De novo бактериален геном сглобяване
Ние предоставяме цялостна услуга за сглобяване на бактериален геном, гарантираща 0 пропуски. Това е възможно чрез интегриране на технологии за секвениране с дълго четене, като Nanopore и PacBio за сглобяване и секвенция на кратко четене с Illumina за валидиране на сглобяване и корекция на грешки на ONT Reads. Нашата услуга предоставя пълния биоинформатичен работен процес от сглобяване, функционална анотация и усъвършенстван биоинформатичен анализ, изпълнявайки специфични изследователски цели. Тази услуга дава възможност за развитие на прецизни референтни геноми за различни генетични и геномни изследвания. Освен това, той е основата на приложения като оптимизация на щам, генетично инженерство и развитие на микробните технологии, осигуряващи надеждни и без пропаст геномни данни от решаващо значение за усъвършенстване на научните прозрения и биотехнологичните иновации.
Функции на услугата
● С две възможни варианта за избор от зависимост от желаната степен на пълнота на генома.
● Опция за геном на черновата: Секвениране с кратко четене с Illumina Novaseq PE150.
● Попълнете 0 GAP геном.
● Секвениране с дълго четене на нанопор Promethion 48 или Pacbio Revio за сглобяване на генома.
● Широко четене на секвениране на Illumina Novaseq за валидиране на генома и корекция на грешки (Nanopore) или за генериране на проект на геном.
Предимства на услугата
●Геном с нулева пропаст гарантиран: Това се дължи на интегрирането на секвенирането на Illumina с дълго четене на секвениране (Nanopore или PacBio).
●Пълна работа на биоинформатиката:Това включва сглобяване на геноми и прогнозиране на множество геномни елементи, функционална анотация на ген и визуализации на генома, като график CIRCOS.
●Обширна експертиза: С над 20 000 сглобени микробни генома, BMKGene носи през десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализ, цялостно съдържание и отлична поддръжка след продажбите.
●Поддръжка след продажбата:Нашият ангажимент се простира извън завършването на проекта с 3-месечен период на обслужване след продажба. През това време ние предлагаме проследяване на проекта, помощ за отстраняване на неизправности и сесии за въпроси и отговори за справяне с всички заявки, свързани с резултатите.
●Налични множество стратегии за секвениране:За различни изследователски цели и изисквания за пълнота на генома.
Спецификации на услугата
| Услуга | Стратегия за секвениране |
| Проект на геном | Illumina PE150 100x |
| 0 Геном на празнината | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio Hifi 30x + Illumina PE150 100x (по избор) |
Изисквания за извадка:
| Концентрация (Ng/µl) | Обща сума (µg) | Обем (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Нанопор | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· Бактерии: ≥3.5x1010 клетки
Работен поток на сервиз
Доставка на проба
Библиотечно строителство
Секвениране
Анализ на данните
Услуги след продажба
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на данните
● Сглобяване на генома
● Анализ на геномните компоненти: прогнозиране на CD и множество геномни елементи
● Функционална анотация с множество общи бази данни (GO, KEGG и т.н.) и разширени бази данни (карта, VFDB и т.н.)
● Визуализация на генома
Ние предоставяме генома в лесно достъпен формат FASTA и файла за анотация на генома (GFF).
Анотация на ген - отидете
Анотация на ген - Кази въглехидрати
Визуализация на генома - сюжет на Circos
Разгледайте напредъка, улеснен от бактериалните услуги на BMKGene Bacterial Genome чрез курирана колекция от публикации.
Dai, W. et al. (2023) „Откриване на бактероиди униформени F18-22 като безопасна и нова пробиотична бактерия за лечение на улцерозен колит от здравия човешки дебело черво“,Международно списание за молекулярни науки, 24 (19), стр. 14669. Doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021 г.) „Мултилекарствени изолати на Proteus mirabilis, носещи Blaoxa-1 и Blandm-1 от дивата природа в Китай: Увеличаване на риска от общественото здраве“,Интегративна зоология, 16 (6), с. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, Tt et al. (2017) „Пълната последователност на генома на ендофита Bacillus flexus KLBMP 4941 разкрива своя механизъм за насърчаване на растежа на растенията и генетична основа за толерантност към сол“,Списание за биотехнология, 260, с. 38–41. doi: 10.1016/j.jbiotec.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) „Плазмиди на многократно репликиране на резистентност на Klebsiella посредничат за широко разпространение на антимикробни гени“,Граници в микробиологията, 12, с. 754931. Doi: 10.3389/fmicb.2021.754931/bibtex.
