16S/18S/ITS ампликонно секвениране-NGS
Характеристики на услугата
● Платформа за секвениране: Illumina NovaSeq.
● Усилване на къси региони на 16S, 18S и ITS, наред с други цели за усилване.
● Гъвкав избор на ампликон.
● Предишен проектен опит с множество цели за усилване.
Предимства на услугата
●Без изолация:Бързо идентифициране на микробния състав в проби от околната среда.
●Висока резолюция: В компоненти с ниско съдържание в проби от околната среда.
●Широко приложим: Различни проучвания на микробната общност.
●Цялостен биоинформационен анализ: Най-новият пакет QIIME2 (количествен поглед върху микробната екология) с различни анализи по отношение на база данни, анотация, OTU/ASV.
●Обширен експертен опит: Със 150 хиляди проекта за секвениране на ампликони, провеждани годишно, BMKGENE носи над десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализи, изчерпателно съдържание и отлична поддръжка след продажбата.
Сервизни спецификации
| Библиотека | Стратегия за последователност | Препоръчителни данни |
| Ампликон | Ilumina PE250 | 50/100/300K етикети (четене на двойки) |
Изисквания за обслужване
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (ng) | Обем (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Пръст/утайка: 1-2гр
● Чревно съдържание-животно: 0,5-2гр
● Чревно съдържимо-насекомо: 0.1-0.25g
● Растителна повърхност (обогатен седимент): 0.1-0.5g
● Ферментационен бульон, обогатен седимент): 0.1-0.5g
● Фекалии (едри животни): 0,5-2g
● Фекалии (миши): 3-5 зърна
● Течност от белодробен алвеоларен лаваж: филтърна хартия
● Вагинален тампон: 5-6 бр
● Кожен/генитален тампон/слюнка/орална мека тъкан/фарингеален тампон/ректален тампон: 2-3 тампона
● Повърхностни микроорганизми: филтърна хартия
● Водно тяло/въздух/биофилм: филтърна хартия
● Ендофити: 1-2g
● Зъбна плака: 0.5-1g
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Включва следния анализ:
- Контрол на качеството на необработените данни
- OTU клъстериране/де-шум (ASV)
- OTU анотация
- Алфа анализ на разнообразието: множество индекси, включително Shannon, Simpson и ACE.
- Бета анализ на разнообразието
- Междугрупов анализ
- Корелационен анализ: между факторите на околната среда и състава и разнообразието на OUT
- 16S функционално прогнозиране на ген
Хистограма на таксономично разпределение
топлинна карта на групиране на таксономично изобилие
Алфа анализ на разнообразието: крива на разреждане
бета анализ на разнообразието: NMDS
Междугрупов анализ: откриване на биомаркер LEFSE
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите на BMKGene за секвениране на ампликони с Illumina чрез подбрана колекция от публикации.
Dong, C. et al. (2022) „Сглобяване, основна микробиота и функция на ризосферната почва и микробиота на кората в Eucommia ulmoides“, Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) „Трансплантация на синтетичен бактериален консорциум за лечение на индуцирана от Gardnerella vaginalis бактериална вагиноза при мишки“, Microbiome, 11(1), стр. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. и Liu, H. (2022) „Микробиоми от въздушен прах, събрани по време на наземния затворен биорегенеративен животоподдържащ експеримент „Лунен дворец 365““, Environmental Microbiomes, 17(1), pp. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/ФИГУРИ/8.
Yin, S. et al. (2022) „Зависещо от суровината изобилие на функционални гени, свързани с азотна трансформация, контролирана загуба на азот при компостиране“, Bioresource Technology, 361, p. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
