Спецыфічная лакуса ўзмацняецца паслядоўнасць фрагмента (SLAF-SEQ)
Працоўны працэс
Тэхнічная схема
Асаблівасці абслугоўвання
● Паслядоўнасць Novaseq з PE150.
● Падрыхтоўка бібліятэкі з падвойным штрых -кадаваннем, што дазваляе аб'яднаць больш за 1000 узораў.
● Гэтая методыка можна выкарыстоўваць з эталонным геномам або без яго, з рознымі біяінфарматычнымі трубаправодамі для кожнага выпадку:
З дапамогай генома: SNP і Indel Discovery
Без эталоннага генома: узор кластаравання і выяўлення SNP
● Уу сіліконеПапярэдне распрацоўка стадыі Шматразовага абмежавання Абмежаваны камбінацыі, каб знайсці тыя, якія генеруюць раўнамернае размеркаванне тэгаў SLAF па геноме.
● Падчас папярэдняга эксперыменту тры камбінацыі ферментаў правяраюцца ў 3 узорах для стварэння 9 бібліятэк SLAF, і гэтая інфармацыя выкарыстоўваецца для выбару аптымальнага спалучэння ферментаў абмежавання для праекта.
Перавагі абслугоўвання
●Выяўленне высокага генетычнага маркера: Інтэграцыя высокай прапускной здольнасці падвойнага штрых-кода дазваляе адначасова паслядоўнасцю буйных папуляцый, а ўзмацненне, характэрнае для локуса, павышае эфектыўнасць, гарантуючы, што нумары тэгаў адпавядаюць розным патрабаванням розных даследчых пытанняў.
● Нізкая залежнасць ад генома: Яго можна ўжываць да відаў з эталонным геномам або без яго.
●Гнуткі дызайн схемы: Аднаразовае, двухбаковае страваванне, мульты-фермента і розныя тыпы ферментаў можна выбраць для задавальнення розных мэтаў і відаў. Ау сіліконеПапярэдняя распрацоўка ажыццяўляецца для забеспячэння аптымальнай канструкцыі ферментаў.
● Высокая эфектыўнасць ферментатыўнага стрававання: Праводнасцьу сіліконеПапярэдняя распрацоўка і папярэдне экспертынг запэўнілі аптымальную канструкцыю з раўнамерным размеркаваннем SLAF-тэгаў на храмасоме (1 SLAF TAG/4KB) і зніжаная паўтаральная паслядоўнасць (<5%).
●Шырокі вопыт: Наша каманда прыносіць багаты вопыт у кожным праекце, з вынікамі закрыцця больш за 5000 праектаў SLAF-Seq на сотнях відаў, уключаючы расліны, млекакормячых, птушак, насякомых і водных арганізмаў.
● Самаразвіты біяінфарматычны працоўны працэс: BMKGene распрацаваў інтэграваны біяінфарматычны працоўны працэс для SLAF-SEQ, каб забяспечыць надзейнасць і дакладнасць канчатковага выхаду.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Тып аналізу | Рэкамендаваны маштаб насельніцтва | Стратэгія паслядоўнасці | |
| Глыбіня паслядоўнасці тэгаў | Нумар тэга | ||
| Генетычныя карты | 2 бацькі і> 150 нашчадкаў | Бацькі: 20x WGS Заход: 10x | Памер гена: <400 Мб: Рэкамендуецца WGS <1GB: 100K Тэгі 1-2GB :: 200K Тэгі > 2 ГБ: 300k Тэгі Максімальныя тэгі 500k |
| Даследаванні асацыяцыі генома (GWAS) | ≥200 узораў | 10x | |
| Генетычная эвалюцыя | ≥30 узораў, з> 10 узораў з кожнай падгрупы | 10x | |
Патрабаванні да службы
Канцэнтрацыя ≥ 5 нг/мкл
Агульная сума ≥ 80 нг
Nanodrop OD260/280 = 1.6-2.5
Гель агарозы: адсутнасць або абмежаваную дэградацыю альбо забруджванне
Рэкамендуемая дастаўка ўзору
Кантэйнер: 2 мл Цэнтрафугі
(Для большасці узораў мы рэкамендуем не захаваць у этаноле)
Узор маркіроўкі: Узоры павінны быць выразна маркіраваны і ідэнтычны прадстаўленай форме інфармацыі пра ўзор.
