Еукариотен иРНК анализ (налични референтни и de novo опции)
Този тръбопровод използва данни от NGS RNA-Seq като вход и произвежда резултати от множество анализи надолу по веригата, включително, но не само: оценка на качеството на данните за секвениране,de novoанотация на мястото на транскрипция, анализ на сплайсинг на променливи, анализ на диференциална експресия, анотация на функция и анализ на обогатяване.
Анализ на дълга некодираща РНК
Дългите некодиращи РНК (lncRNA) са некодиращи транскрипти с дължини, по-дълги от 200 nt и е известно, че играят роля в организацията и регулирането на хроматина. Технологиите за секвениране с висока пропускателна способност и биоинформатиката дадоха възможност за нашето разбиране на последователностите на lncRNA и информацията за позициониране, за да идентифицираме lncRNAs с решаващи регулаторни функции. Този тръбопровод осигурява анализ на lncRNA в допълнение към анализите, споменати в тръбопровода за анализ на еукариотна иРНК.
16S/18S/ITS секвениране на ампликони
Тръбопроводът за анализ на микробното разнообразие Amplicon Sequencing е разработен въз основа на дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие. Тръбопроводът съдържа стандартизиран основен анализ, който обхваща основното съдържание на анализ на настоящите микробни изследвания и персонализиран анализ. Докладът за анализ е богат и изчерпателен, с възможност за извършване на разнообразни лични анализи. Освен това пробите и групите могат да се променят в движение за допълнително персонализиране и контрол.
Метагеномичен анализ на пушка
Тръбопроводът Shotgun Metagenomic Analysis използва NGS данни от смесени геномни материали, извлечени от проби от околната среда. Включените анализи предоставят подробна информация за разнообразието и изобилието на видовете, структурата на популацията, филогенетичната връзка, функционалните гени и мрежите за корелация с факторите на околната среда.
NGS-WGS анализ на варианти
NGS-WGS Variant Analysis е интегриран канал за откриване на варианти, който извършва контрол на качеството на данните, подравняване на последователности, анотация и анализ на генни мутации. Тръбопроводът следва най-добрите практики на GATK за откриване на SNP и InDel и използва Manta за извикване на структурен вариант.
Изследване на широката геномна асоциация (GWAS)
GWAS тръбопроводът е анализ надолу по веригата, който взема предварително генерирани VCF файлове и съответните фенотипни данни за кохорта от индивиди като вход. Използвайки специфични статистически методологии, GWAS има за цел да разкрие нуклеотидни вариации в целия геном, свързани с фенотипни разлики. Той играе решаваща роля в изследването на функционални гени, свързани със сложни човешки заболявания и сложни черти в растенията и животните.
Анализ на масово разделяне (BSA)
BSA анализът включва обединяване на индивиди с екстремни фенотипни черти от отделяща се популация. Чрез сравняване на диференциални локуси между обединените проби, този подход бързо идентифицира тясно свързани молекулни маркери, свързани с целевите гени. Широко използван в генетичното картографиране на растения и животни, той е ценен инструмент за развъждане с помощта на маркери.
Еволюционен генетичен анализ
Работният поток на еволюционния генетичен анализ използва обширния опит на BMKGENE в проектите за генетична еволюция и включва изграждане на филогенетично дърво, анализ на неравновесието на връзката, оценка на генетичното разнообразие, селективна идентификация, анализ на родството, анализ на главните компоненти и характеризиране на популационната структура.
