Поўнагеномнае бісульфітнае секвенаванне (WGBS)
Бісульфітнае секвеніраванне поўнага геному (WGBS) з'яўляецца залатым стандартам метадалогіі для паглыбленага вывучэння метылявання ДНК, у прыватнасці, пятай пазіцыі ў цытазіне (5-mC), асноўнага рэгулятара экспрэсіі генаў і клеткавай актыўнасці. Прынцып, які ляжыць у аснове WGBS, уключае апрацоўку бісульфітам, якая выклікае пераўтварэнне неметыляваных цытазінаў ва ўрацыл (C ва U), пакідаючы пры гэтым метыляваныя цытазіны нязменнымі. Гэтая тэхніка прапануе аднаасноўнае разрозненне, што дазваляе даследчыкам усебакова даследаваць метылам і выявіць анамальныя схемы метылявання, звязаныя з рознымі захворваннямі, у прыватнасці, ракам. Выкарыстоўваючы WGBS, навукоўцы могуць атрымаць беспрэцэдэнтнае ўяўленне аб ландшафтах метылявання ўсяго геному, забяспечваючы тонкае разуменне эпігенетычных механізмаў, якія ляжаць у аснове розных біялагічных працэсаў і захворванняў.
Асаблівасці абслугоўвання
● Патрабуецца эталонны геном.
● Лямбда ДНК дадаецца для кантролю эфектыўнасці пераўтварэння бісульфіту.
● Секвеніраванне на Illumina NovaSeq.
Перавагі абслугоўвання
●Залаты стандарт даследаванняў метылявання ДНК: Гэтая спелая тэхналогія пераўтварэння метылявання мае высокую дакладнасць і добрую ўзнаўляльнасць.
●Шырокі ахоп і раздзяленне адной базы:выяўленне сайтаў метылявання на агульнагеномным узроўні.
●Поўная платформа:прадастаўленне комплексных выдатных паслуг ад апрацоўкі ўзораў, стварэння бібліятэкі, секвенирования да біяінфарматычнага аналізу.
●Шырокі вопыт: з паспяхова завершанымі праектамі паслядоўнасці WGBS для розных відаў, BMKGENE прыносіць больш чым дзесяцігадовы вопыт, высокакваліфікаваную групу аналізаў, поўны кантэнт і выдатную падтрымку пасля продажу.
●Магчымасць далучыцца да аналізу транскрыптамікі: дазваляе інтэграваны аналіз WGBS з іншымі дадзенымі omics, такімі як RNA-seq.
Прыклад спецыфікацыі
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны выхад даных | Кантроль якасці |
| Апрацаваны бісульфітам | Illumina PE150 | 30x глыбіня | Q30 ≥ 85% Канверсія бісульфіту > 99% |
Узоры патрабаванняў
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) | Дадатковыя патрабаванні | |
| Геномная ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Абмежаваная дэградацыя або забруджванне |
Працэдура абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Вылучэнне ДНК
Будаўніцтва бібліятэкі
Секвеніраванне
Аналіз дадзеных
Дастаўка даных
Уключае наступны аналіз:
● Кантроль якасці неапрацаванага секвенирования;
● Адлюстраванне эталоннага геному;
● Выяўленне 5mC метыляваных асноў;
● Аналіз размеркавання метылявання і анатацыі;
● Аналіз дыферэнцыяльна метыляваных абласцей (DMR);
● Функцыянальная анатацыя генаў, звязаных з DMR.
Выяўленне метылявання 5mC: тыпы метыляваных сайтаў
Карта метилирования. 5mC метилирование па ўсім геному
Анатацыя высока метилированных рэгіёнаў
Дыферэнцыяльна метилированные рэгіёны: звязаныя гены
Дыферэнцыяльна метыляваныя рэгіёны: анатацыя звязаных генаў (Анталогія генаў)
Азнаёмцеся з дасягненнямі даследаванняў, якім спрыяюць паслугі бісульфітнага секвенавання ўсяго геному BMKGene праз падабраную калекцыю публікацый.
Фан, Ю. і інш. (2020) «Аналіз профіляў метылявання ДНК падчас развіцця шкілетных цягліц авечак з выкарыстаннем паўнагеномнага бісульфітнага секвенавання»,BMC Genomics, 21 (1), стар. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Чжао, X. і інш. (2022) «Новыя парушэнні метылявання дэзаксірыбануклеінавай кіслаты ў рабочых, якія падвяргаюцца ўздзеянню вінілхларыду»,Таксікалогія і прамысловая гігіена, 38 (7), стар. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. і інш. (2020) «Узаемасувязь паміж метыляваннем геному, узроўнямі некадзіруючых РНК, мРНК і метабалітаў у саспелых пладах таматаў»,Раслінны часопіс, 103 (3), стар. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
