Прокариотическое паслядоўнасць РНК
Рысы
● Апрацоўка ўзораў РНК прадугледжвала знясіленне рРНК з наступнай падрыхтоўкай бібліятэкі РНК.
● Біяінфарматычны аналіз на аснове выраўноўвання да эталоннага генома
● Аналіз уключае экспрэсію генаў і DEG, але таксама структуру стэнаграмы і аналіз SRNA
Перавагі абслугоўвання
●Строгі кантроль якасці: Мы рэалізуем асноўныя пункты кіравання на ўсіх этапах: ад падрыхтоўкі ўзору і бібліятэкі да паслядоўнасці і біяінфарматыкі. Гэты дбайны маніторынг забяспечвае дастаўку паслядоўна якасных вынікаў.
●Дадзеныя аб паслядоўнасці, характэрныя для нітка: З-за падрыхтоўкі бібліятэкі РНК накіравана, што дазваляе ідэнтыфікаваць анты-сэнсавыя стэнаграмы.
●Поўны аналіз з улікам пракарыётычных стэнаграмаў: Біяінфарматычны трубаправод уключае не толькі аналіз экспрэсіі генаў, але і аналіз структуры стэнаграмы, уключаючы ідэнтыфікацыю оперонаў, UTR і прамоўтэраў. Яна таксама ўключае аналіз SRNA, а менавіта анатацыю і прагназаванне другаснай структуры і мэтаў.
●Падтрымка пасляпродажных продажаў: Наша абавязацельства выходзіць за рамкі завяршэння праекта з 3-месячным перыядам пасля продажу. За гэты час мы прапануем наступныя дзеянні праекта, дапамогу па ліквідацыі непаладак і сесіі па пытаннях і пытаннях для вырашэння любых запытаў, звязаных з вынікамі.
Патрабаванні да ўзору і дастаўка
| Бібліятэка | Стратэгія паслядоўнасці | Рэкамендаваныя дадзеныя | Кантроль якасці |
| rRNA знясіленая накіраванай бібліятэкай | Illumina PE150 | 1-2 ГБ | Q30≥85% |
Патрабаванні да ўзору:
| Conce. (NG/мкл) | Колькасць (мкг) | Чысціня | Цэласнасць |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 Абмежаванае альбо адсутнасць забруджвання бялку або ДНК на гелі. | Rin≥6,5 |
Рэкамендуемая дастаўка ўзору
Кантэйнер: 2 мл трубкі Цэнтрафугі (бляшаная фальга не рэкамендуецца)
Узор маркіроўкі: група+рэплікацыя EG A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Адгрузка:
1. Сухі лёд: Узоры трэба спакаваць у мяшкі і пахаваць у сухім лёдзе.
2. RNASTABLE TUBES: Узоры РНК можна высушыць у трубцы стабілізацыі РНК (напрыклад, RNASTABLE®) і адпраўлены ў пакаёвай тэмпературы.
Працоўны паток абслугоўвання
Дастаўка ўзору
Будаўніцтва бібліятэкі
Паслядоўнасць
Аналіз дадзеных
Паслугі пасля продажу
Біяінфарматычны аналіз працоўнага працэсу
Уключае ў сябе наступны аналіз:
● Сырой кантроль якасці дадзеных
● Выраўноўванне да эталоннага генома
● Ацэнка якасці бібліятэкі: выпадковасць раздробленасці РНК, памер устаўкі і насычэнне паслядоўнасці
● Функцыянальная анатацыя прагназаваных генаў кадавання
● Аналіз экспрэсіі: карэляцыя і аналіз асноўных кампанентаў (PCA)
● Дыферэнцыяльная экспрэсія генаў (DEGS)
● Функцыянальная анатацыя і ўзбагачэнне DEGS
● Аналіз SRNA: прагназаванне, анатацыя, мэтавая і другасная структура прадказання
● Аналіз структуры стэнаграмы: опероны, стартавыя і канчавальныя пазіцыі, неперакладзеная вобласць (UTS), прамоўтэр і аналіз SNP/Indel
Насычэнне паслядоўнасці
Функцыянальная анатацыя генаў кадавання
Карэляцыя паміж узорамі
Дыферэнцыяльны экспрэсіраваны аналіз генаў (DEGS)
Аналіз функцыянальнага ўзбагачэння
анатацыя srna
Вывучыце дасягненні, якія садзейнічалі нанапору BMKGENE нанапор поўнаметражных паслуг паслядоўнасці мРНК у гэтай выкладзенай публікацыі.
Гуан, CP і інш. (2018) "Глабальныя стэнаграмы, якія ўтвараюць біяфільм, эпідэрміс стафілакока, якія рэагуюць на агульныя алкалоіды сафарэі алапекуроідаў", ",Польскі часопіс мікрабіялогіі, 67 (2), с. 223. Doi: 10.21307/pjm-2018-024.
