Еукариотно иРНК секвениране-NGS
Характеристики
● Улавяне на поли иРНК преди подготовката на библиотеката
● Незадължителна подготовка на насочена иРНК библиотека, за да се даде възможност за получаване на данни за секвениране, специфично за нишка
● Биоинформационен анализ на генна експресия и структура на транскрипт
Предимства
●Обширен експертен опит: Нашият екип е обработил над 600 000 проби в BMKgene, обхващащи различни видове проби като клетъчни култури, тъкани и телесни течности. Ние внасяме богат опит във всеки проект и сме завършили успешно над 100 000 mRNA-Seq проекта в различни изследователски области.
●Строг контрол на качеството: Ние внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовка на проби и библиотека до секвениране и биоинформатика. Този щателен мониторинг гарантира предоставянето на постоянно висококачествени резултати, като ви гарантира, че вашият проект е в надеждни ръце.
●Изчерпателна анотация: Използваме множество бази данни за функционално анотиране на диференциално експресираните гени (DEG) и извършване на съответните анализи на обогатяване. Този всеобхватен подход предоставя представа за клетъчните и молекулярните процеси, лежащи в основата на отговора на транскриптома, като гарантира, че сте напълно информирани за резултатите от вашия проект.
●Поддръжка след продажбата: Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| Поли А обогатен | Ilumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност | |
| Стандартна библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
| Насочена библиотека | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN≥4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 mg
Листа или семена: 300 mg
Плодове: 1,2 g
●животно:
СЪРЦЕ или ЧЕРВА: 300 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 mg
Мускули: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1g
● Членестоноги:
Насекоми: 6g
Ракообразни: 300 мг
● Цяла кръв: 1 туба
● Клетки: 106 клетки
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. Настолни епруветки с РНК: пробите от РНК могат да бъдат изсушени в епруветка за стабилизиране на РНК (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Биоинформатика
Еукариотни Работен процес на анализ на секвениране на иРНК
Биоинформатика
ØКонтрол на качеството на необработените данни
ØПодреждане на референтния геном
ØАнализ на структурата на транскрипта
ØКоличествено определяне на израза
ØАнализ на диференциален израз
ØФункционално анотиране и обогатяване
Подравняване на референтния геном
Наситеност на данните
Корелация на проби и оценка на биологични реплики
Диференциално експресирани гени (DEG)
Функционална анотация на DEG
Функционално обогатяване на DEG
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на еукариотна NGS иРНК на BMKGene чрез подбрана колекция от публикации.
Huang, L. и др. (2023) „Триклозанът и триклокарбанът отслабват обонятелния капацитет на златните рибки, като ограничават разпознаването на миризмата, нарушават трансдукцията на обонятелния сигнал и нарушават обработката на обонятелната информация“, Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) „Aspergillus fumigatus отвлича човешки p11, за да пренасочи фагозоми, съдържащи гъбички, към неразграждащ се път“, Cell Host & Microbe, 31(3), стр. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Джин, К. и др. (2022) „TCP транскрипционни фактори, включени в развитието на издънки на Ma Bamboo (Dendrocalamus latiflorus Munro)“, Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) „Геномът на Chrysanthemum lavandulifolium и молекулярният механизъм, лежащ в основата на различни видове capitulum“, Изследване на градинарството, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie и др. (2023) „Каскаден нанореактор за подобряване на сонодинамичната терапия при колоректален рак чрез синергично увеличаване на ROS и блокиране на автофагията“, Nano Today, 49, стр. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
