Нанопорен транскриптом с пълна дължина

Секвенирането на нанопорен транскриптом е мощен метод за секвениране на сДНК с пълна дължина, точно идентифициране и количествено определяне на изоформите на транскрипт. BMKCloud Nanopore Transcriptome Pipeline с пълна дължина е проектиран да анализира RNA-Seq данни, генерирани на платформата Nanopore срещу висококачествен добре анотиран референтен геном, осигуряващ качествен и количествен анализ както на ниво ген, така и на ниво транскрипт. След качествен контрол се получават нехимерни (FLNC) последователности с пълна дължина и се картографират консенсусни последователности към референтния геном, за да се премахнат излишните транскрипти. От този набор от транскрипти експресията се определя количествено и диференциално експресираните гени и транскриптите се идентифицират и функционално анотират. Тръбопроводът включва също анализ на алтернативно полиаденилиране (APA), алтернативен анализ на сплайсинг, анализ на просто повторение на последователност (SSR), прогнозиране на lncRNA и съответните мишени, прогнозиране на кодиращи последователности (CDS), анализ на генно семейство, анализ на транскрипционен фактор, прогнозиране на нови гени и функционална анотация на преписи.