удобство за потребителя. Потребителите могат да качват своите RNA-seq данни в облака, където приложението предлага цялостно решение за биоинформатичен анализ на едно гише. Освен това той дава приоритет на клиентското изживяване, като предлага персонализирани операции, съобразени със специфичните нужди на потребителите. Потребителите могат сами да задават параметри и да изпращат мисията на тръбопровода, да проверяват интерактивния отчет, да преглеждат данни/диаграми и да завършват извличането на данни, като например: избор на целеви ген, функционално групиране, диаграми и др.
платформа:Illumina, MGI
Стратегия:RNA-Seq
Оформление: Парирани, чисти данни.
Тип библиотека:fr-unstranded, fr-firststrand или fr-secondstrand
Дължина на четене:150 bp
Тип файл:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz или *.fq.gz. Системата щеавтоматично сдвоява .fastq файловете според техните имена на файлове,например *_1.fastq в двойка с *._2.fastq.
Брой проби:Няма ограничения в бройкатапроби, но времето за анализ ще се увеличи с увеличаване на броя напробите расте.
Препоръчително количество данни:6G на проба