BMKMANU S3000_Пространствен транскриптом
Техническа схема на пространствен транскриптом BMKMANU S3000
Характеристики
- Разделителна способност: 3,5 µM
- Диаметър на петното: 2,5 µM
- Брой спотове: приблизително 4 милиона
- 3 възможни формата на зоната на заснемане: 6,8 мм * 6,8 мм, 11 мм * 11 мм или 15 мм * 20 мм
- Всяко зърно с баркод е заредено с праймери, съставени от 4 секции:
• поли(dT) опашка за mRNA прайминг и cDNA синтез,
• Уникален молекулярен идентификатор (UMI) за коригиране на отклонението при усилване
• Пространствен баркод
• Свързваща последователност на праймер за секвениране на частично четене 1
- H&E и флуоресцентно оцветяване на срезовете
- Възможност за използване на технология за клетъчно сегментиране: интегриране на H&E оцветяване, флуоресцентно оцветяване и РНК секвениране за определяне на границите на всяка клетка и правилно присвояване на генна експресия на всяка клетка. Обработка надолу по веригата Анализ на пространствено профилиране въз основа на клетъчен бин.
- Възможност за постигане на многостепенен анализ на разделителната способност: Гъвкав многостепенен анализ, вариращ от 100 um до 3,5 um за разрешаване на различни тъканни характеристики при оптимална разделителна способност.
Предимства на BMKMANU S3000
-Удвояване на местата за заснемане до 4 милиона: с подобрена разделителна способност от 3,5 uM, което води до по-високо откриване на ген и UMI на клетка. Това води до подобрено групиране на клетки въз основа на транскрипционни профили, с по-фини детайли, които съответстват на структурата на тъканите.
- Подклетъчна резолюция:Всяка зона за улавяне съдържа >2 милиона пространствени баркодирани петна с диаметър 2,5 µm и разстояние от 5 µm между центровете на петна, което позволява пространствен анализ на транскриптоми със субклетъчна разделителна способност (5 µm).
-Многостепенен анализ на резолюцията:Гъвкав многостепенен анализ, вариращ от 100 μm до 5 μm за разрешаване на различни тъканни характеристики при оптимална разделителна способност.
-Възможност за използване на технологията за клетъчно сегментиране "Три в един слайд":комбинирайки флуоресцентно оцветяване, H&E оцветяване и секвениране на РНК на един слайд, нашият алгоритъм за анализ "три в едно" дава възможност за идентифициране на клетъчните граници за последваща клетъчно-базирана транскриптомия.
-Съвместим с множество платформи за секвениране: налични са както NGS, така и секвениране с дълго четене.
-Гъвкав дизайн на 1-8 активни зони за улавяне: размерът на зоната за заснемане е гъвкав, като е възможно да се използват 3 формата (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm и 15 mm * 20 mm)
-Обслужване на едно гише: интегрира всички стъпки, базирани на опит и умения, включително крио-секция, оцветяване, оптимизиране на тъканите, пространствено баркодиране, подготовка на библиотека, секвениране и биоинформатика.
-Изчерпателна биоинформатика и удобна за потребителя визуализация на резултатите:пакетът включва 29 анализа и 100+ висококачествени фигури, съчетани с използването на собствено разработен софтуер за визуализиране и персонализиране на разделянето на клетките и групирането на място.
-Персонализиран анализ и визуализация на данни: достъпно за различни заявки за изследване
-Висококвалифициран технически екип: с опит в над 250 вида тъкани и 100+ вида, включително хора, мишки, бозайници, риби и растения.
-Актуализации в реално време за целия проект: с пълен контрол върху експерименталния прогрес.
