Зніжанае прадстаўленне бісульфіта паслядоўнасці (RRB)
Зніжанае прадстаўленне бісульфіта паслядоўнасці (RRBS) стала эканамічнай і эфектыўнай альтэрнатывай паслядоўнасці бісульфіту цэлага генома (WGBS) у даследаваннях метилирования ДНК. У той час як WGBS дае ўсебаковую інфармацыю, вывучаючы ўвесь геном пры адзінай базавай дазволе, яго высокі кошт можа стаць абмежавальным фактарам. RRBS стратэгічна змякчае гэтую праблему, выбарачна аналізуючы рэпрэзентатыўную частку генома. Гэтая метадалогія абапіраецца на ўзбагачэнне рэгіёнаў, багатых востравам CPG, расшчапленнем MSPI з наступным выбарам памераў 200-500/600 бардаў. Такім чынам, секвенированныя толькі рэгіёны, якія праксімалі выспаў CPG, у той час як тыя, хто мае далёкія выспаў CPG, выключаны з аналізу. Гэты працэс у спалучэнні з секвенирование бісульфіту дазваляе выяўленне метилирования ДНК з высокім дазволам, а таксама падыход паслядоўнасці PE150, засяроджаны менавіта на канцах устаўкі, а не на сярэдзіне, павышаючы эфектыўнасць прафілявання метыляцыі. RRBS-гэта неацэнны інструмент, які забяспечвае эканамічна эфектыўнае даследаванне метилирования ДНК і прасоўвае веды эпігенетычных механізмаў.
Асаблівасці абслугоўвання
● патрабуе эталоннага генома.
● ДНК Lambda выкарыстоўваецца для кантролю эфектыўнасці пераўтварэння бісульфіту.
● Эфектыўнасць стрававання MSPI таксама кантралюецца.
● Падвойнае пераварванне ферментаў для ўзораў раслін.
● Паслядоўнасць на Illumina Novaseq.
Перавагі абслугоўвання
●Эканамічна эфектыўная і эфектыўная альтэрнатыва WGBS: Уключэнне аналізу будзе ажыццяўляцца з меншымі выдаткамі і з меншымі патрабаваннямі ўзору.
●Поўная платформа:Забяспечце аднабаковае выдатнае абслугоўванне ад апрацоўкі ўзораў, будаўніцтва бібліятэк і паслядоўнасці да аналізу біяінфарматыкі.
●Шырокі вопыт: З дапамогай праектаў па паслядоўнасці RRBS, паспяхова завершаных у розных відах, BMKGene прыносіць на працягу дзесяцігоддзя вопыту, высокакваліфікаваную каманду аналізу, усёабдымны змест і выдатную падтрымку пасляпродажу.
Тэхнічныя характарыстыкі службы
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваны выхад дадзеных | Кантроль якасці |
| MSPI пераварваецца і бісульфіт, апрацаваная бібліятэкай | Illumina PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Пераўтварэнне бісульфіту> 99% Эфектыўнасць рэзкі MSPI> 95% |
Патрабаванні да ўзору
| Канцэнтрацыя (нг/мкл) | Агульная колькасць (мкг) |
| |
| Геномная ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Абмежаваная дэградацыя альбо забруджванне |
Працоўны паток абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
Уключае ў сябе наступны аналіз:
● Сырой паслядоўнасць кантролю якасці;
● адлюстраванне для спасылкі на геном;
● выяўленне метыляваных баз 5MC і ідэнтыфікацыі матыву;
● Аналіз размеркавання метилирования і параўнання выбаркі;
● Аналіз дыферэнцыяльна метилированных абласцей (ДМР);
● Функцыянальная анатацыя генаў, звязаных з ДМР.
Кантроль якасці: эфектыўнасць стрававання (у адлюстраванні генома)
Кантроль якасці: пераўтварэнне бісульфіту (у атрыманні інфармацыі пра метилирование)
Карта метилирования: размеркаванне генома 5MC у геноме
Параўнанне ўзору: Аналіз асноўных кампанентаў
Дыферэнцыяльна метилированны
Вывучыце поспехі ў даследаваннях, якія садзейнічалі ўсім геному бісульфіту BMKGENE праз паслугі секвенізацыі бісульфіту праз куратарскія калекцыі публікацый.
Li, Z. et al. (2022) "Перапраграмаванне высокай дакладнасці ў клеткі, падобныя на Лейдзіг, шляхам актывацыі CRISPR і паракрынавых фактараў", ",Pnas nexus, 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
Tian, H. et al. (2023) "Аналіз метилирования ДНК-геному ў складзе цела ў кітайскіх монозиготных блізнят", ",",Еўрапейскі часопіс клінічнага даследавання, 53 (11), с. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
Ву, Ю. і інш. (2022) "ДНК-метилирование і каэфіцыент таліі да сцягна: даследаванне асацыяцыі ў цэлым эпігеноме ў кітайскіх монозиготных двайнят", ",Часопіс эндакрыналагічнага даследавання, 45 (12), стар. 2365–2376. doi: 10.1007/s40618-022-01878-4.
