Exclusive Agency for Korea

条形банер-03

Продукти

Взаимодействие с хроматин на базата на Hi-C

Hi-C е метод, предназначен за улавяне на геномна конфигурация чрез комбиниране на сондиращи взаимодействия, базирани на близост, и високопроизводително секвениране. Методът се основава на омрежване на хроматин с формалдехид, последвано от смилане и повторно лигиране по начин, по който само фрагменти, които са ковалентно свързани, ще образуват продукти на лигиране. Чрез секвениране на тези продукти на лигиране е възможно да се изследва 3D организацията на генома. Hi-C дава възможност за изучаване на разпределението на частите от генома, които са слабо опаковани (А отделения, еухроматин) и е по-вероятно да бъдат транскрипционно активни, и регионите, които са по-плътно опаковани (В отделения, хетерохроматин). Hi-C може също да се използва за определяне на топологично асоциирани домейни (TADs), региони на генома, които имат нагънати структури и е вероятно да имат подобни модели на експресия, и за идентифициране на хроматинови бримки, ДНК региони, които са закотвени заедно с протеини и които са често обогатени с регулаторни елементи. Услугата за Hi-C секвениране на BMKGene дава възможност на изследователите да изследват пространствените измерения на геномиката, отваряйки нови пътища за разбиране на регулацията на генома и нейните последици върху здравето и болестите.


Подробности за услугата

Биоинформатика

Демо резултати

Представени публикации

Характеристики на услугата

● Секвениране на Illumina NovaSeq с PE150.

● Услугата изисква тъканни проби, вместо екстрахирани нуклеинови киселини, за кръстосано свързване с формалдехид и запазване на взаимодействията ДНК-протеин.

● Експериментът Hi-C включва ограничаване и възстановяване на краищата на лепкавите краища с биотин, последвано от циркуляризация на получените тъпи краища, като същевременно се запазват взаимодействията. След това ДНК се изтегля надолу със стрептавидинови перли и се пречиства за последващо приготвяне на библиотека.

Предимства на услугата

Оптимален дизайн на рестрикционен ензим: за осигуряване на висока Hi-C ефективност при различни видове с до 93% валидни двойки за взаимодействие.

Обширна експертиза и записи за публикации:BMKGene има богат опит с >2000 Hi-C проекта за секвениране от 800 различни вида и различни патенти. Над 100 публикувани случая с акумулативен импакт фактор над 900.

Висококвалифициран екип по биоинформатика:с вътрешни патенти и авторски права върху софтуер за Hi-C експерименти и анализ на данни и самостоятелно разработен софтуер за визуализация на данни.

Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.

Изчерпателна анотация: използваме множество бази данни, за да анотираме функционално гените с идентифицирани вариации и да извършим съответния обогатяващ анализ, предоставяйки прозрения за множество изследователски проекти.

Сервизни спецификации

Библиотека

Стратегия за последователност

Препоръчителен изход на данни

Hi-C резолюция на сигнала

Hi-C библиотека

Ilumina PE150

Хроматинова верига: 150x

TAD: 50x

Хроматинова верига: 10Kb

TAD: 40Kb

Сервизни изисквания

Примерен тип

Необходима сума

Животинска тъкан

≥2g

Пълна кръв

≥2mL

гъбички

≥1g

Растителна млада тъкан

1 g/аликвотна част, препоръчват се 2-4 аликвотни части

Култивирани клетки

≥1x107


  • Предишен:
  • следващ:

  • 图片98

    Включва следния анализ:

    ● Сурови данни QC;

    ● Картографиране и Hi-C библиотека QC: валидни двойки за взаимодействие и експоненти за намаляване на взаимодействието (IDE);

    ● Профилиране на взаимодействие в целия геном: цис/транс анализ и Hi-C карта на взаимодействие;

    ● Анализ на разпределението на A/B отделение;

    ● Идентифициране на TAD и хроматинови бримки;

    ● Диференциален анализ на 3D хроматинови структурни елементи сред пробите и съответната функционална анотация на свързаните гени.

    Цис и транс пропорционално разпределение

    图片99

     

    Топлинна карта на хромозомните взаимодействия между пробите

    图片100

     

    Разпределение на A/B отделения в целия геном图片23

     

    Разпределение на хроматиновите бримки в целия геном

     

    图片102

     

    Визуализация на ТАД

    图片103

     

    Разгледайте изследователския напредък, улеснен от услугите за Hi-C секвениране на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.

     

     

    Meng, T. et al. (2021) „Сравнителен интегриран мултиомичен анализ идентифицира CA2 като нова цел за хордома“,Невроонкология, 23 (10), стр. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

    Xu, L. и др. (2021) „3D дезорганизацията и пренареждането на генома предоставят представа за патогенезата на NAFLD чрез интегрирано Hi-C, Nanopore и РНК секвениране“,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), стр. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.

    вземете оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: