Сравнителна геномика
Предимства на услугата
●Обширна експертиза и записи за публикации: с натрупаните, BMKGene е завършила над 90 проекта за сравнителна геномика, с кумулативен фактор на въздействие, достигнат 900.
●Цялостен биоинформатичен анализ: пакетът за анализи съдържа осемте най-често изисквани анализа, предоставящи добре проектирани цифри, готови за публикуване, и позволяващи лесна интерпретация на резултатите
●Висококвалифициран екип по биоинформатика и кратък цикъл на анализ: с голям опит в сравнителния геномен анализ, екипът на BMKGene изпълнява разнообразни персонализирани изисквания за анализ за кратко време за изпълнение
●Следпродажбена поддръжка:Нашият ангажимент се простира отвъд завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на проблеми и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Сервизни спецификации
| Очаквано време за изпълнение | Брой видове | Анализи |
| 30 работни дни | 6 - 12 | Групиране на генно семейство Разширяване и свиване на семейството на гените Изграждане на филогенетично дърво Оценка на времето на отклонение (необходимо е калибриране на вкаменелости) Време за вмъкване на LTR (за растения) Дублиране на целия геном (за растения) Селективен натиск Синтеничен анализ |
Биоинформатични анализи
● Семейство ген
● Филогенетика
● Време на отклонение
● Селективен натиск
● Synteny анализ
Примерни изисквания и доставка
Примерни изисквания:
Тъкан или ДНК за секвениране и сглобяване на генома
За Тъкан
| видове | Тъкан | Проучване | PacBio CCS |
| Животно | Висцерална тъкан | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Мускулна тъкан | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Кръв на бозайник | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Кръв от птици/риба | |||
| растение | Свежи листа | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Венчелистче/Стъбло | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Корен/семе | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| клетки | Култивирана клетка | - | ≥ 1 x 108 |
данни
Файлове с геномна последователност (.fasta) и файлове с анотации (.gff3) на тясно свързани видове
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
*Показаните тук демонстрационни резултати са от геноми, публикувани с Biomarker Technologies
1. Оценка на времето за вмъкване на LTR: Фигурата показва уникално бимодално разпределение на времената на вмъкване на LTR-RT в генома на Weining ръж, в сравнение с други видове. Най-новият връх се е появил преди около 0,5 милиона години.
Li Guang и др.,Природна генетика, 2021 г
2. Анализ на филогенеза и генна фамилия на чайот (Sechium edule): Чрез анализиране на чайот и другите 13 сродни вида в генното семейство се установи, че Chayote е най-тясно свързан със змийската кратуна (Trichosanthes anguina). Чайот, получен от змийска кратуна на около 27-45 Mya и дублиране на целия геном (WGD) е наблюдавано в чайот на 25±4 Mya, което е третото WGD събитие в Cucuibitaceae.
Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г
3. Синтетичен анализ: Някои гени, свързани с фитохормоните в развитието на плодовете, са открити в чайот, змийска кратуна и тиква. Корелацията между чайот и тиква е малко по-висока от тази между чайот и змийска кратуна.
Fu A и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г
4.Анализ на генно семейство: Обогатяването на KEGG върху разширяването и свиването на генното семейство в геномите на G.thurberi и G.davidsonii показва, че гените, свързани с биосинтезата на стероиди и биосинтезата на брасиностероиди, са разширени.
Yang Z и др.,Биология на BMC, 2021 г
5. Анализ на дублирането на целия геном: 4DTV и анализът на разпределението на Ks показва събитие за дублиране на целия геном. Пикове на вътрешновидови показани събития на дублиране. Пикове на междувидови показани събития на видообразуване. Анализът показа, че в сравнение с другите три тясно свързани вида, O. europaea премина през широкомащабно генно дублиране напоследък.
Rao G и др.,Изследвания в градинарството, 2021 г
Калъф BMK
Роза без бодли: геномни прозрения, свързани с адаптирането към влага
Публикувано: Национален научен преглед, 2021 г
Стратегия за последователност:
„На Басибез бодли' (Р.Wichurainan) геном:
Прибл. 93 X PacBio + прибл. 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ключови резултати
1.Висококачественият геном на R.wichuraiana е конструиран с помощта на техники за секвениране с дълго четене, които дават сглобка от 530,07 Mb (Очакваният размер на генома е приблизително 525,9 Mb чрез поточна цитометрия и 525,5 чрез изследване на генома； Хетерозиготността е около 1,03%). Оценката на BUSCO е 93,9%. Сравнявайки със „Old blush“ (haploOB), качеството и пълнотата на този геном беше потвърдено от базова еднобазова точност и LTR индекс на сглобяване (LAI=20.03). Геномът на R.wichuraiana съдържа 32 674 протеинови кодиращи гени.
2. Мулти-омичен съвместен анализ, състоящ се от сравнителна геномика, транскриптомика, QTL анализ на генетична популация, разкрива решаващата спецификация между R. wichuraiana и Rosa chinensis. Също така, вариацията на експресията на свързаните гени в QTL е вероятно да бъде свързана с моделиране на бодли на стъблото.
Сравнителният анализ на геномиката между Basye;s Thornless и Rosa chinensis, включително синтетичен анализ, клъстер на генно семейство, анализ на разширяване и свиване, разкрива голям брой вариации, които са свързани с решаващи характеристики на розите. Уникалната експанзия в семейството на гени NAC и FAR1/FRS е много вероятно да бъде свързана с резистентност към черно петно.
Сравнителен геномичен анализ между BT и haploOB геноми.
Zhong, M., et al. „Роза без бодли: геномни прозрения, свързани с адаптирането към влагата“Национален научен преглед, 2021;, nwab092.