Адгрузка: сухі лёд: Узоры трэба спакаваць спачатку ў мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.
Працоўны працэс абслугоўвання
Узор QC
Пілотны эксперымент
Slaf-эксперымент
Падрыхтоўка бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
Уключае ў сябе наступны аналіз:
- Паслядоўнасць дадзеных QC
- Распрацоўка тэгаў SLAF
Адлюстраванне да спасылкі на геном
Без эталоннага генома: кластар
- Аналіз тэгаў SLAF: Статыстыка, распаўсюджванне па ўсім геноме
- Адкрыццё маркера: SNP, Indel, SNV, CV Calling and Annotation
Размеркаванне тэгаў SLAF на храмасомах:
Размеркаванне SNP на храмасомах:
Анатацыя SNP
| Год | Часопіс | IF | Загаловак | Прыкладанне |
| 2022 | Прыродазнаўчыя камунікацыі | 17.694 | Геномная аснова гіга-храмасомы і гіга-генома дрэва півоні Paeonia Ostii | Slaf-gwas |
| 2015 | Новы фітолаг | 7.433 | Сляды прыручэння якарных геномных рэгіёнаў агранамічнага значэння ў соя | Slaf-gwas |
| 2022 | Часопіс прасунутых даследаванняў | 12.822 | Штучныя ўвядзенні ў геном Gossypium Barbadense ў G. hirsutum раскрыйце цудоўныя локусы для адначасовага паляпшэння якасці баваўняных валокнаў і ўраджайнасці рысы | SLAF-эвалюцыйная генетыка |
| 2019 | Малекулярная расліна | 10.81 | Геномны аналіз насельніцтва і збор De Novo выяўляюць паходжанне пустазелля Рыс як эвалюцыйная гульня | SLAF-эвалюцыйная генетыка |
| 2019 | Прырода генетыка | 31.616 | Паслядоўнасць генома і генетычная разнастайнасць звычайнага карпа, Cyprinus carpio | Карта Slaf-Linkage |
| 2014 | Прырода генетыка | 25.455 | Геном культываванага арахіса забяспечвае разуменне бабовых карыатыпаў, поліплоід Эвалюцыя і прыручэнне ўраджаю. | Карта Slaf-Linkage |
| 2022 | Часопіс раслін біятэхналогій | 9.803 | Ідэнтыфікацыя ST1 паказвае выбар з удзелам аўтаспынам марфалогіі насення і ўтрыманне алею падчас прыручэння соі | Развіццё Slaf-Marker |
| 2022 | Міжнародны часопіс малекулярных навук | 6.208 | Ідэнтыфікацыя і распрацоўка маркера ДНК для пшаніцы-лім Mollis 2NS (2D) Неамальная замена храмасомы | Развіццё Slaf-Marker |
| Год | Часопіс | IF | Загаловак | Прыкладанне |
| 2023 | Мяжы ў расліннай навуцы | 6.735 | Картаванне QTL і стэнаграма аналізу ўтрымання цукру падчас паспявання плёну пірус -пірыфаліі | Генетычная карта |
| 2022 | Часопіс раслін біятэхналогій | 8.154 | Ідэнтыфікацыя ST1 паказвае выбар, які ўключае аўтаспынам марфалогіі насення і ўтрымання алею падчас прыручэння соі
| SNP Calling |
| 2022 | Мяжы ў расліннай навуцы | 6,623 | Картаванне асацыяцыі ў геноме бездакорных фенатыпаў у засухі.
| Gwas |
