-
BMKMANU S3000_Прасторавая транскрыпцыя
Прасторавая транскрыптаміка знаходзіцца ў авангардзе навуковых інавацый, даючы даследчыкам магчымасць паглыбляцца ў складаныя схемы экспрэсіі генаў у тканінах, захоўваючы пры гэтым іх прасторавы кантэкст. Сярод розных платформаў BMKGene распрацавала чып прасторавай транскрыпцыі BMKManu S3000, які можа пахваліцца палепшаным разрозненнем 3,5 мкм, дасягаючы субклеткавага дыяпазону і забяспечваючы шматузроўневыя налады раздзялення. Чып S3000, які змяшчае каля 4 мільёнаў кропак, выкарыстоўвае мікралункі, пакрытыя шарыкамі, загружанымі зондамі захопу з прасторавым штрых-кодам. Бібліятэка кДНК, узбагачаная прасторавымі штрых-кодамі, рыхтуецца з чыпа S3000 і пасля секвенируется на платформе Illumina NovaSeq. Камбінацыя ўзораў з прасторавым штрых-кодам і UMI забяспечвае дакладнасць і канкрэтнасць атрыманых даных. Чып BMKManu S3000 надзвычай універсальны, прапаноўваючы шматузроўневыя налады раздзялення, якія можна дакладна наладзіць для розных тканін і жаданага ўзроўню дэталізацыі. Такая адаптыўнасць робіць чып выдатным выбарам для разнастайных даследаванняў прасторавай транскрыптамікі, забяспечваючы дакладную прасторавую кластэрызацыю з мінімальным шумам. Выкарыстанне тэхналогіі сегментацыі клетак з BMKManu S3000 дазваляе размежаваць дадзеныя транскрыпцыі да межаў клетак, што прыводзіць да аналізу, які мае непасрэднае біялагічнае значэнне. Больш за тое, палепшанае разрозненне S3000 прыводзіць да павелічэння колькасці генаў і UMI, выяўленых на клетку, што дазваляе значна больш дакладна аналізаваць патэрны прасторавай транскрыпцыі і кластэрызацыю клетак.
-
Аднаядзерная паслядоўнасць РНК
Распрацоўка метадаў захопу асобных клетак і карыстацкіх бібліятэк у спалучэнні з высокапрадукцыйным секвенированием зрабіла рэвалюцыю ў даследаваннях экспрэсіі генаў на клеткавым узроўні. Гэты прарыў дазваляе правесці больш глыбокі і ўсёабдымны аналіз складаных клеткавых папуляцый, пераадольваючы абмежаванні, звязаныя з асерадненнем экспрэсіі генаў па ўсіх клетках і захоўваючы сапраўдную гетэрагеннасць у гэтых папуляцыях. У той час як секвенирование аднаклеткавай РНК (scRNA-seq) мае бясспрэчныя перавагі, яно сутыкаецца з праблемамі ў некаторых тканінах, дзе стварэнне аднаклеткавай завісі аказваецца складаным і патрабуе свежых узораў. У BMKGene мы вырашаем гэтую перашкоду, прапаноўваючы секвенирование аднаядзернай РНК (snRNA-seq) з выкарыстаннем самай сучаснай тэхналогіі 10X Genomics Chromium. Такі падыход пашырае спектр узораў, якія паддаюцца аналізу транскрыптаў на ўзроўні адной клеткі.
Ізаляцыя ядраў ажыццяўляецца з дапамогай інавацыйнага чыпа 10X Genomics Chromium, які мае васьміканальную мікрафлюідычную сістэму з падвойнымі скрыжаваннямі. У гэтай сістэме шарыкі геля, якія ўключаюць штрых-коды, праймеры, ферменты і адзінае ядро, інкапсулююцца ў кроплі алею памерам з наналітр, утвараючы гелевыя шарыкі ў эмульсіі (GEM). Пасля фарміравання GEM адбываецца лізіс клетак і вызваленне штрых-кода ў кожным GEM. У далейшым малекулы мРНК падвяргаюцца зваротнай транскрыпцыі ў кДНК, уключаючы штрых-коды 10X і ўнікальныя малекулярныя ідэнтыфікатары (UMI). Затым гэтыя кДНК падвяргаюцца стандартнай канструкцыі бібліятэкі секвенирования, што палягчае надзейнае і поўнае даследаванне профіляў экспрэсіі генаў на ўзроўні адной клеткі.
Платформа: платформа 10× Genomics Chromium і Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Прасторавая транскрыптаміка - гэта перадавая тэхналогія, якая дазваляе даследчыкам даследаваць мадэлі экспрэсіі генаў у тканінах, захоўваючы іх прасторавы кантэкст. Адной з магутных платформ у гэтай галіне з'яўляецца 10x Genomics Visium у спалучэнні з секвенированием Illumina. Прынцып 10X Visium ляжыць на спецыялізаваным чыпе з пазначанай зонай захопу, дзе размяшчаюцца зрэзы тканін. Гэтая вобласць захопу змяшчае плямы са штрых-кодам, кожная з якіх адпавядае ўнікальнаму прастораваму размяшчэнню ў тканіны. Затым захопленыя малекулы РНК з тканіны пазначаюцца унікальнымі малекулярнымі ідэнтыфікатарамі (UMI) падчас працэсу зваротнай транскрыпцыі. Гэтыя плямы са штрых-кодам і UMI дазваляюць дакладнае прасторавае адлюстраванне і колькасную ацэнку экспрэсіі генаў з дазволам адной клеткі. Камбінацыя ўзораў з прасторавым штрых-кодам і UMI забяспечвае дакладнасць і канкрэтнасць атрыманых даных. Выкарыстоўваючы гэтую тэхналогію Spatial Transcriptomics, даследчыкі могуць атрымаць больш глыбокае разуменне прасторавай арганізацыі клетак і складаных малекулярных узаемадзеянняў, якія адбываюцца ўнутры тканін, прапаноўваючы неацэннае разуменне механізмаў, якія ляжаць у аснове біялагічных працэсаў у розных галінах, уключаючы анкалогію, неўралогіі, біялогію развіцця, імуналогію , і батанічныя даследаванні.
Платформа: 10X Genomics Visium і Illumina NovaSeq
