De novo сглобяване на гъбичен геном
BMKGENE предлага многостранни решения за гъбични геноми, обслужващи разнообразни изследователски нужди и желана пълнота на генома. Използването само на секвениране на Illumina за кратко четене позволява генерирането на проект на геном. Кратко четене и дълго четене на последователност с помощта на Nanopore или Pacbio се комбинират за по-рафиниран гъбичен геном с по-дълги контиги. Освен това, интегрирането на Hi-C секвениране допълнително подобрява възможностите, позволявайки постигането на пълен геном на ниво хромозома.
Характеристики на услугата
С три възможни опции за избор в зависимост от желаната степен на завършеност на генома:
● Опция за проект на геном: Секвениране на кратко четене с Illumina NovaSeq PE150.
● Опция за фин геном на гъбички:
Проучване на генома: Illumina NovaSeq PE150.
Сглобяване на генома: PacBio Revio (HiFi чете) или Nanopore PromethION 48.
● Гъбичен геном на ниво хромозома:
Проучване на генома: Illumina NovaSeq PE150.
Сглобяване на генома: PacBio Revio (HiFi чете) или Nanopore PromethION 48.
Анкериране Contig с Hi-C монтаж.
Предимства на услугата
●Налични са множество стратегии за последователност: За различни изследователски цели и изисквания за пълнота на генома
●Пълен работен процес по биоинформатика:Това включва сглобяване на геном и предсказване на множество геномни елементи, функционална генна анотация и закрепване на контиг.
●Обширен експертен опит: С събрани над 12 000 микробни генома, ние предлагаме над десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична поддръжка след продажбата.
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Сервизни спецификации
| Обслужване | Стратегия за последователност | Контрол на качеството |
| Проект на геном | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Добър геном | Изследване на генома: Illumina PE150 50 x Монтаж: PacBio HiFi 30x или Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb（Pacbio Unicellular） contig N50 ≥2Mb（ONT Unicellular） contig N50 ≥500kb（Други） |
| Геном на ниво хромозома | Изследване на генома: Illumina PE150 50 x Монтаж: PacBio HiFi 30x или Nanopore 100x Hi-C монтаж 100x | Коефициент на закотвяне Contig>90%
|
Сервизни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Обем (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Нанопора | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Илюмина | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Едноклетъчна гъба: ≥3,5x1010 клетки
Макро гъбички: ≥10 g
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Включва следния анализ:
Проучване на генома:
- Контрол на качеството на данните за последователност
- Оценка на генома: размер, хетерозиготност, повтарящи се елементи
Фино сглобяване на генома:
- Контрол на качеството на данните за секвениране
- De novoСглобяване
- Анализ на компонентите на генома: Прогноза на CDS и множество геномни елементи
- Функционална анотация с множество общи бази данни (GO, KEGG и др.) и разширени бази данни (CARD, VFDB и др.)
Hi-C монтаж:
- Оценка на Hi-C библиотека.
- Contigs закрепване на групиране, подреждане и ориентиране
- Оценка на сглобката HI-C: Въз основа на референтен геном и топлинна карта
Изследване на генома: разпределение на k-mer
Сглобяване на генома: генна хомоложна анотация (NR база данни)
Сглобяване на геном: функционална генна анотация (GO)
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за сглобяване на гъбичен геном на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Hao, J. et al. (2023) „Интегрирано омическо профилиране на медицинската гъба Inonotus obliquus при потопени условия“,BMC Genomics, 24(1), стр. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/ФИГУРИ/3.
Lu, L. et al. (2023) „Секвенирането на генома разкрива еволюцията и патогенните механизми на патогена Rhizoctonia cerealis при пшеницата, остра очна петна“,The Crop Journal, 11(2), стр. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) „Геномни ресурси за четири вида Clarireedia, причиняващи петно на долара върху различни тревни треви“,Болест на растенията, 107(3), стр. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS и др. (2023) „Генетични и молекулярни доказателства за тетраполярна система на чифтосване в ядливата гъба Grifola frondosa“,Вестник на гъбите, 9(10), стр. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
