mRNA-seq (NGS) – De novo

Секвенирането на иРНК позволява профилиране на всички транскрипти на иРНК в клетки при специфични условия и е широко използвана технология в различни изследователски области. Тръбопроводът BMKCloud De novo mRNA-seq е проектиран да анализира библиотеки за секвениране, обогатени с поли-А, когато няма наличен референтен геном. Тръбопроводът започва с контрол на качеството, последван отde novoсглобяване на препис и избор на набор от unigene. Анализът на структурата на unigene предсказва кодираща последователност (CDS) и прости повторения на последователност (SSR). Впоследствие анализът на диференциалната експресия открива диференциално експресирани гени (DEG) сред тестваните условия, последвани от функционална анотация и обогатяване на DEG за извличане на биологични прозрения.