Amplicon секвениране (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) секвенирането с Illumina е метод за анализ на микробното разнообразие чрез идентифициране на микробни профили според техните последователности и след това опит за дешифриране на богатството и разнообразието на общността във всяка проба и между пробите. Тръбопроводът BMKCloud Amplicon (NGS) позволява анализ на 16S, 18S, ITS и множество функционални гени. Започва с подстригване на четене, сглобяване на сдвоен от четенето и оценка на качеството, последвано от групиране на подобни четения за генериране на оперативни таксономични единици (OTU), използвани в шест различни секции за анализ. Таксономичната анотация предоставя информация за относителното изобилие и състава на всяка проба, докато анализите на алфа и бета разнообразие се фокусират върху микробното разнообразие в и между пробите, съответно. Диференциалният анализ между групите намира OTU, които се различават, използвайки както параметрични, така и непараметрични тестове, докато корелационният анализ свързва тези различия с факторите на околната среда. И накрая, функционалното изобилие на ген се прогнозира въз основа на изобилието на ген на маркера, което дава представа за функцията и екологията във всяка проба ..