Пълна дължина на иРНК секвениране-нанопора
Характеристики
● Улавяне на поли-А mRNA, последвано от cDNA синтез и подготовка на библиотека
● Секвениране на пълните преписи
● Биоинформационен анализ, базиран на подравняване към референтен геном
● Биоинформационният анализ включва не само експресия на ниво ген и изоформа, но и анализ на lncRNA, генни сливания, полиаденилиране и генна структура
Предимства на услугата
●Количествено определяне на експресията на ниво изоформа: позволява подробен и точен анализ на експресията, разкриване на промяна, която може да бъде маскирана при анализиране на цялата генна експресия
●Намалени изисквания за данни:В сравнение със секвенирането от следващо поколение (NGS), секвенирането на нанопори показва по-ниски изисквания за данни, което позволява еквивалентни нива на насищане на количественото определяне на генната експресия с по-малки данни.
●По-висока точност на количественото определяне на експресията: както на генно, така и на изоформно ниво
●Идентифициране на допълнителна транскриптомна информация: алтернативно полиаденилиране, слети гени и lcnRNA и техните целеви гени
●Обширен експертен опит: Нашият екип внася богат опит във всеки проект, като е завършил над 850 проекта за транскриптоми с пълна дължина на Nanopore и е обработил над 8000 проби.
●Поддръжка след продажбата: нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| Поли А обогатен | Ilumina PE150 | 6/12 Gb | Средна оценка за качество: Q10 |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥7.0; За животни: RIN≥7,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 mg
Листа или семена: 300 mg
Плодове: 1,2 g
● Животно:
СЪРЦЕ или ЧЕРВА: 300 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 mg
Мускули: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1g
● Членестоноги:
Насекоми: 6g
Ракообразни: 300 мг
● Цяла кръв: 1 туба
● Клетки: 106 клетки
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Нуклеотиди:
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Работен поток на услугата
Тъкан:
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
● Обработка на необработени данни
● Идентификация на препис
● Алтернативно снаждане
● Количествено определяне на експресията на ниво ген и ниво на изоформа
● Анализ на диференциален израз
● Функционална анотация и обогатяване (DEG и DET)
Анализ на алтернативен сплайсинг
Алтернативен анализ на полиаденилиране (APA)
Прогноза за lncRNA
Анотация на нови гени
Групиране на DET
Протеин-протеинови мрежи в DEG
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мРНК Nanopore с пълна дължина на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Gong, B. et al. (2023) „Епигенетично и транскрипционно активиране на секреторната киназа FAM20C като онкоген в глиома“, Journal of Genetics and Genomics, 50(6), стр. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Той, Z. и др. (2023) „Секвенирането на транскриптоми в пълна дължина на лимфоцити, отговарящи на IFN-γ, разкрива Th1-изкривен имунен отговор при писия (Paralichthys olivaceus)“, Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) „Сравнителен анализ на методите за секвениране на PacBio и ONT РНК за идентифициране на отровата на Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) „Nano-seq анализ разкрива различна функционална тенденция между екзозоми и микровезикули, получени от hUMSC“, Изследване и терапия на стволови клетки, 14(1), стр. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/ТАБЛИЦИ/6.
