-
Параўнальная геноміка
Параўнальная геноміка прадугледжвае даследаванне і параўнанне паслядоўнасцей і структур усяго геному розных відаў. Гэта поле імкнецца раскрыць эвалюцыю відаў, расшыфраваць функцыі генаў і высветліць генетычныя рэгулятарныя механізмы шляхам ідэнтыфікацыі кансерватыўных або дывергентных структур паслядоўнасці і элементаў у розных арганізмах. Комплекснае параўнальнае даследаванне геномікі ахоплівае такія аналізы, як сем'і генаў, эвалюцыйнае развіццё, падзеі дублявання ўсяго геному і ўплыў селектыўнага ціску.
-
Эвалюцыйная генетыка
Платформа папуляцыйнага і эвалюцыйнага генетычнага аналізу створана на аснове велізарнага вопыту, назапашанага камандай BMK R&D на працягу многіх гадоў. Гэта зручны інструмент, асабліва для даследчыкаў, якія не займаюцца біяінфарматыкай. Гэтая платформа дазваляе базавы аналіз, звязаны з эвалюцыйнай генетыкай, уключаючы пабудову філагенетычнага дрэва, аналіз дысбалансу сувязі, ацэнку генетычнай разнастайнасці, селектыўны аналіз разгорткі, аналіз сваяцтва, PCA, аналіз структуры насельніцтва і г.д.
-
Зборка геному на аснове Hi-C
Hi-C - гэта метад, прызначаны для фіксацыі канфігурацыі храмасом шляхам спалучэння ўзаемадзеяння на аснове блізкасці і высокапрадукцыйнага секвенирования. Лічыцца, што інтэнсіўнасць гэтых узаемадзеянняў адмоўна карэлюе з фізічнай адлегласцю ў храмасомах. Такім чынам, дадзеныя Hi-C выкарыстоўваюцца для кластарызацыі, упарадкавання і арыентацыі сабраных паслядоўнасцей у чарнавым геному і замацавання іх на пэўнай колькасці храмасом. Гэтая тэхналогія дазваляе складаць геномы на ўзроўні храмасом пры адсутнасці папуляцыйнай генетычнай карты. Кожны асобны геном патрабуе Hi-C.
-
Секвеніраванне геному De Novo раслін/жывёл
Дэ Новасеквенирование адносіцца да пабудовы поўнага геному віду з выкарыстаннем тэхналогій секвенирования ў адсутнасць эталоннага геному. Укараненне і шырокае распаўсюджванне секвенирования трэцяга пакалення, якое прадугледжвае больш працяглыя чытанні, значна палепшыла зборку геному за кошт павелічэння перакрыцця паміж чытаннямі. Гэта паляпшэнне асабліва актуальна пры працы са складанымі геномамі, такімі як геномы з высокай гетэразіготнасцю, высокім суадносінамі паўтаральных абласцей, паліплоідамі і абласцямі з паўтаральнымі элементамі, ненармальным утрыманнем GC або высокай складанасцю, якія звычайна дрэнна збіраюцца з дапамогай секвеніравання кароткага чытання адна.
Наша ўніверсальнае рашэнне забяспечвае комплексныя паслугі секвенирования і біяінфарматычнага аналізу, якія забяспечваюць высакаякасны de novo сабраны геном. Першапачатковае даследаванне геному з дапамогай Illumina дае ацэнку памеру і складанасці геному, і гэтая інфармацыя выкарыстоўваецца для наступнага кроку доўгачытанага секвенирования з дапамогай PacBio HiFi, а затымнановазборка кантыгаў. Наступнае выкарыстанне зборкі HiC дазваляе замацаваць кантыгі ў геноме, атрымаўшы зборку на ўзроўні храмасом. Нарэшце, геном анатаваны з дапамогай прагназавання генаў і секвенирования экспрессируемых генаў, звяртаючыся да транскриптомов з кароткімі і доўгімі чытаннямі.
-
Секвеніраванне ўсяго экзома чалавека
Секвеніраванне ўсяго экзома чалавека (hWES) шырока прызнана эканамічна эфектыўным і магутным метадам секвеніравання для дакладнага вызначэння хваробатворных мутацый. Нягледзячы на тое, што экзоны складаюць толькі каля 1,7% ад усяго геному, яны гуляюць вырашальную ролю, непасрэдна адлюстроўваючы профіль агульных функцый бялку. Варта адзначыць, што ў геноме чалавека больш за 85% мутацый, звязаных з хваробамі, выяўляюцца ў абласцях кадавання бялку. BMKGENE прапануе поўную і гнуткую паслугу секвеніравання ўсяго экзома чалавека з дзвюма рознымі стратэгіямі захопу экзонаў, даступнымі для дасягнення розных даследчых мэтаў.
-
Паслядоўнасць узмоцненых фрагментаў канкрэтнага локуса (SLAF-Seq)
Высокапрадукцыйнае генатыпаванне, асабліва ў буйных папуляцыях, з'яўляецца фундаментальным крокам у даследаваннях генетычных асацыяцый і забяспечвае генетычную аснову для адкрыцця функцыянальных генаў, эвалюцыйнага аналізу і г.д.Секвеніраванне геному са зніжанай рэпрэзентацыяй (RRGS)часта выкарыстоўваецца ў гэтых даследаваннях, каб мінімізаваць кошт секвенирования на ўзор, захоўваючы разумную эфектыўнасць выяўлення генетычных маркераў. RRGS дасягае гэтага шляхам пераварвання ДНК ферментамі рэстрыкцыі і засяроджвання ўвагі на пэўным дыяпазоне памераў фрагментаў, тым самым секвенируя толькі частку геному. Сярод розных метадалогій RRGS спецыфічна-локуснае ўзмоцненае паслядоўнасць фрагментаў (SLAF) - гэта наладжвальны і якасны падыход. Гэты метад, распрацаваны незалежна BMKGene, аптымізуе набор ферментаў рэстрыкцыі для кожнага праекта. Гэта забяспечвае генерацыю значнай колькасці тэгаў SLAF (400-500 біт/с абласцей секвенируемого геному), якія раўнамерна размеркаваны па геному, эфектыўна пазбягаючы паўтаральных абласцей, забяспечваючы такім чынам найлепшае выяўленне генетычных маркераў.
-
Гатовыя бібліятэкі Illumina
Тэхналогія секвеніравання Illumina, заснаваная на секвеніраванні шляхам сінтэзу (SBS), з'яўляецца глабальна прынятай інавацыяй NGS, якая адказвае за стварэнне больш за 90% даных секвеніравання ў свеце. Прынцып SBS прадугледжвае адлюстраванне флуоресцентно пазначаных зварачальных тэрмінатараў пры даданні кожнага dNTP і пасля расшчапленні для ўключэння наступнай асновы. З усімі чатырма зварачальнымі dNTP, звязанымі з тэрмінатарам, якія прысутнічаюць у кожным цыкле секвеніравання, натуральная канкурэнцыя мінімізуе зрушэнне ўключэння. Гэта ўніверсальная тэхналогія падтрымлівае як аднаразовыя бібліятэкі, так і бібліятэкі парнага канца, абслугоўваючы шэраг геномных прыкладанняў. Высокапрадукцыйныя магчымасці і дакладнасць секвеніравання Illumina пазіцыянуюць яго як краевугольны камень у даследаваннях геномікі, даючы навукоўцам магчымасць разгадваць тонкасці геномаў з неперасягненай дэталізацыяй і эфектыўнасцю.
Наша гатовая служба секвенирования бібліятэк дазваляе кліентам рыхтаваць бібліятэкі секвенирования з розных крыніц (мРНК, поўны геном, амплікон, бібліятэкі 10x, сярод іншага). Пасля гэтыя бібліятэкі могуць быць адпраўлены ў нашы цэнтры секвенирования для кантролю якасці і секвенирования на платформах Illumina.
