Секвениране на иРНК в пълна дължина -PacBio
Характеристики
● cDNA синтез от поли-A mRNA, последвано от подготовка на библиотека
● Секвениране в режим CCS, генериране на HiFi четения
● Секвениране на пълните преписи
● Анализът не налага референтен геном; въпреки това може да се използва
● Биоинформационният анализ дава възможност за анализ на транскрипти изоформа lncRNA, генни сливания, полиаденилиране и генна структура
Предимства на услугата
●Висока точност: HiFi чете с точност >99,9% (Q30), сравнимо с NGS
● Алтернативен сплайсинг анализ: секвенирането на целите транскрипти позволява идентифициране и характеризиране на изоформата
●Обширен експертен опит: с опит в завършването на над 1100 PacBio проекта за транскриптоми в пълна дължина и обработката на над 2300 проби, нашият екип внася богат опит във всеки проект.
●Поддръжка след продажбата: нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Примерни изисквания и доставка
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| PolyA обогатена mRNA CCS библиотека | PacBio Продължение II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
● Растения:
Корен, стъбло или венчелистче: 450 mg
Листа или семена: 300 mg
Плодове: 1,2 g
● Животно:
СЪРЦЕ или ЧЕРВА: 300 мг
Вътрешни органи или мозък: 240 mg
Мускули: 450 мг
Кости, коса или кожа: 1g
● Членестоноги:
Насекоми: 6g
Ракообразни: 300 мг
● Цяла кръв: 1 туба
● Клетки: 106 клетки
| Конц. (ng/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничено или никакво протеиново или ДНК замърсяване, показано на гела. | За растения: RIN≥7.5; За животни: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; ограничено или никакво повишение на базовата линия |
Препоръчителна доставка на мостри
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране+репликат напр. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. РНК стабилни епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в РНК стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и изпратени при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на необработените данни
● Алтернативен анализ на полиаденилиране (APA)
● Анализ на синтезиран транскрипт
● Алтернативен сплайсинг анализ
● Сравнителен анализ на Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO).
● Нов анализ на транскрипт: прогнозиране на кодиращи последователности (CDS) и функционална анотация
● lncRNA анализ: прогнозиране на lncRNA и мишени
● Микросателитна идентификация (SSR)
BUSCO анализ
Алтернативен анализ на сплайсинг
Алтернативен анализ на полиаденилиране (APA)
Функционална анотация на нови преписи
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мРНК Nanopore с пълна дължина на BMKGene в тази представена публикация.
Ma, Y. et al. (2023) „Сравнителен анализ на методите за секвениране на PacBio и ONT РНК за идентифициране на отровата на Nemopilema Nomurai“, Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) „Динамиката на развитието на транскриптома на стъблото на Populus“, Plant Biotechnology Journal, 17 (1), стр. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Динамични промени в съдържанието на аскорбинова киселина по време на развитието на плодовете и узряването на Actinidia latifolia (богата на аскорбат плодова култура) и свързаните с тях молекулярни механизми“, Международен журнал за молекулярни науки, 23(10), стр. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „Ефективно предсказване на гени на биосинтетичен път, участващи в биоактивни полифилини в Paris polyphylla“, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), стр. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) „Комбиниран PacBio Iso-Seq и Illumina RNA-Seq анализ на транскриптома на Tuta absoluta (Meyrick) и гените на цитохром P450“, Насекоми, 14(4), стр. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun и др. (2019) „Проучване на сложността на транскриптома с помощта на PacBio едномолекулен анализ в реално време, комбиниран със секвениране на Illumina RNA за по-добро разбиране на биосинтезата на рицинолова киселина в Ricinus communis“, BMC Genomics, 20(1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