-Незадължителен съвместен анализ с едноклетъчно иРНК секвениране
Сервизни спецификации
| Примерни изисквания | Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| OCT-вградени криопроби (Оптимален диаметър: прибл. 6×6×6 mm³) 2 блока на проба 1 за експеримент, 1 за резервно копие | S3000 cDNA библиотека | Ilumina PE150 | 160K PE четения на 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
За повече подробности относно насоките за подготовка на проби и работния процес на обслужване, моля, не се колебайте да говорите с aBMKGENE експерт
Работен поток на услугата
Във фазата на подготовка на пробата се извършва първоначален опит за екстракция на масова РНК, за да се гарантира, че може да се получи висококачествена РНК. В етапа на тъканна оптимизация срезовете се оцветяват и визуализират и условията на пермеабилизация за освобождаване на иРНК от тъканта се оптимизират. След това оптимизираният протокол се прилага по време на изграждането на библиотеката, последвано от последователност и анализ на данните.
Пълният работен процес на услугата включва актуализации в реално време и клиентски потвърждения за поддържане на отзивчива верига за обратна връзка, гарантираща гладко изпълнение на проекта.
Данните, генерирани от BMKMANU S3000, се анализират с помощта на софтуера „BSTMatrix“, който е независимо проектиран от BMKGENE, генерирайки клетъчно ниво и многостепенна резолюция Gene Expression Matrix. Оттам се генерира стандартен отчет, който включва контрол на качеството на данните, анализ на вътрешна извадка и междугрупов анализ.
- Контрол на качеството на данните:
- Извеждане на данни и разпределение на качествения резултат
- Откриване на ген на място
- Покритие на тъканите
- Анализ на вътрешната проба:
- Генно богатство
- Групиране на място, включително анализ на намалени измерения
- Анализ на диференциална експресия между клъстери: идентифициране на маркерни гени
- Функционална анотация и обогатяване на маркерни гени
- Междугрупов анализ
- Повторно комбиниране на петна от двете проби (напр. болни и контролни) и повторно групиране
- Идентифициране на маркерни гени за всеки клъстер
- Функционална анотация и обогатяване на маркерни гени
- Диференциално изразяване на един и същ клъстер между групите
В допълнение, разработеният от BMKGene “BSTViewer” е удобен за потребителя инструмент, който позволява на потребителя да визуализира генната експресия и да забелязва групиране при различни разделителни способности.
BMKGene предлага услуги за пространствено профилиране при прецизна разделителна способност на една клетка (на базата на клетъчен бин или многостепенен квадратен бин от 100um до 3,5um).
Данните за пространствено профилиране от тъканни срезове на слайд S3000 се представиха добре, както по-долу.
Казус 1: Мозък на мишка
Анализът на мозъчна секция на мишка с S3000 доведе до идентифицирането на ~94 000 клетки, със средно секвениране от ~2000 гена на клетка. Подобрената разделителна способност от 3,5 uM доведе до много детайлно групиране на клетките въз основа на транскрипционни модели, като клъстерите от клетки имитират мозъчните диференцирани структури. Това лесно се наблюдава чрез визуализиране на разпределението на клетките, групирани като олигодендроцити и клетки на микроглия, които са почти изключително разположени съответно в сиво и бяло вещество.
Казус 2: Ембрион на мишка
Анализът на секция на миши ембрион с S3000 доведе до идентифициране на ~ 2200 000 клетки, със средно секвениране от ~ 1600 гена на клетка. Подобрената разделителна способност от 3,5 uM доведе до много детайлно групиране на клетките въз основа на транскрипционни модели, с 12 клъстера в областта на окото и 28 клъстера в областта на мозъка.
Групиране на клетки за анализ на вътрешна проба:
Идентификация на маркерни гени и пространствено разпределение:
- по-висока субклетъчна разделителна способност: В сравнение с слайда S1000, всяка област на улавяне на S3000 съдържа >4 милиона пространствени баркодирани петна с диаметър 2,5 µm и разстояние 3,5 µm между центровете на петната, което позволява анализ на пространствения транскриптом с по-висока субклетъчна разделителна способност (квадратен контейнер: 3,5 µm).
- По-висока ефективност на улавяне: в сравнение със слайд S1000, увеличението на Median_UMI от 30% на 70%, увеличението на Median_Gene от 30% на 60%
Схема на чип S1000:
Схема на чип S3000:
