-
Наборы інструментаў
BMKCloud з'яўляецца вядучай біяінфарматычнай платформай, якая забяспечвае комплекснае рашэнне для геномных праграм, якой шырока давяраюць даследчыкі ў розных сферах, уключаючы медыцыну, сельскую гаспадарку, прыродаахоўнае і г.д. BMKCloud імкнецца прадастаўляць комплексныя, надзейныя і эфектыўныя паслугі, уключаючы платформы і інструменты біяінфарматычнага аналізу , вылічальныя рэсурсы, публічная база дадзеных, біяінфарматычныя онлайн-курсы і г.д. BMKCloud мае розныя часта выкарыстоўваюцца біяінфарматычныя інструменты, у тым ліку ген. анатацыя, эвалюцыйныя генетычныя інструменты, ncRNA, кантроль якасці даных, зборка, выраўноўванне, выманне даных, мутацыі, статыстыка, генератар фігур, аналіз паслядоўнасці і г.д.
-
Зборка бактэрыяльнага геному De Novo
Мы прапануем поўную паслугу зборкі геному бактэрый, гарантуючы 0 прабелаў. Гэта магчыма шляхам інтэграцыі тэхналогій секвеніравання доўгага чытання, такіх як Nanopore і PacBio для зборкі, і паслядоўнасці кароткага чытання з Illumina для праверкі зборкі і выпраўлення памылак чытання ONT. Наш сэрвіс забяспечвае поўны біяінфарматычны працоўны працэс ад зборкі, функцыянальнай анатацыі і пашыранага біяінфарматычнага аналізу, выконваючы канкрэтныя даследчыя мэты. Гэтая паслуга дазваляе распрацоўваць дакладныя эталонныя геномы для розных генетычных і геномных даследаванняў. Акрамя таго, гэта з'яўляецца асновай для такіх прыкладанняў, як аптымізацыя штамаў, генная інжынерыя і распрацоўка мікробных тэхналогій, забяспечваючы надзейныя геномныя дадзеныя без прабелаў, важныя для прасоўвання навуковых ідэй і біятэхналагічных інавацый.
-
малая РНК
Малыя РНК - гэта тып кароткіх некадзіруючых РНК з сярэдняй даўжынёй 18-30 нт, у тым ліку мікраРНК, міРНК і піРНК. Шмат паведамлялася, што гэтыя малыя РНК удзельнічаюць у розных біялагічных працэсах, такіх як дэградацыя мРНК, інгібіраванне трансляцыі, адукацыя гетерохроматина і г.д. Аналіз паслядоўнасці малых РНК шырока выкарыстоўваецца ў даследаваннях развіцця жывёл/раслін, хвароб, вірусаў і г.д. Малыя РНК платформа аналізу паслядоўнасці складаецца са стандартнага аналізу і пашыранага аналізу дадзеных. На аснове дадзеных РНК-seq стандартны аналіз можа дасягнуць ідэнтыфікацыі і прагназавання мікраРНК, прагназавання мэтавага гена мікраРНК, аналізу анатацый і экспрэсіі. Пашыраны аналіз дазваляе наладжваць пошук і вылучэнне мікраРНК, стварэнне дыяграм Венна, стварэнне сеткі мікраРНК і мэтавых генаў.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS - гэта платформа аналізу паўторнага секвенирования цэлага геному, якая распрацавана на аснове багатага вопыту ў Biomarker Technologies. Гэтая простая ў выкарыстанні платформа дазваляе хутка прадставіць інтэграваны працоўны працэс аналізу, проста ўсталяваўшы некалькі асноўных параметраў, якія падыходзяць для дадзеных секвенирования ДНК, атрыманых як з платформы Illumina, так і з платформы секвенирования BGI. Гэтая платформа разгорнута на высокапрадукцыйным вылічальным серверы, які забяспечвае высокаэфектыўны аналіз даных за вельмі абмежаваны час. Персаналізаваны аналіз дадзеных даступны на аснове стандартнага аналізу, у тым ліку запыту мутаваных генаў, распрацоўкі праймераў ПЦР і г.д.
-
мРНК (спасылка)
Транскрыптом - гэта сувязь паміж геномнай генетычнай інфармацыяй і пратэёмам біялагічнай функцыі. Рэгуляцыя ўзроўню транскрыпцыі - найбольш важны і найбольш шырока вывучаны спосаб рэгуляцыі арганізмаў. Секвеніраванне транскрыптома можа секвенаваць транскрыптом у любы момант часу і пры любых умовах з дакладнасцю да аднаго нуклеатыду. Ён можа дынамічна адлюстроўваць узровень транскрыпцыі гена, адначасова ідэнтыфікаваць і колькасна ацэньваць рэдкія і нармальныя транскрыпты і прадастаўляць структурную інфармацыю ўзоры канкрэтных стэнаграм.
