● Секвениране на Illumina NovaSeq с PE150.
● Услугата изисква тъканни проби, вместо екстрахирани нуклеинови киселини, за кръстосано свързване с формалдехид и запазване на взаимодействията ДНК-протеин.
● Експериментът Hi-C включва ограничаване и възстановяване на краищата на лепкавите краища с биотин, последвано от циркуляризация на получените тъпи краища, като същевременно се запазват взаимодействията. След това ДНК се изтегля надолу със стрептавидинови перли и се пречиства за последващо приготвяне на библиотека.
●Оптимален дизайн на рестрикционен ензим: за осигуряване на висока Hi-C ефективност при различни видове с до 93% валидни двойки за взаимодействие.
●Обширна експертиза и записи за публикации:BMKGene има богат опит с >2000 Hi-C проекта за секвениране от 800 различни вида и различни патенти. Над 100 публикувани случая с акумулативен импакт фактор над 900.
●Висококвалифициран екип по биоинформатика:с вътрешни патенти и авторски права върху софтуер за Hi-C експерименти и анализ на данни и самостоятелно разработен софтуер за визуализация на данни.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
●Изчерпателна анотация: използваме множество бази данни, за да анотираме функционално гените с идентифицирани вариации и да извършим съответния обогатяващ анализ, предоставяйки прозрения за множество изследователски проекти.
Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителен изход на данни | Hi-C резолюция на сигнала |
Hi-C библиотека | Ilumina PE150 | Хроматинова верига: 150x TAD: 50x | Хроматинова верига: 10Kb TAD: 40Kb |
Примерен тип | Необходима сума |
Животинска тъкан | ≥2g |
Пълна кръв | ≥2mL |
гъбички | ≥1g |
Растителна млада тъкан | 1 g/аликвотна част, препоръчват се 2-4 аликвотни части |
Култивирани клетки | ≥1x107 |
Включва следния анализ:
● Сурови данни QC;
● Картографиране и Hi-C библиотека QC: валидни двойки за взаимодействие и експоненти за намаляване на взаимодействието (IDE);
● Профилиране на взаимодействие в целия геном: цис/транс анализ и Hi-C карта на взаимодействие;
● Анализ на разпределението на A/B отделение;
● Идентифициране на TAD и хроматинови бримки;
● Диференциален анализ на 3D хроматинови структурни елементи сред пробите и съответната функционална анотация на свързаните гени.
Цис и транс пропорционално разпределение
Топлинна карта на хромозомните взаимодействия между пробите
Разпределение на A/B отделения в целия геном
Разпределение на хроматиновите бримки в целия геном
Визуализация на ТАД
Разгледайте изследователския напредък, улеснен от услугите за Hi-C секвениране на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Meng, T. et al. (2021) „Сравнителен интегриран мултиомичен анализ идентифицира CA2 като нова цел за хордома“,Невроонкология, 23 (10), стр. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. и др. (2021) „3D дезорганизацията и пренареждането на генома предоставят представа за патогенезата на NAFLD чрез интегрирано Hi-C, Nanopore и РНК секвениране“,Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), стр. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.