Поўная паслядоўнасць транскрыптаў - Illumina
Асаблівасці
● Падвойная бібліятэка для секвеніравання поўнага транскрыптому: дэплецыя рРНК з наступнай падрыхтоўкай бібліятэкі PE150 і выбар памеру з наступнай падрыхтоўкай бібліятэкі SE50
● Поўны біяінфарматычны аналіз мРНК, lncRNA, circRNA і miRNA у асобных біяінфарматычных справаздачах
● Сумесны аналіз экспрэсіі ўсёй РНК у аб'яднанай справаздачы, уключаючы аналіз сетак ceRNA.
Перавагі абслугоўвання
●Паглыблены аналіз сетак рэгулявання: Аналіз сеткі ceRNA магчымы дзякуючы сумеснаму секвенированию мРНК, lncRNA, circRNA і miRNA і вычарпальнаму біяінфарматычнаму рабочаму працэсу.
●Вычарпальная анатацыя: Мы выкарыстоўваем некалькі баз даных для функцыянальнай анатацыі генаў з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй (DEG) і правядзення адпаведнага аналізу ўзбагачэння, які дазваляе зразумець клеткавыя і малекулярныя працэсы, якія ляжаць у аснове адказу транскрыптама.
●Шырокі вопыт: Маючы паслужны спіс паспяховага закрыцця больш за 2100 поўных праектаў транскрыптаў у розных даследчых галінах, наша каманда прыўносіць багаты вопыт у кожны праект.
●Строгі кантроль якасці: Мы ўкараняем асноўныя кантрольныя кропкі на ўсіх этапах, ад падрыхтоўкі ўзору і бібліятэкі да секвеніравання і біяінфарматыкі. Такі дбайны маніторынг гарантуе нязменна высокую якасць вынікаў.
●Пасляпродажная падтрымка: Наша прыхільнасць распаўсюджваецца і на 3-месячны перыяд пасляпродажнага абслугоўвання. У гэты час мы прапануем назіранне за праектам, дапамогу ў ліквідацыі непаладак і сеансы пытанняў і адказаў для адказу на любыя пытанні, звязаныя з вынікамі
Узоры патрабаванняў і пастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны даныя | Кантроль якасці |
| рРНК знясілены | Illumina PE150 | 16 Гб | Q30≥85% |
| Выбраны памер | Illumina SE50 | 10-20 мільёнаў чытанняў |
Узоры патрабаванняў:
Нуклеатыды:
| Канц. (нг/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Сумленнасць |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Забруджванне бялком або ДНК на гелі абмежавана або адсутнічае. | RIN≥6,0 5,0≥28S/18S≥1,0; абмежаванае павышэнне зыходнага ўзроўню або яго адсутнасць |
Рэкамендаваны ўзор дастаўкі
Кантэйнер: цэнтрыфужная прабірка аб'ёмам 2 мл (фальга не рэкамендуецца)
Прыклад маркіроўкі: група+рэплікацыя, напрыклад, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у пакеты і закапаць у сухі лёд.
2. Прабіркі для стабільнай РНК: узоры РНК можна высушыць у прабірцы для стабілізацыі РНК (напрыклад, RNAstable®) і адправіць пры пакаёвай тэмпературы.
Працэдура абслугоўвання
Дызайн эксперыменту
Дастаўка ўзору
Вылучэнне РНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Пасляпродажнае абслугоўванне
Біяінфарматыка
Агляд экспрэсіі РНК
Гены з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй
аналіз ceRNA
МіРНК з дыферэнцыяльнай экспрэсіяй і роднасныя РНК
Азнаёмцеся з дасягненнямі даследаванняў, якім спрыяюць паслугі секвеніравання поўных транскрыптомаў BMKGene праз падабраную калекцыю публікацый.
Дай, Ю. і інш. (2022) «Комплексныя профілі экспрэсіі мРНК, lncRNA і мікраРНК пры хваробы Кашына-Бека, ідэнтыфікаванай з дапамогай РНК-секвенавання», Molecular Omics, 18 (2), стар. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Лю, Н. нан і інш. (2022) «Аналіз поўнаметражных транскрыптомаў марозаўстойлівасці Apis cerana ў гары Чанбай у перыяд зімоўкі», Gene, 830, стар. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Ван, XJ і інш. (2022) «Вызначэнне прыярытэтаў на аснове інтэграцыі Multi-Omics канкуруючых эндагенных сетак рэгуляцыі РНК пры мелкоклеточном раку лёгкага: малекулярныя характарыстыкі і кандыдаты ў лекі», Frontiers in Oncology, 12, с. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сюй, П. і інш. (2022) «Інтэграваны аналіз профіляў экспрэсіі lncRNA/circRNA-міРНК-мРНК адкрывае новае разуменне патэнцыйных механізмаў у адказ на галлавыя нематоды ў арахісе», BMC Genomics, 23(1), стар. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Ян, З. і інш. (2022) «Секвеніраванне цэлай транскрыптомнай РНК падкрэслівае малекулярныя механізмы, звязаныя з падтрыманнем якасці брокалі пасля збору ўраджаю з дапамогай чырвонага святлодыёднага апраменьвання», Postharvest Biology and Technology, 188, p. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