У цяперашні час тэхналогія секвеніравання транскрыптомаў шырока выкарыстоўваецца ў аграноміі, медыцыне і іншых галінах даследаванняў, уключаючы рэгуляванне развіцця жывёл і раслін, адаптацыю да навакольнага асяроддзя, імуннае ўзаемадзеянне, лакалізацыю генаў, генетычную эвалюцыю відаў і выяўленне пухлін і генетычных захворванняў.
-
Метагеноміка (NGS)
Гэтая аналітычная платформа прызначана для аналізу метагеномных даных стрэльбы на аснове шматгадовага вопыту. Ён складаецца з інтэграванага працоўнага працэсу, які змяшчае розныя звычайна неабходныя аналізы метагеномікі, уключаючы апрацоўку даных, даследаванні на відавым узроўні, даследаванні на ўзроўні функцыянавання генаў, разбіванне метагеномаў і г.д. Акрамя таго, індывідуальныя інструменты інтэлектуальнага аналізу даступныя ў стандартным працоўным працэсе аналізу, уключаючы запыт генаў і відаў , налада параметраў, стварэнне персанальнай фігуры і г.д.
-
LncRNA
Доўгія некадуючыя РНК (lncRNA) - гэта тып транскрыптаў даўжынёй больш за 200 нт, якія не здольныя кадаваць вавёркі. Назапашаныя дадзеныя сведчаць аб тым, што большасць lncRNA, верагодна, функцыянальныя. Высокапрадукцыйныя тэхналогіі секвеніравання і інструменты біяінфарматычнага аналізу даюць нам магчымасць больш эфектыўна выяўляць паслядоўнасці lncRNA і інфармацыю аб пазіцыянаванні і вядуць нас да адкрыцця lncRNA з важнымі рэгулятарнымі функцыямі. BMKCloud з гонарам прапануе нашым кліентам платформу аналізу паслядоўнасці lncRNA для дасягнення хуткага, надзейнага і гнуткага аналізу lncRNA.
-
GWAS
Агульнагеномнае даследаванне асацыяцый (GWAS) накіравана на выяўленне генетычных варыянтаў (генатыпу), звязаных з пэўнымі прыкметамі (фенатыпам). Даследаванні GWA даследуюць генетычныя маркеры, якія перасякаюць увесь геном вялікай колькасці асобін, і прагназуюць асацыяцыі генатыпу і фенатыпу шляхам статыстычнага аналізу на ўзроўні папуляцыі. Рэсеквенаванне поўнага геному патэнцыйна можа выявіць усе генетычныя варыянты. У спалучэнні з фенатыпічнымі дадзенымі GWAS можа быць апрацаваны для ідэнтыфікацыі звязаных з фенатыпам SNP, QTL і генаў-кандыдатаў, што моцна падтрымлівае сучасную селекцыю жывёл/раслін. SLAF - гэта самастойна распрацаваная спрошчаная стратэгія секвенирования геному, якая выяўляе размеркаваныя па ўсім геному маркеры, SNP. Гэтыя SNP, як малекулярна-генетычныя маркеры, могуць быць апрацаваны для даследаванняў асацыяцыі з мэтавымі прыкметамі. Гэта эканамічна эфектыўная стратэгія ў выяўленні складаных прыкмет, звязаных з генетычнымі варыяцыямі.
-
Поўнаметражная транскрыптаміка Nanopore
Складаныя і зменлівыя альтэрнатыўныя ізаформы ў арганізмах з'яўляюцца важнымі генетычнымі механізмамі для рэгуляцыі экспрэсіі генаў і разнастайнасці бялку. Дакладная ідэнтыфікацыя структур транскрыптаў з'яўляецца асновай для паглыбленага вывучэння патэрнаў рэгуляцыі геннай экспрэсіі. Платформа секвенирования Nanopore паспяхова перавяла даследаванне транскрыптамы на ўзровень ізаформы. Гэтая аналітычная платформа распрацавана для аналізу даных RNA-Seq, атрыманых на платформе Nanopore на аснове эталоннага геному, што забяспечвае якасны і колькасны аналіз як на ўзроўні генаў, так і на ўзроўні транскрыптаў.
