Exclusive Agency for Korea

条形банер-03

Продукти

Пълна дължина на иРНК секвениране-нанопора

Докато базираното на NGS mRNA секвениране е универсален инструмент за количествено определяне на генната експресия, неговото разчитане на кратки четения ограничава неговата ефикасност при сложни транскриптомни анализи. От друга страна, секвенирането на нанопори използва технология за дълго четене, което позволява секвенирането на транскрипти на мРНК с пълна дължина. Този подход улеснява цялостно изследване на алтернативно снаждане, сливане на гени, полиаденилиране и количествено определяне на изоформите на иРНК.

Секвенирането на нанопори, метод, който разчита на електрически сигнали в реално време с една молекула на нанопора, осигурява резултати в реално време. Водена от моторни протеини, двойноверижната ДНК се свързва с нанопорни протеини, вградени в биофилм, като се развива, докато преминава през нанопорния канал при разлика в напрежението. Отличителните електрически сигнали, генерирани от различни бази на ДНК веригата, се откриват и класифицират в реално време, което улеснява точното и непрекъснато секвениране на нуклеотидите. Този иновативен подход преодолява ограниченията за кратко четене и осигурява динамична платформа за сложен геномен анализ, включително сложни транскриптомни изследвания, с незабавни резултати.

Платформа: Nanopore PromethION 48


Подробности за услугата

Биоинформатика

Демо резултати

Представени публикации

Характеристики

● Улавяне на поли-А mRNA, последвано от cDNA синтез и подготовка на библиотека

● Секвениране на пълните преписи

● Биоинформационен анализ, базиран на подравняване към референтен геном

● Биоинформационният анализ включва не само експресия на ниво ген и изоформа, но и анализ на lncRNA, генни сливания, полиаденилиране и генна структура

Предимства на услугата

Количествено определяне на експресията на ниво изоформа: позволява подробен и точен анализ на експресията, разкриване на промяна, която може да бъде маскирана при анализиране на цялата генна експресия

Намалени изисквания за данни:В сравнение със секвенирането от следващо поколение (NGS), секвенирането на нанопори показва по-ниски изисквания за данни, което позволява еквивалентни нива на насищане на количественото определяне на генната експресия с по-малки данни.

По-висока точност на количественото определяне на експресията: както на генно, така и на изоформно ниво

Идентифициране на допълнителна транскриптомна информация: алтернативно полиаденилиране, слети гени и lcnRNA и техните целеви гени

Обширен експертен опит: Нашият екип внася богат опит във всеки проект, като е завършил над 850 проекта за транскриптоми с пълна дължина на Nanopore и е обработил над 8000 проби.

Поддръжка след продажбата: нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.

Примерни изисквания и доставка

Библиотека

Стратегия за последователност

Препоръчителни данни

Контрол на качеството

Поли А обогатен

Ilumina PE150

6/12 Gb

Средна оценка за качество: Q10

Примерни изисквания:

Нуклеотиди:

Конц. (ng/μl)

Количество (μg)

Чистота

Почтеност

≥ 100

≥ 1,0

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела.

За растения: RIN≥7.0;

За животни: RIN≥7,5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

ограничено или никакво повишение на базовата линия

● Растения:

Корен, стъбло или венчелистче: 450 mg

Листа или семена: 300 mg

Плодове: 1,2 g

● Животно:

СЪРЦЕ или ЧЕРВА: 300 мг

Вътрешни органи или мозък: 240 mg

Мускули: 450 мг

Кости, коса или кожа: 1g

● Членестоноги:

Насекоми: 6g

Ракообразни: 300 мг

● Цяла кръв: 1 туба

● Клетки: 106 клетки

Препоръчителна доставка на мостри

Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)

Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Пратка:

1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.

2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.

Работен поток на услугата

Нуклеотиди:

доставка на проби

Доставка на мостри

Подготовка на библиотеката

Изграждане на библиотека

Секвениране

Секвениране

Анализ на данни

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Следпродажбени услуги

Работен поток на услугата

Тъкан:

Примерен QC

Дизайн на експеримента

доставка на проби

Доставка на мостри

Пилотен експеримент

Екстракция на РНК

Подготовка на библиотеката

Изграждане на библиотека

Секвениране

Секвениране

Анализ на данни

Анализ на данни

Следпродажбени услуги

Следпродажбени услуги


  • Предишен:
  • следващ:

  • в цял ръст

    ● Обработка на необработени данни

    ● Идентификация на препис

    ● Алтернативно снаждане

    ● Количествено определяне на експресията на ниво ген и ниво на изоформа

    ● Анализ на диференциален израз

    ● Функционална анотация и обогатяване (DEG и DET)

     

    Анализ на алтернативен сплайсинг图片20 Алтернативен анализ на полиаденилиране (APA)

     

    图片21

     

    Прогноза за lncRNA

     图片22

     

    Анотация на нови гени

     图片23

     

     

     Групиране на DET

     

     图片24

     

     

    Протеин-протеинови мрежи в DEG

     

      图片25 

    Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мРНК Nanopore с пълна дължина на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.

     

    Gong, B. et al. (2023) „Епигенетично и транскрипционно активиране на секреторната киназа FAM20C като онкоген в глиома“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), стр. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

    Той, Z. и др. (2023) „Секвенирането на транскриптоми в пълна дължина на лимфоцити, отговарящи на IFN-γ, разкрива Th1-изкривен имунен отговор при писия (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

    Ma, Y. et al. (2023) „Сравнителен анализ на методите за секвениране на PacBio и ONT РНК за идентифициране на отровата на Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

    Yu, D. et al. (2023) „Nano-seq анализ разкрива различна функционална тенденция между екзозоми и микровезикули, получени от hUMSC“, Изследване и терапия на стволови клетки, 14(1), стр. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/ТАБЛИЦИ/6.

     

    вземете оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: