Сглобяване на геном на базата на Hi-C
Hi-C е метод, предназначен за улавяне на хромозомна конфигурация чрез комбиниране на сондиране на базирани на близост взаимодействия и високопроизводително секвениране. Смята се, че интензивността на тези взаимодействия е отрицателно свързана с физическото разстояние на хромозомите. Следователно, Hi-C данните се използват за насочване на групирането, подреждането и ориентирането на сглобени последователности в проект на геном и закрепването им към определен брой хромозоми. Тази технология дава възможност за сглобяване на геном на ниво хромозома в отсъствието на популационна генетична карта. Всеки един геном се нуждае от Hi-C.
Характеристики на услугата
● Секвениране на Illumina NovaSeq с PE150.
● Услугата изисква тъканни проби, вместо екстрахирани нуклеинови киселини, за кръстосано свързване с формалдехид и запазване на взаимодействията ДНК-протеин.
● Експериментът Hi-C включва ограничаване и възстановяване на краищата на лепкавите краища с биотин, последвано от циркуляризация на получените тъпи краища, като същевременно се запазват взаимодействията. След това ДНК се изтегля надолу със стрептавидинови перли и се пречиства за последващо приготвяне на библиотека.
Предимства на услугата
Преглед на Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Наука, 2009)
●Премахване на необходимостта от генетични данни за населението:Hi-C замества съществената информация, необходима за закрепване на контиг.
●Висока плътност на маркера:което води до висок коефициент на закрепване на контиги над 90%.
●Обширна експертиза и записи за публикации:BMKGene има богат опит с повече от 2000 случая на сглобяване на Hi-C геном от 1000 различни вида и различни патенти. Над 200 публикувани случая имат натрупващ импакт фактор над 2000.
●Висококвалифициран екип по биоинформатика:с вътрешни патенти и софтуерни авторски права за Hi-C експерименти и анализ на данни, самостоятелно разработеният софтуер за данни за визуализация позволява ръчно преместване, обръщане, отмяна и повторно изпълнение на блокове.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
●Изчерпателна анотация: използваме множество бази данни, за да анотираме функционално гените с идентифицирани вариации и да извършим съответния обогатяващ анализ, предоставяйки прозрения за множество изследователски проекти.
Сервизни спецификации
| Подготовка на библиотеката | Стратегия за последователност | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| Hi-C библиотека | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Примерни изисквания
| Тъкан | Необходима сума |
| Животински вътрешности | ≥ 2 g |
| Животински мускули | |
| Кръв на бозайник | ≥ 2 ml |
| Кръв от домашни птици/риби | |
| Растение - пресни листа | ≥ 3 g |
| Култивирани клетки | ≥ 1x107 |
| насекомо | ≥ 2 g |
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
1) QC на необработени данни
2) QC на Hi-C библиотека: оценка на валидни Hi-C взаимодействия
3) Hi-C монтаж: групиране на контиги в групи, последвано от подреждане на контиги във всяка група и определяне на ориентация на контиги
4) Hi-C оценка
Hi-C Library QC – оценка на Hi-C валидни двойки за взаимодействие
Hi-C Assembly – статистика
Оценка след сглобяването – топлинна карта на интензитета на сигнала между контейнерите
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за сглобяване на Hi-C на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Tian, T. et al. (2023) „Сглобяване на генома и генетична дисекция на видна зародишна плазма на царевица, устойчива на суша“, Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), стр. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL и др. (2020) „Сглобяване в хромозомен мащаб на генома на азиатската медоносна пчела Apis cerana“, Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) „Разкриване на еволюцията на биосинтезата на тропанов алкалоид чрез анализиране на два генома в семейство Solanaceae“, Nature Communications 2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) „Геномите на Banyan Tree и оса опрашител дават представа за коеволюцията на смокиня и оса“, Cell, 183 (4), стр. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
