BMKMANU S1000 пространствен транскриптом
BMKMANU S1000 Техническа схема на пространствен транскриптом
Характеристики
● Разделителна способност: 5 µM
● Диаметър на петното: 2,5 µM
● Брой спотове: приблизително 2 милиона
● 3 възможни формата на зоната на заснемане: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm или 15 mm * 20 mm
● Всяко зърно с баркод е заредено с праймери, съставени от 4 секции:
поли(dT) опашка за mRNA прайминг и cDNA синтез
Уникален молекулярен идентификатор (UMI) за коригиране на отклонението при усилване
Пространствен баркод
Свързваща последователност на частично прочетено 1 секвениращ праймер
● H&E и флуоресцентно оцветяване на срезовете
● Възможност за ползванетехнология за клетъчно сегментиране: интегриране на H&E оцветяване, флуоресцентно оцветяване и секвениране на РНК за определяне на границите на всяка клетка и правилно присвояване на генна експресия на всяка клетка.
Предимства на BMKMANU S1000
●Подклетъчна резолюция: Всяка зона за улавяне съдържа >2 милиона пространствени баркодирани петна с диаметър 2,5 µm и разстояние от 5 µm между центровете на петна, което позволява анализ на пространствен транскриптом със субклетъчна разделителна способност (5 µm).
●Многостепенен анализ на резолюцията:Гъвкав многостепенен анализ, вариращ от 100 μm до 5 μm за разрешаване на различни тъканни характеристики при оптимална разделителна способност.
●Възможност за използване на технологията за клетъчно сегментиране „Три в един слайд“:Комбинирайки флуоресцентно оцветяване, H&E оцветяване и РНК секвениране на един слайд, нашият алгоритъм за анализ "три в едно" дава възможност за идентифициране на клетъчните граници за последваща клетъчна транскриптомия.
●Съвместим с множество платформи за секвениране: Налични са както NGS, така и последователност за дълго четене.
●Гъвкав дизайн на 1-8 зона за активно улавяне: Размерът на зоната за заснемане е гъвкав, като е възможно да се използват 3 формата (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm и 15 mm * 20 mm)
●Обслужване на едно гише: Той интегрира всички стъпки, базирани на опит и умения, включително крио-секция, оцветяване, оптимизация на тъканите, пространствено баркодиране, подготовка на библиотека, секвениране и биоинформатика.
●Изчерпателна биоинформатика и удобна за потребителя визуализация на резултатите:пакетът включва 29 анализа и 100+ висококачествени фигури, съчетани с използването на собствено разработен софтуер за визуализиране и персонализиране на разделянето на клетките и групирането на място.
●Персонализиран анализ на данни и визуализация: достъпно за различни заявки за изследване
●Висококвалифициран технически екип: с опит в над 250 вида тъкани и 100+ вида, включително хора, мишки, бозайници, риби и растения.
●Актуализации в реално време за целия проект: с пълен контрол върху експерименталния прогрес.
●Допълнителен съвместен анализ с едноклетъчно иРНК секвениране
Сервизни спецификации
|
проба Изисквания
| Библиотека |
Стратегия за последователност
| Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| OCT-вградени криопроби, 3 блока на проба | S1000 cDNA библиотека | Ilumina PE150 (налични са и други платформи) | 100K PE четения на 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
За повече подробности относно насоките за подготовка на проби и работния процес на обслужване, моля, не се колебайте да говорите с aBMKGENE експерт
Работен поток на услугата
Във фазата на подготовка на пробата се извършва първоначален опит за екстракция на масова РНК, за да се гарантира, че може да се получи висококачествена РНК. В етапа на тъканна оптимизация срезовете се оцветяват и визуализират и условията на пермеабилизация за освобождаване на иРНК от тъканта се оптимизират. След това оптимизираният протокол се прилага по време на изграждането на библиотеката, последвано от последователност и анализ на данните.
Пълният работен процес на услугата включва актуализации в реално време и клиентски потвърждения за поддържане на отзивчива верига за обратна връзка, гарантираща гладко изпълнение на проекта.
Данните, генерирани от BMKMANU S1000, се анализират с помощта на софтуера „BSTMatrix“, който е независимо проектиран от BMKGENE, генерирайки матрица за генна експресия. Оттам се генерира стандартен отчет, който включва контрол на качеството на данните, анализ на вътрешна извадка и междугрупов анализ.
● Контрол на качеството на данните:
Извеждане на данни и разпределение на резултата за качество
Откриване на ген на място
Покритие на тъканите
● Анализ на вътрешна извадка:
Генно богатство
Групиране на място, включително анализ на намалени измерения
Анализ на диференциална експресия между клъстери: идентифициране на маркерни гени
Функционална анотация и обогатяване на маркерни гени
● Междугрупов анализ:
Повторно комбиниране на петна от двете проби (напр. болни и контролни) и повторно групиране
Идентифициране на маркерни гени за всеки клъстер
Функционална анотация и обогатяване на маркерни гени
Диференциално изразяване на един и същ клъстер между групите
В допълнение, BMKGENE разработи „BSTViewer“ е удобен за потребителя инструмент, който позволява на потребителя да визуализира генната експресия и да забелязва групиране при различни разделителни способности.
BMKGene разработи софтуер за удобна за потребителя визуализация
BSTViewer точково клъстериране при многостепенна резолюция
BSTCellViewer: автоматично и ръчно разделяне на клетки
Анализ на вътрешна извадка
Групиране на място:
Идентификация на маркерни гени и пространствено разпределение:
Междугрупов анализ
Комбинация от данни от двете групи и повторно групиране:
Маркерни гени на нови клъстери:
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за пространствена транскриптомия на BMKGene с технологията BMKManu S1000 в тази представена публикация:
Song, X. et al. (2023) „Пространствената транскриптомика разкрива индуцирани от светлина хлоренхимни клетки, участващи в насърчаването на регенерацията на издънки в доматен калус“,Сборник на Националната академия на науките на Съединените американски щати, 120(38), стр. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Вие, Y. и др. (2023) „Систематично сравнение на базирани на секвениране пространствени транскриптомични методи“,bioRxiv, стр. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
