Еволюционна генетика
Предимства на услугата
Takagi et al.,The Plant Journal, 2013
●Изчерпателен биоинформатичен анализ:Разрешаване на оценката на генетичното разнообразие, което отразява еволюционния потенциал на видовете и разкрива надеждна филогенетична връзка между видовете с минимизирано влияние на конвергентната еволюция и паралелната еволюция
●По избор персонализиран анализ: като оценка на времето и скоростта на дивергенция въз основа на вариациите на ниво нуклеотид и аминокиселини.
●Обширни записи на експертиза и публикации: BMKGene е натрупал масивен опит в проектите за популация и еволюционни генетични проекти за повече от 15 години, обхващайки хиляди видове и др. И допринесе за над 1000 проекта на високо ниво, публикувани в Nature Communications, молекулярни растения, растителна биотехнологична списание и др.
● Високо квалифициран екип за биоинформатика и кратък анализ на цикъла: С голям опит в разширения анализ на геномиката, екипът на BMKGene предоставя изчерпателни анализи с бързо време за изпълнение.
● Поддръжка след продажбата:Нашият ангажимент се простира извън завършването на проекта с 3-месечен период на обслужване след продажба. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ за отстраняване на неизправности и сесии за въпроси и отговори за справяне с всички заявки, свързани с резултатите.
Спецификации и изисквания на услугата
| Тип секвениране | Препоръчителна скала на населението | Стратегия за секвениране | Нуклеотидни изисквания |
| Цяло геномно секвениране | ≥ 30 индивида, с ≥ 10 индивида от всяка подгрупа
| 10x | Концентрация: ≥ 1 ng/ µl Обща сума, 30ng Ограничено или без деградация или замърсяване |
| Амплифициран фрагмент от специфичен локус (SLAF) | Дълбочина на етикета: 10x Брой маркери: <400 MB: Препоръчва се WGS <1GB: 100K тагове 1GB > 2GB: 300K тагове Макс. 500K тагове | Концентрация ≥ 5 ng/µl Обща сума ≥ 80 ng Нанодроп OD260/280 = 1.6-2.5 Агарозен гел: Не или ограничено разграждане или замърсяване
|
Работен поток на сервиз
Дизайн на експеримента
Доставка на проба
Библиотечно строителство
Секвениране
Анализ на данните
Услуги след продажба
Услугата включва анализ на структурата на популацията (филогенетично дърво, PCA, диаграма на стратификация на популацията), разнообразие от населението и подбор на популацията (неравновесие на връзката, селективен избор на проверка на избирателни места). Услугата може да включва и персонализиран анализ (напр. Време за дивергенция, генно поток).
*Демонстрационни резултати, показани тук, са всички от геноми, публикувани с BMKGene
1. Еволюционният анализ съдържа изграждане на филогенетично дърво, структура на популацията и PCA въз основа на генетични вариации.
Филогенетичното дърво представлява таксономични и еволюционни връзки между видовете с общ прародител.
PCA има за цел да визуализира близостта между субпопулациите.
Структурата на популацията показва наличието на генетично различна подгрупа по отношение на алелните честоти.
Chen, et. al.,Pnas, 2020
2.ЛЕСЕНТИВНО СЪВЕТ
Селективната почистване се отнася до процес, чрез който е избран изгоден сайт и честотите на свързаните неутрални сайтове се увеличават и тези на несвързани сайтове се намаляват, което води до намаляване на регионалния.
Откриването на генома върху селективни региони за почистване се обработва чрез изчисляване на генетичния индекс на популацията （π ， fst, D) на всички SNP в плъзгащ се прозорец (100 kb) на определен етап (10 kb).
Нуклеотидно разнообразие (π）
Tajima's d
Индекс на фиксиране (FST)
Wu, et. al.,Молекулярно растение, 2018
3. Гелен поток
Wu, et. al.,Молекулярно растение, 2018
4.демографска история
Zhang, et. al.,Природа екология и еволюция, 2021
5. Време за отменяне
Zhang, et. al.,Природа екология и еволюция, 2021
Разгледайте напредъка, улеснен от еволюционните генетични услуги на BMKGene чрез курирана колекция от публикации:
Hassanyar, Ak et al. (2023) „Откриване на молекулярни маркери на SNP и кандидат-гени, свързани с резистентност към вируса на Сакбруд в ларвите на Apis cerana cerana чрез преизчисляване на целия геном“,Международно списание за молекулярни науки, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) „Откриването на див, генетично чист китайски гигантски саламандър създава нови възможности за опазване“,Зоологически изследвания, 2022, кн. 43, брой 3, страници: 469-480, 43 (3), стр. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) „Филогеографски модел и еволюция на населението История на коренното елимус сибирик Л. на платото Qinghai-Tibetan“,Граници в растителната наука, 13, с. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) „Геномни прозрения за еволюцията на Лонгин от сглобяване на геном на ниво хромозома и геномика на популацията на присъединения към LongAn“,Изследване на градинарството, 9. Doi: 10.1093/hr/uhac021.