-
цыр-РНК
Кальцавая РНК (circRNA) - гэта тып некадзіруючай РНК, якая, як нядаўна было выяўлена, адыгрывае важную ролю ў сетках рэгулявання, звязаных з развіццём, устойлівасцю навакольнага асяроддзя і г.д. У адрозненне ад лінейных малекул РНК, напрыклад, мРНК, lncRNA, 3' і 5' канцы circRNA злучаюцца разам, утвараючы круглую структуру, якая пазбаўляе іх ад расшчаплення экзануклеазай і з'яўляецца больш стабільнай, чым большасць лінейных РНК. Было ўстаноўлена, што CircRNA выконвае розныя функцыі ў рэгуляцыі экспрэсіі генаў. CircRNA можа працаваць як ceRNA, якая канкурэнтна звязвае мікраРНК, вядомую як губка мікраРНК. Платформа аналізу паслядоўнасці CircRNA дае магчымасць аналізу структуры і экспрэсіі circRNA, прагназавання мэты і сумеснага аналізу з іншымі тыпамі малекул РНК
-
БСА
Платформа Bulked Segregant Analysis складаецца з аднаэтапнага стандартнага аналізу і пашыранага аналізу з індывідуальнай наладай параметраў. BSA - гэта метад, які выкарыстоўваецца для хуткай ідэнтыфікацыі генетычных маркераў, звязаных з фенатыпам. Асноўны працоўны працэс BSA змяшчае: 1. выбар дзвюх груп асобін з вельмі супрацьлеглымі фенатыпамі; 2. аб'яднанне ДНК, РНК або SLAF-seq (распрацавана Biomarker) усіх асобін для фарміравання двух аб'ёмаў ДНК; 3. выяўленне дыферэнцыяльных паслядоўнасцей супраць эталоннага геному або паміж імі, 4. прагназаванне звязаных рэгіёнаў-кандыдатаў з дапамогай алгарытму ED і SNP-індэксу; 5. Функцыянальны аналіз і ўзбагачэнне генаў у рэгіёнах-кандыдатах і г. д. Таксама даступны больш дасканалы аналіз дадзеных, уключаючы скрынінг генетычных маркераў і дызайн праймераў.
-
Амплікон (16S/18S/ITS)
Платформа Amplicon (16S/18S/ITS) распрацавана з улікам шматгадовага вопыту ў аналізе праектаў мікробнай разнастайнасці, якая змяшчае стандартызаваны базавы аналіз і персаналізаваны аналіз: базавы аналіз ахоплівае асноўны змест аналізу бягучых мікробных даследаванняў, змест аналізу багаты і поўны, і вынікі аналізу прадстаўляюцца ў выглядзе справаздач аб праекце; Змест персаналізаванага аналізу разнастайны. Можна адбіраць узоры і гнутка ўсталёўваць параметры ў адпаведнасці са справаздачай аб базавым аналізе і мэтай даследавання, каб рэалізаваць індывідуальныя патрабаванні. Аперацыйная сістэма Windows, простая і хуткая.
-
Эвалюцыйная генетыка
Эвалюцыйная генетыка - гэта ўсёабдымная служба секвенирования, створаная для праніклівай інтэрпрэтацыі эвалюцыі ў вялікай групе асоб на аснове генетычных варыяцый, уключаючы SNP, InDels, SV і CNV. Гэтая паслуга ахоплівае ўсе істотныя аналізы, неабходныя для высвятлення эвалюцыйных зрухаў і генетычных характарыстык папуляцый, у тым ліку ацэнкі структуры папуляцыі, генетычнай разнастайнасці і філагенетычных адносін. Больш за тое, ён паглыбляецца ў даследаванні патоку генаў, што дазваляе ацаніць эфектыўны памер папуляцыі і час дывергенцыі. Даследаванні эвалюцыйнай генетыкі даюць каштоўную інфармацыю аб паходжанні і адаптацыі відаў.
У BMKGENE мы прапануем два спосабы правядзення эвалюцыйна-генетычных даследаванняў на вялікіх папуляцыях: выкарыстанне секвеніравання цэлага генома (WGS) або выбар метаду секвеніравання геному з паніжаным прадстаўленнем, уласна распрацаванага Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). У той час як WGS падыходзіць для меншых геномаў, SLAF становіцца эканамічна эфектыўнай альтэрнатывай для вывучэння вялікіх папуляцый з больш доўгімі геномамі, эфектыўна мінімізуючы выдаткі на секвенирование.
